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- PDB-8hm3: Complex of PPIase-BfUbb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hm3
タイトルComplex of PPIase-BfUbb
要素
  • Peptidylprolyl isomerase
  • Putative ubiquitin
キーワードISOMERASE / human ubiquitin-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Trigger factor/SurA domain superfamily / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. ...Trigger factor/SurA domain superfamily / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin / PpiC domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Xu, J.H. / Chen, Z. / Gao, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32122007 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Bacteroides fragilis ubiquitin homologue drives intraspecies bacterial competition in the gut microbiome.
著者: Jiang, K. / Li, W. / Tong, M. / Xu, J. / Chen, Z. / Yang, Y. / Zang, Y. / Jiao, X. / Liu, C. / Lim, B. / Jiang, X. / Wang, J. / Wu, D. / Wang, M. / Liu, S.J. / Shao, F. / Gao, X.
履歴
登録2022年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ubiquitin
B: Peptidylprolyl isomerase
C: Putative ubiquitin
D: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,93511
ポリマ－116,3544
非ポリマー5817
水11,097616
1
A: Putative ubiquitin
B: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6427
ポリマ－58,1772
非ポリマー4645
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area27680 Å2
手法PISA
2
C: Putative ubiquitin
D: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2944
ポリマ－58,1772
非ポリマー1162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area27750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.860, 100.920, 106.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.463, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Putative ubiquitin


分子量: 8791.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: ubb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5L8M7
#2: タンパク質 Peptidylprolyl isomerase


分子量: 49386.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: BN669_00367 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R6ZJY1

-
非ポリマー , 4種, 623分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14% PEG3350, 0.3M magnesium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→30.74 Å / Num. obs: 59756 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 39.43 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.26→2.34 Å / Num. unique obs: 5944 / CC1/2: 0.606 / % possible all: 99.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOLREP位相決定
直接法位相決定
XDSdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UBQ

1ubq


解像度: 2.26→30.74 Å / SU ML: 0.3728 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.6155
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2604 2969 4.97 %
Rwork0.2135 56780 -
obs0.2158 59749 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→30.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8145 0 36 616 8797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00758308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.029611187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06021226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00661461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.04543242
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.30.35061450.28972693X-RAY DIFFRACTION99.68
2.3-2.340.36391480.28212653X-RAY DIFFRACTION99.64
2.34-2.380.39151450.27862737X-RAY DIFFRACTION99.76
2.38-2.420.3181350.28252693X-RAY DIFFRACTION99.75
2.42-2.470.30481520.26762708X-RAY DIFFRACTION99.65
2.47-2.530.3091380.25882704X-RAY DIFFRACTION99.65
2.53-2.590.31991340.26182704X-RAY DIFFRACTION99.82
2.59-2.650.34581410.26262691X-RAY DIFFRACTION99.75
2.65-2.720.32311430.26252702X-RAY DIFFRACTION99.51
2.72-2.80.32571380.25432728X-RAY DIFFRACTION99.58
2.8-2.890.32221430.23992682X-RAY DIFFRACTION99.75
2.89-30.29541380.23562682X-RAY DIFFRACTION99.54
3-3.120.2951370.2292731X-RAY DIFFRACTION99.31
3.12-3.260.30841370.24562727X-RAY DIFFRACTION99.55
3.26-3.430.29961150.22542708X-RAY DIFFRACTION99.19
3.43-3.650.26741430.20872718X-RAY DIFFRACTION99.58
3.65-3.930.27111550.19912679X-RAY DIFFRACTION99.09
3.93-4.320.20881310.17462708X-RAY DIFFRACTION98.92
4.32-4.950.21500.16682674X-RAY DIFFRACTION98.47
4.95-6.230.21511590.19072711X-RAY DIFFRACTION98.46
6.23-30.740.16031420.16552747X-RAY DIFFRACTION98.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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