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- PDB-8hqt: The complex structure of COPI cargo sorting module with SARS-CoV-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hqt
タイトルThe complex structure of COPI cargo sorting module with SARS-CoV-2 Spike KxHxx sorting motif
要素
  • Coatomer subunit beta'
  • SARS-CoV-2 Spike KxHxx motif
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SARS-CoV-2 / Spike / COPI vesicle / KxHxx motif / retention signal
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Coatomer beta' subunit (COPB2) / : / COPA/B TPR domain / Coatomer, WD associated region / : / COPA/B second beta-propeller / G-protein beta WD-40 repeat / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...Coatomer beta' subunit (COPB2) / : / COPA/B TPR domain / Coatomer, WD associated region / : / COPA/B second beta-propeller / G-protein beta WD-40 repeat / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ma, W.F. / Nan, Y.N. / Yang, M.R. / Li, Y.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Beijing University of Chinese Medicine (BUCM)90011451310011, 1000061223476, ZYYCXTD-C-202006 中国
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2023
タイトル: SARS-CoV-2 spike host cell surface exposure promoted by a COPI sorting inhibitor.
著者: Li, Y. / Yang, M. / Nan, Y. / Wang, J. / Wang, S. / Cui, D. / Guo, J. / He, P. / Dai, W. / Zhou, S. / Zhang, Y. / Ma, W.
履歴
登録2022年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer subunit beta'
B: SARS-CoV-2 Spike KxHxx motif


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0562
ポリマ－35,0562
非ポリマー00
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.892, 51.051, 85.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-490-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Coatomer subunit beta'


分子量: 34293.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母)
遺伝子: SEC27, SCY_1929 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6ZU46
#2: タンパク質・ペプチド SARS-CoV-2 Spike KxHxx motif


分子量: 761.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 0.15 M NaCl and 1 mM DTT.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 28821 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1411 / CC1/2: 0.814 / CC star: 0.947 / Rpim(I) all: 0.332 / Rrim(I) all: 0.441 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549精密化
HKL-3000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→41.903 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 1411 4.9 %
Rwork0.209 --
obs0.2098 28821 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2397 0 0 208 2605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8043365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8071423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8002-1.86450.35051540.28652661X-RAY DIFFRACTION97
1.8645-1.93920.26211380.24542692X-RAY DIFFRACTION98
1.9392-2.02740.2351310.22732762X-RAY DIFFRACTION98
2.0274-2.13430.25321420.22382732X-RAY DIFFRACTION98
2.1343-2.2680.23831330.21872717X-RAY DIFFRACTION98
2.268-2.44310.24151360.21612733X-RAY DIFFRACTION98
2.4431-2.68890.23741570.22112767X-RAY DIFFRACTION99
2.6889-3.07790.21851570.21472701X-RAY DIFFRACTION98
3.0779-3.87740.20721270.20132816X-RAY DIFFRACTION99
3.8774-410.20391360.18832829X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.4997 Å / Origin y: -6.3377 Å / Origin z: 21.3284 Å
111213212223313233
T0.2065 Å20.0138 Å20.0152 Å2-0.2319 Å20.0006 Å2--0.2436 Å2
L0.4042 °2-0.015 °20.4547 °2-0.7953 °2-0.1637 °2--1.9828 °2
S-0.0172 Å °-0.0679 Å °-0.0123 Å °0.0293 Å °-0.0062 Å °0.0285 Å °-0.0086 Å °-0.1692 Å °-0.2204 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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