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- PDB-8hl4: Cryo-EM Structures and Translocation Mechanism of Crenarchaeota R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hl4
タイトルCryo-EM Structures and Translocation Mechanism of Crenarchaeota Ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 24
  • (50S ribosomal protein ...) x 34
  • 16s rRNA (1493-MER)
  • 23s rRNA (3000-MER)
  • 5s rRNA (122-MER)
  • Conserved protein
  • DUF2280 domain-containing protein
  • Elongation factor 2
  • PHE-PHE-PHE-PHE-PHE-PHE
  • Small ribosomal subunit protein uS8
  • mRNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
  • tRNA (76-MER)
キーワードRIBOSOME / Sulfolobus acidocaldarius ribosome small subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / cytosolic ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / cytosolic ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFG/EF2, archaeal / Domain of unknown function DUF5622 / Domain of unknown function (DUF5622) / Ribosomal protein L14e / Ribosomal protein L1, archaea / : / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal ...Translation elongation factor EFG/EF2, archaeal / Domain of unknown function DUF5622 / Domain of unknown function (DUF5622) / Ribosomal protein L14e / Ribosomal protein L1, archaea / : / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / : / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L32e, archaeal / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L24e / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / : / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein S19e / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal L40e family / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / UNKNOWN / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL24 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / UNKNOWN / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Elongation factor 2 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Conserved protein / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein eL14 / 50S ribosomal protein L40e / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.62 Å
データ登録者Wang, Y.H. / Zhou, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971226 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Cryo-electron microscopy structure and translocation mechanism of the crenarchaeal ribosome.
著者: Ying-Hui Wang / Hong Dai / Ling Zhang / Yun Wu / Jingfen Wang / Chen Wang / Cai-Huang Xu / Hai Hou / Bing Yang / Yongqun Zhu / Xing Zhang / Jie Zhou /
要旨: Archaeal ribosomes have many domain-specific features; however, our understanding of these structures is limited. We present 10 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal ribosome ...Archaeal ribosomes have many domain-specific features; however, our understanding of these structures is limited. We present 10 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal ribosome from crenarchaeota Sulfolobus acidocaldarius (Sac) at 2.7-5.7 Å resolution. We observed unstable conformations of H68 and h44 of ribosomal RNA (rRNA) in the subunit structures, which may interfere with subunit association. These subunit structures provided models for 12 rRNA expansion segments and 3 novel r-proteins. Furthermore, the 50S-aRF1 complex structure showed the unique domain orientation of aRF1, possibly explaining P-site transfer RNA (tRNA) release after translation termination. Sac 70S complexes were captured in seven distinct steps of the tRNA translocation reaction, confirming conserved structural features during archaeal ribosome translocation. In aEF2-engaged 70S ribosome complexes, 3D classification of cryo-EM data based on 30S head domain identified two new translocation intermediates with 30S head domain tilted 5-6° enabling its disengagement from the translocated tRNA and its release post-translocation. Additionally, we observed conformational changes to aEF2 during ribosome binding and switching from three different states. Our structural and biochemical data provide new insights into archaeal translation and ribosome translocation.
履歴
登録2022年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A23S: 23s rRNA (3000-MER)
A16S: 16s rRNA (1493-MER)
A5S: 5s rRNA (122-MER)
AL2P: 50S ribosomal protein L2
AL3P: 50S ribosomal protein L3
AL4P: 50S ribosomal protein L4
AL5P: 50S ribosomal protein L5
AL6P: 50S ribosomal protein L6
ALX0: 50S ribosomal protein L18Ae
L10E: 50S ribosomal protein L10e
L13P: 50S ribosomal protein L13
L141: 50S ribosomal protein L14e
L142: 50S ribosomal protein L14e
L14P: 50S ribosomal protein L14
L15E: 50S ribosomal protein L15e
L18E: 50S ribosomal protein L18e
L18P: 50S ribosomal protein L18
L19E: 50S ribosomal protein L19e
L22P: 50S ribosomal protein L22
L23P: 50S ribosomal protein L23
L24E: 50S ribosomal protein L24e
L24P: 50S ribosomal protein L24
L29P: 50S ribosomal protein L29
L30E: 50S ribosomal protein L30e
L30P: 50S ribosomal protein L30
L31E: 50S ribosomal protein L31e
L32E: 50S ribosomal protein L32e
L34E: 50S ribosomal protein L34e
L37A: 50S ribosomal protein L37Ae
L37E: 50S ribosomal protein L37e
L39E: 50S ribosomal protein L39e
L40E: 50S ribosomal protein L40E
L44E: 50S ribosomal protein L44e
L7A1: 50S ribosomal protein L7Ae
L7A2: 50S ribosomal protein L7Ae
L15P: 50S ribosomal protein L15
L21E: 50S ribosomal protein L21e
L45A: DUF2280 domain-containing protein
L46A: Conserved protein
L47A: 50S ribosomal protein L47A
AL1P: 50S ribosomal protein L1
AS2P: 30S ribosomal protein S2
AS4E: 30S ribosomal protein S4e
AS4P: 30S ribosomal protein S4
AS5P: 30S ribosomal protein S5
AS6E: 30S ribosomal protein S6e
AS8E: 30S ribosomal protein S8e
AS8P: Small ribosomal subunit protein uS8
S11P: 30S ribosomal protein S11
S12P: 30S ribosomal protein S12
S15P: 30S ribosomal protein S15
S17P: 30S ribosomal protein S17
S24E: 30S ribosomal protein S24e
S27E: 30S ribosomal protein S27e
S3AE: 30S ribosomal protein S3Ae
AS3P: 30S ribosomal protein S3
AS7P: 30S ribosomal protein S7
S10P: 30S ribosomal protein S10
S13P: 30S ribosomal protein S13
S14P: 30S ribosomal protein S14 type Z
S17E: 30S ribosomal protein S17e
S19P: 30S ribosomal protein S19
AS9P: 30S ribosomal protein S9
S28E: 30S ribosomal protein S28e
S27A: 30S ribosomal protein S27ae
SL7A: 50S ribosomal protein L7Ae
AMRN: mRNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
APTN: tRNA (76-MER)
APTP: PHE-PHE-PHE-PHE-PHE-PHE
S19E: 30S ribosomal protein S19e
AEFG: Elongation factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,553,030129
ポリマ－2,546,63071
非ポリマー6,40058
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 A23SA16SA5SAMRNAPTN

