[日本語] English
万見
- PDB-8htc: Crystal structure of a SeMet-labeled effector from Chromobacteriu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8htc
タイトルCrystal structure of a SeMet-labeled effector from Chromobacterium violaceum in complex with Ubiquitin
要素
  • NAD(+)--protein-threonine ADP-ribosyltransferase
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a (Fragment)
キーワードTRANSFERASE / Ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / host cell / extracellular region
類似検索 - 分子機能
S27a-like superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / NAD(+)--protein-threonine ADP-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tan, J. / Wang, X. / Zhou, Y. / Zhu, Y.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81530068 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81322024 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31370722 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81561130162 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81501717 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503900 中国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of threonine ADP-ribosylation of ubiquitin by bacterial ARTs.
著者: Tan, J. / Xu, Y. / Wang, X. / Yan, F. / Xian, W. / Liu, X. / Chen, Y. / Zhu, Y. / Zhou, Y.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NAD(+)--protein-threonine ADP-ribosyltransferase
B: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a (Fragment)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3952
ポリマ－35,3952
非ポリマー00
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.490, 74.460, 50.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 NAD(+)--protein-threonine ADP-ribosyltransferase / Adenosine diphosphate-ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase / Type III effector CteC


分子量: 26407.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (バクテリア)
株: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757
遺伝子: cteC, CV_1467 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q7NY09, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a (Fragment)


分子量: 8988.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS27A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J3QTR3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 100 mM sodium cacodylate, pH 6.25, 200 mM sodium acetate, 22% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41.409 Å / Num. obs: 27318 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.738 % / Biso Wilson estimate: 40.397 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 1.081 / Net I/σ(I): 6.21 / Num. measured all: 74784
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.262.4760.382.34474209718070.7730.47586.2
2.26-2.322.740.3452.785434199819830.8340.42199.2
2.32-2.392.8050.313.15493196119580.890.37899.8
2.39-2.462.8310.263.635354190218910.9060.31899.4
2.46-2.542.8150.2274.145273187618730.9320.27799.8
2.54-2.632.8080.214.564951179217630.9320.25798.4
2.63-2.732.7590.1875.124712171917080.9440.22999.4
2.73-2.842.6810.1685.494292165216010.9450.20796.9
2.84-2.972.6450.1476.34181165515810.960.18295.5
2.97-3.112.8650.1277.394231148714770.9730.15599.3
3.11-3.282.8320.128.284035143914250.9680.14699
3.28-3.482.7610.1068.773771138413660.9740.1398.7
3.48-3.722.7410.1039.393426128212500.9740.12597.5
3.72-4.022.6470.0869.623084119711650.9830.10697.3
4.02-4.42.5670.0859.742608110610160.9770.10691.9
4.4-4.922.8470.0810.582864101410060.9850.09899.2
4.92-5.682.7910.08910.5224428848750.9720.10999
5.68-6.962.6720.09110.0219377347250.9780.11298.8
6.96-9.842.5940.07510.5514145775450.9890.09394.5
9.84-41.4092.6670.07211.268083113030.9890.08997.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3228精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→41.409 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 1359 4.98 %
Rwork0.1919 --
obs0.1945 27314 97.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.32 Å2 / Biso mean: 42.6331 Å2 / Biso min: 12.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→41.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2308 0 0 108 2416
Biso mean---42.74 -
残基数----297
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2004-2.27910.33531230.2711238289
2.2791-2.37030.29181370.25522637100
2.3703-2.47820.31831380.25082657100
2.4782-2.60880.33861390.2544264599
2.6088-2.77230.3381420.2331264599
2.7723-2.98620.30511360.2267258896
2.9862-3.28660.21561340.1991260299
3.2866-3.7620.23741420.1736262998
3.762-4.73860.2141320.1417254896
4.7386-41.4090.18091360.1618262298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.36580.80540.57721.29390.62630.7671-0.0962-0.1704-0.2118-0.1583-0.0885-0.0859-0.124-0.0638-0.23940.18840.02820.04550.15390.02370.21417.3156.920817.666
20.07610.08860.10750.12330.00420.10860.14030.1477-0.0159-0.3415-0.1773-0.06830.12170.18870.00030.21310.07980.02630.23530.00040.229524.017112.873515.6751
30.4497-0.09960.29080.0289-0.00160.3902-0.1488-0.0093-0.03690.03530.0220.18060.32820.7881-0.01170.2920.0738-0.02220.2778-0.00750.203235.961227.9056.0721
40.53840.4046-0.48390.2734-0.32440.3839-0.0171-0.17110.0023-0.4021-0.1790.0532-0.06740.0401-0.18110.2870.0393-0.05350.1903-0.01730.213322.14623.896115.529
51.0660.6230.48711.48150.61280.6973-0.0131-0.78160.0483-0.7752-0.3551-0.0342-0.0064-0.6677-0.46610.05030.09860.00310.17040.0140.16027.98083.768816.6379
60.03840.0150.0061-0.01130.02550.0996-0.2119-0.0947-0.16260.1261-0.1327-0.11180.53340.37780.00040.58980.19760.06160.40360.02490.344832.568214.8321-11.9472
70.0810.2183-0.08980.6518-0.26710.1455-0.18470.30880.0133-0.63420.31150.25210.71810.6928-0.0420.13210.1834-0.0020.4633-0.05150.154838.780322.5384-14.94
80.18940.00720.09190.1084-0.03920.0588-0.06190.3131-0.442-0.15830.0346-0.49350.25140.13420.01760.35280.23060.0990.6442-0.01970.287641.535218.1202-3.557
90.50110.048-0.06380.18580.17430.2248-0.3332-0.3470.33090.08960.0636-0.03281.06220.6671-0.19340.4890.2170.0280.48520.0718-0.032136.865618.7817-6.238
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 116 )A44 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 117 through 150 )A117 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 151 through 187 )A151 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 188 through 226 )A188 - 226
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 227 through 276 )A227 - 276
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid -2 through 22 )B-2 - 22
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 23 through 44 )B23 - 44
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 45 through 56 )B45 - 56
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 57 through 75 )B57 - 75

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る