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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hq1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Human Lgi1-Adam22 Complex In Space Group C2 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / SYNAPTIC MODULATOR / COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 LGI-ADAM interactions / axon initial segment / negative regulation of cell adhesion / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission / synaptic cleft / axon guidance / central nervous system development / postsynaptic density membrane / metalloendopeptidase activity ...LGI-ADAM interactions / axon initial segment / negative regulation of cell adhesion / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission / synaptic cleft / axon guidance / central nervous system development / postsynaptic density membrane / metalloendopeptidase activity / neuron projection development / integrin binding / nervous system development / positive regulation of cell growth / cell adhesion / axon / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / dendrite / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.17 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, H.L. / Lin, Z.H. / Xu, F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure Of Human Lgi1-Adam22 Complex In Space Group C2 著者: Liu, H.L. / Lin, Z.H. / Xu, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hq1.cif.gz | 605.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hq1.ent.gz | 495.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hq1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hq1_validation.pdf.gz | 482.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hq1_full_validation.pdf.gz | 537.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hq1_validation.xml.gz | 63.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hq1_validation.cif.gz | 93 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/8hq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/8hq1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1w8aS 3g5cS 5sxmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53743.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAM22, MDC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0K1 #2: タンパク質 | 分子量: 60616.598 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGI1, EPT, UNQ775/PRO1569 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95970 #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M POTASSIUM/SODIUM PHOSPHATE pH=6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.17→50 Å / Num. obs: 50134 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 19.667 |
反射 シェル | 解像度: 4.17→4.31 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 1.909 / Num. unique obs: 4928 / Rsym value: 0.502 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1W8A, 5SXM, 3G5C 解像度: 4.17→37.92 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 40.68
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.17→37.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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