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- PDB-8htb: Staphylococcus aureus FtsZ 12-316 complexed with TXH9179 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8htb
タイトルStaphylococcus aureus FtsZ 12-316 complexed with TXH9179
要素Cell division protein FtsZ
キーワードHYDROLASE / GTPase / protein-inhibitor complex / antibacterial agent
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal ...Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-ZI9 / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Bryan, E. / Ferrer-Gonzalez, E. / Sagong, H.Y. / Fujita, J. / Mark, L. / Kaul, M. / LaVoie, E.J. / Matsumura, H. / Pilch, D.S.
資金援助 米国, 日本, 11件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI118874 米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15J00589 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H00783 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06094 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04735 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K07582 日本
Takeda Science Foundation 日本
The Promotion and Mutual Aid Corporation for Private Schools of Japan 日本
Institute for Protein Research, Osaka UniversityCR-18-05 日本
Institute for Protein Research, Osaka UniversityCR-19-05 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101070 日本
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structural and Antibacterial Characterization of a New Benzamide FtsZ Inhibitor with Superior Bactericidal Activity and In Vivo Efficacy Against Multidrug-Resistant Staphylococcus aureus.
著者: Bryan, E. / Ferrer-Gonzalez, E. / Sagong, H.Y. / Fujita, J. / Mark, L. / Kaul, M. / LaVoie, E.J. / Matsumura, H. / Pilch, D.S.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6824
ポリマ－31,8531
非ポリマー8293
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.445, 51.540, 86.292
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsZ


分子量: 31853.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ftsZ, SAR1162 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GHP9
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZI9 / 3-[(6-ethynyl-[1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-2-yl)methoxy]-2,6-bis(fluoranyl)benzamide


分子量: 345.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H9F2N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 43% (w/v) PEP629, 300 mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 69235 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 34.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Χ2% possible all
1.3-1.324.70.8042.234670.8280.71994.5
1.32-1.354.80.69833760.72294.7
1.35-1.374.80.58134250.72494.8
1.37-1.44.80.50534210.74395.2
1.4-1.434.80.42434170.75195.2
1.43-1.464.80.34934900.73195.6
1.46-1.54.80.2734290.76195.8
1.5-1.544.80.21334680.75595.9
1.54-1.594.80.16634450.77696.2
1.59-1.644.80.13835030.79396.3
1.64-1.74.80.10934870.79696.6
1.7-1.764.80.08735420.80797
1.76-1.844.80.06935000.86997.2
1.84-1.944.80.05735230.99397.3
1.94-2.064.70.04735451.15397.7
2.06-2.224.70.0435591.32898
2.22-2.454.70.03635821.48598.3
2.45-2.84.70.03335871.63598.4
2.8-3.534.50.03335631.9397.1
3.53-504.10.04129062.07277.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PHENIX1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VOA

3voa


解像度: 1.3→34.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18555 3448 5 %RANDOM
Rwork0.15467 ---
obs0.15625 65787 95.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.106 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.3→34.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2211 0 53 341 2605
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132472
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0162433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8591.663394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3761.5895640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5135366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.80925.045111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.66715454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0661511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5162.1131287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5112.1111286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0553.1791623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0573.1811624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.762.5491185
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.762.5491186
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.223.6661740
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.26226.6242753
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.1626.4132728
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr12.88334905
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.332 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 262 -
Rwork0.249 4732 -
obs--93.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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