+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hm1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | crystal structure of human ubiquitin-like protein from Bacteroides fragilis | ||||||
要素 | Putative ubiquitin | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / ubiquitin-like protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacteroides fragilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å | ||||||
データ登録者 | Tong, M. / Chen, Z. / Gao, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024 タイトル: Bacteroides fragilis ubiquitin homologue drives intraspecies bacterial competition in the gut microbiome. 著者: Jiang, K. / Li, W. / Tong, M. / Xu, J. / Chen, Z. / Yang, Y. / Zang, Y. / Jiao, X. / Liu, C. / Lim, B. / Jiang, X. / Wang, J. / Wu, D. / Wang, M. / Liu, S.J. / Shao, F. / Gao, X. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hm1.cif.gz | 52.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8hm1.ent.gz | 35.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hm1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hm1_validation.pdf.gz | 447.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8hm1_full_validation.pdf.gz | 448.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hm1_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hm1_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/8hm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/8hm1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8878.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 遺伝子: ubb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5L8M7 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium citrate pH 3.0, 3.4 M cesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.29→32.86 Å / Num. obs: 36628 / % possible obs: 98.07 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 16.43 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.29→1.336 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3124 / CC1/2: 0.557 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1UBQ 解像度: 1.29→32.86 Å / SU ML: 0.1928 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.8666 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.29→32.86 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|