+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hre | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Straight fiber of DT57C bacteriophage in the full state | |||||||||||||||
![]() | Central straight fiber | |||||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Straight fiber / T5 / VIRUS | |||||||||||||||
機能・相同性 | Central straight fiber![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å | |||||||||||||||
![]() | Ayala, R. / Moiseenko, A.V. / Chen, T.H. / Kulikov, E.E. / Golomidova, A.K. / Orekhov, P.S. / Street, M.A. / Sokolova, O.S. / Letarov, A.V. / Wolf, M. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Nearly complete structure of bacteriophage DT57C reveals architecture of head-to-tail interface and lateral tail fibers. 著者: Rafael Ayala / Andrey V Moiseenko / Ting-Hua Chen / Eugene E Kulikov / Alla K Golomidova / Philipp S Orekhov / Maya A Street / Olga S Sokolova / Andrey V Letarov / Matthias Wolf / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: The T5 family of viruses are tailed bacteriophages characterized by a long non-contractile tail. The bacteriophage DT57C is closely related to the paradigmal T5 phage, though it recognizes a ...The T5 family of viruses are tailed bacteriophages characterized by a long non-contractile tail. The bacteriophage DT57C is closely related to the paradigmal T5 phage, though it recognizes a different receptor (BtuB) and features highly divergent lateral tail fibers (LTF). Considerable portions of T5-like phages remain structurally uncharacterized. Here, we present the structure of DT57C determined by cryo-EM, and an atomic model of the virus, which was further explored using all-atom molecular dynamics simulations. The structure revealed a unique way of LTF attachment assisted by a dodecameric collar protein LtfC, and an unusual composition of the phage neck constructed of three protein rings. The tape measure protein (TMP) is organized within the tail tube in a three-stranded parallel α-helical coiled coil which makes direct contact with the genomic DNA. The presence of the C-terminal fragment of the TMP that remains within the tail tip suggests that the tail tip complex returns to its original state after DNA ejection. Our results provide a complete atomic structure of a T5-like phage, provide insights into the process of DNA ejection as well as a structural basis for the design of engineered phages and future mechanistic studies. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34968MC ![]() 8ho3C ![]() 8hqkC ![]() 8hqoC ![]() 8hqzC ![]() 8hrgC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 | ![]()
|
2 |
|
3 | ![]()
|
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C3 (3回回転対称)) |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74793.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia phage DT57C / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 67 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39145 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|