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- PDB-8hr0: The complex structure of COPII coat with HCoV-OC43 DD sorting motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hr0
タイトルThe complex structure of COPII coat with HCoV-OC43 DD sorting motif
要素
  • HCoV-OC43
  • Protein transport protein Sec23A
  • Protein transport protein Sec24A
  • Vesicle-trafficking protein SEC22b
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HCoV-OC43 / Spike / COPII vesicle / DD sorting motif
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cholesterol transport / COPII-coated vesicle cargo loading / SNAP receptor activity / COPII vesicle coat / negative regulation of autophagosome assembly / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...regulation of cholesterol transport / COPII-coated vesicle cargo loading / SNAP receptor activity / COPII vesicle coat / negative regulation of autophagosome assembly / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / MHC class II antigen presentation / GTPase activator activity / SNARE binding / cholesterol homeostasis / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein secretion / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of protein catabolic process / melanosome / protein transport / ER-Phagosome pathway / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vesicle-trafficking protein Sec22 / Longin domain profile. / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type ...Vesicle-trafficking protein Sec22 / Longin domain profile. / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Gelsolin-like domain superfamily / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / Longin-like domain superfamily / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Vesicle-trafficking protein SEC22b / Protein transport protein Sec24A / Protein transport protein Sec23A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Ma, W.F. / Nan, Y.N. / Yang, M.R. / Li, Y.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Beijing University of Chinese Medicine (BUCM)90011451310011, 1000061223476, ZYYCXTD-C-202006 中国
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2023
タイトル: SARS-CoV-2 spike host cell surface exposure promoted by a COPI sorting inhibitor.
著者: Li, Y. / Yang, M. / Nan, Y. / Wang, J. / Wang, S. / Cui, D. / Guo, J. / He, P. / Dai, W. / Zhou, S. / Zhang, Y. / Ma, W.
履歴
登録2022年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein Sec23A
B: Protein transport protein Sec24A
C: Vesicle-trafficking protein SEC22b
D: HCoV-OC43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,9846
ポリマ－194,8534
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area66140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.580, 96.203, 130.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein transport protein Sec23A / hSec23A / SEC23-related protein A


分子量: 86249.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC23A
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q15436
#2: タンパク質 Protein transport protein Sec24A / SEC24-related protein A


分子量: 84761.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC24A
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O95486
#3: タンパク質 Vesicle-trafficking protein SEC22b / ER-Golgi SNARE of 24 kDa / ERS-24 / ERS24 / SEC22 vesicle-trafficking protein homolog B / SEC22 ...ER-Golgi SNARE of 24 kDa / ERS-24 / ERS24 / SEC22 vesicle-trafficking protein homolog B / SEC22 vesicle-trafficking protein-like 1


分子量: 22683.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC22B, SEC22L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75396
#4: タンパク質・ペプチド HCoV-OC43


分子量: 1158.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.9, 0.2 M NaAc and 16% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→50 Å / Num. obs: 26475 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3.34→3.45 Å / Num. unique obs: 2430 / CC1/2: 0.716

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16.3549精密化
HKL-3000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.34→49.023 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2991 1994 7.53 %
Rwork0.2228 --
obs0.2286 26475 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→49.023 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12399 0 2 0 12401
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01112720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34417246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0187748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651948
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3401-3.42360.34931380.26591746X-RAY DIFFRACTION97
3.4236-3.51610.36881430.25711729X-RAY DIFFRACTION99
3.5161-3.61950.35691410.26431752X-RAY DIFFRACTION100
3.6195-3.73630.36511450.2581766X-RAY DIFFRACTION99
3.7363-3.86980.3481390.25841761X-RAY DIFFRACTION99
3.8698-4.02470.30411400.24561734X-RAY DIFFRACTION98
4.0247-4.20780.30981330.22681644X-RAY DIFFRACTION93
4.2078-4.42950.29811480.22821760X-RAY DIFFRACTION100
4.4295-4.70680.29061440.21011763X-RAY DIFFRACTION100
4.7068-5.06980.27671430.20491774X-RAY DIFFRACTION100
5.0698-5.57940.27071470.20551782X-RAY DIFFRACTION100
5.5794-6.38530.30381450.22181755X-RAY DIFFRACTION99
6.3853-8.0390.31441390.21391739X-RAY DIFFRACTION96
8.039-490.23381490.1831776X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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