PDB-8k6w: dUTPase of helicobacter pylori 26695

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k6w

タイトル

dUTPase of helicobacter pylori 26695

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kumari, K. / Gourinath, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of dUTPase from Helicobacter pylori reveals unusual activity for dATP.
著者: Kumari, K. / Aggarwal, S. / Khan, F.M. / Munde, M. / Gourinath, S.

履歴

登録	2023年7月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月26日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k6w.cif.gz	207.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k6w.ent.gz	128.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k6w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/8k6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/8k6w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hrvC 3mbqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

50.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.360, 102.360, 78.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 16722.076 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: dut, HP_0865 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O25536, dUTP diphosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: MORPHEUS H4 condition:0.1 M Amino acid mix, 0.1 M buffer system pH 6.5, 50% V/V precipitant mix 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→58.7 Å / Num. obs: 16291 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 46.3 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 1837 / CC_1/2: 0.833

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MBQ

3mbq

解像度: 2.5→58.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 21.121 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.436 / ESU R Free: 0.271 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2384	1092	6.711 %
R_work	0.175	15181	-
all	0.179	-	-
obs	-	16273	99.969 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.122 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.165 Å²	-0.082 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.165 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.535 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→58.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2981	0	0	23	3004

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	3023
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.339	1.645	4084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.447	1.574	6818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.184	5	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.519	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.384	10	543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.109	10	130
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.389	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.245	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.346	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.53	2.991	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.513	2.991	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.954	5.351	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.954	5.355	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.605	3.471	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.589	3.469	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.812	6.167	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.81	6.169	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.497	27.706	2967
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.5	27.718	2967

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.326	75	0.283	1127	X-RAY DIFFRACTION	99.751
2.565-2.635	0.294	68	0.256	1103	X-RAY DIFFRACTION	99.9147
2.635-2.711	0.263	81	0.221	1032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.711-2.795	0.332	100	0.237	1017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.795-2.886	0.298	77	0.223	975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.886-2.987	0.299	77	0.216	945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.987-3.1	0.309	81	0.199	924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.226	0.235	57	0.202	915	X-RAY DIFFRACTION	100
3.226-3.369	0.259	53	0.195	847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.369-3.533	0.253	51	0.186	844	X-RAY DIFFRACTION	100
3.533-3.723	0.238	65	0.163	768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.723-3.948	0.242	77	0.157	722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.948-4.219	0.223	37	0.144	713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.219-4.555	0.172	52	0.114	646	X-RAY DIFFRACTION	100
4.555-4.987	0.144	26	0.111	615	X-RAY DIFFRACTION	100
4.987-5.57	0.169	29	0.132	556	X-RAY DIFFRACTION	100
5.57-6.423	0.163	35	0.161	492	X-RAY DIFFRACTION	100
6.423-7.843	0.184	30	0.158	411	X-RAY DIFFRACTION	100
7.843-10.994	0.224	12	0.173	331	X-RAY DIFFRACTION	100
10.994-58.7	0.385	9	0.256	198	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8383	0.4265	0.5111	1.0978	0.472	0.5418	0.2619	0.111	0.0325	0.1982	-0.3338	0.059	-0.0023	0.0425	0.0719	0.268	-0.0565	-0.033	0.22	-0.0034	0.0173	-23.1161	24.866	9.8179
2	0.5862	0.4973	0.584	1.9644	0.249	0.6277	0.1025	0.1059	0.0825	-0.1585	-0.1864	0.2131	0.1112	0.1381	0.0839	0.164	0.0911	-0.0916	0.151	-0.0504	0.092	-29.9752	18.0126	-6.9552
3	0.9588	0.8647	-0.2276	1.7859	0.3554	0.3813	-0.1759	0.152	0.036	-0.2585	0.1209	0.1244	-0.0268	0.0064	0.0551	0.1845	0.0127	-0.0367	0.2383	0.0495	0.0254	-18.0163	32.8084	-7.7041

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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