PDB-8hrv: dutpase of helicobacter pylori 26695

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hrv

タイトル

dutpase of helicobacter pylori 26695

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kumari, K. / Gourinath, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of dUTPase from Helicobacter pylori reveals unusual activity for dATP.
著者: Kumari, K. / Aggarwal, S. / Khan, F.M. / Munde, M. / Gourinath, S.

履歴

登録	2022年12月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月26日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hrv.cif.gz	245.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hrv.ent.gz	150.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hrv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hrv_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hrv_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8hrv_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	8hrv_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/8hrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/8hrv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8k6wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

51.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.869, 103.869, 78.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 0 - 142 / Label seq-ID: 1 - 143

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 16722.076 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 株: 26695 / 遺伝子: dut, HP_0865 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: O25536, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP 分子量: 467.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 % / 解説: rod shaped crystals
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M amino acid mix,0.1 M buffer system1 pH 6.5, 50% v/v precipitant mix4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9805 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9805 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→89.95 Å / Num. obs: 32696 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 2380 / CC_1/2: 0.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→59.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 6.492 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1812	1634	5.001 %
R_work	0.1447	31041	-
all	0.147	-	-
obs	-	32675	99.988 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.815 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.467 Å²	0.233 Å²	0 Å²
2-	-	0.467 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.515 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→59.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3267	0	91	246	3604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3429
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.442	1.638	4658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.483	1.552	7352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.577	5	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.149	10	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.271	10	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.657	10	137
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.179	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	496
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.039	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.267	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.09	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.989	2.007	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.985	2.006	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.824	2.991	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.824	2.993	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.256	2.315	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.259	2.315	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.978	3.321	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.977	3.321	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.048	26.681	3536
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.003	25.467	3485
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.1	0.05	3916
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.102	0.05	3881
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.098	0.05	3906

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09992	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09992	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10158	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10158	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.205	108	0.186	2269	0.187	2379	0.973	0.979	99.9159	0.161
2.052-2.108	0.19	123	0.163	2237	0.165	2360	0.975	0.984	100	0.138
2.108-2.169	0.221	89	0.167	2211	0.169	2300	0.969	0.983	100	0.144
2.169-2.236	0.2	110	0.163	2070	0.165	2180	0.973	0.984	100	0.141
2.236-2.309	0.189	120	0.147	2052	0.149	2172	0.981	0.986	100	0.129
2.309-2.39	0.187	101	0.15	1958	0.152	2059	0.979	0.986	100	0.134
2.39-2.48	0.194	91	0.142	1917	0.144	2008	0.977	0.988	100	0.127
2.48-2.581	0.199	88	0.147	1834	0.15	1922	0.975	0.987	100	0.133
2.581-2.696	0.198	94	0.142	1754	0.145	1848	0.976	0.988	100	0.129
2.696-2.827	0.164	80	0.138	1706	0.139	1786	0.983	0.989	100	0.128
2.827-2.979	0.158	97	0.14	1581	0.141	1678	0.984	0.988	100	0.132
2.979-3.16	0.177	92	0.14	1503	0.142	1595	0.981	0.988	100	0.136
3.16-3.377	0.193	70	0.145	1436	0.147	1506	0.975	0.987	100	0.143
3.377-3.647	0.157	58	0.14	1339	0.141	1397	0.985	0.989	100	0.142
3.647-3.993	0.163	86	0.135	1223	0.136	1309	0.985	0.989	100	0.14
3.993-4.462	0.168	54	0.122	1111	0.124	1165	0.984	0.992	100	0.131
4.462-5.148	0.146	64	0.116	974	0.118	1038	0.99	0.993	100	0.127
5.148-6.293	0.18	38	0.153	840	0.154	878	0.985	0.989	100	0.161
6.293-8.849	0.183	43	0.162	652	0.163	695	0.983	0.985	100	0.171
8.849-59.28	0.293	28	0.18	376	0.186	405	0.928	0.976	99.7531	0.191

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.076	0.0862	0.1327	0.6556	0.3251	0.3984	0.0308	0.0127	0.0082	0.0384	-0.0548	-0.0069	-0.0056	0.0383	0.024	0.045	-0.0131	-0.0102	0.0265	0.0018	0.0179	-23.5406	25.633	7.0394
2	0.2287	0.2468	0.1732	1.2717	0.2508	0.1532	0.0413	0.0539	-0.0135	-0.0502	-0.0446	0.0715	0.0075	0.0429	0.0033	0.0408	0.0104	-0.0171	0.0298	-0.0117	0.0154	-28.9739	20.3162	-5.7122
3	0.3719	0.4165	-0.2005	0.9323	-0.0035	0.2376	-0.0401	0.047	-0.0226	-0.1381	0.049	-0.0831	-0.0155	-0.0181	-0.0089	0.0516	-0.0147	0.019	0.0156	-0.0017	0.0105	-20.4496	32.0531	-5.8651

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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