#1: RNA鎖 23s rRNA (3000-MER)


分子量: 980552.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
#2: RNA鎖 16s rRNA (1493-MER)


分子量: 487531.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
#3: RNA鎖 5s rRNA (122-MER)


分子量: 39440.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: GenBank: 68566501
#64: RNA鎖 mRNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 2710.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
#65: RNA鎖 tRNA (76-MER)


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: GenBank: 1850337400

+
50S ribosomal protein ... , 34種, 37分子 AL2PAL3PAL4PAL5PAL6PALX0L10EL13PL141L142L14PL15EL18EL18PL19EL22PL23PL24EL24PL29PL30EL30PL31EL32EL34EL37AL37EL39EL40EL44E...

#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 24881.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB43
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 38186.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB40
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 27357.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB41
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 19095.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P41202
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 20305.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05637
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L18Ae / 50S ribosomal protein L20e / 50S ribosomal protein LX


分子量: 8926.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P38613
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L10e


分子量: 18670.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JC84
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15808.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39473
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L14e


分子量: 9559.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAJ9
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 14707.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB50
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L15e


分子量: 20179.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB20
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L18e / HL29e


分子量: 12747.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39474
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 21766.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05640
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L19e


分子量: 17108.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05639
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 17360.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB45
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 9261.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB42
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L24e


分子量: 6338.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAV2
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 14130.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05633
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7378.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB47
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L30e


分子量: 10391.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P11522
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 17819.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05642
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L31e


分子量: 8935.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P38618
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L32e


分子量: 14328.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05638
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L34e


分子量: 8993.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05981
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L37Ae / Ribosomal protein L43e


分子量: 7536.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB29
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L37e


分子量: 6274.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAZ9
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L39e / L46e


分子量: 5861.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P13005
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L40E


分子量: 6336.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAP0
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L44e


分子量: 10805.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4J9B2
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 13351.481 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4J8P1
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16476.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05643
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L21e


分子量: 11155.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB11
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L47A


分子量: 9276.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: F2Z6C4
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 24416.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P35024

-
タンパク質 , 4種, 4分子 L45AL46AAS8PAEFG

#36: タンパク質 DUF2280 domain-containing protein


分子量: 11662.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4J9G6
#37: タンパク質 Conserved protein


分子量: 8320.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4J953
#46: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14624.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05636
#68: タンパク質 Elongation factor 2 / EF-2


分子量: 81106.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P23112

+
30S ribosomal protein ... , 24種, 24分子 AS2PAS4EAS4PAS5PAS6EAS8ES11PS12PS15PS17PS24ES27ES3AEAS3PAS7PS10PS13PS14PS17ES19PAS9PS28ES27AS19E

#40: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 22474.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39478
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S4e


分子量: 27339.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05634
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 19440.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39467
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 22782.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05641
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S6e


分子量: 11479.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAI1
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S8e


分子量: 14113.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAP5
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13652.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39469
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 15703.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P11524
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 17438.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAI3
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12602.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB49
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S24e


分子量: 10765.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAF9
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S27e


分子量: 6576.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4J9B1
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S1e


分子量: 21876.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB17
#54: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22396.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB46
#55: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 21862.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P17198
#56: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11775.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P17199
#57: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 17140.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39470
#58: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6190.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05635
#59: タンパク質 30S ribosomal protein S17e


分子量: 7336.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAX5
#60: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 13800.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB44
#61: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 15638.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39468
#62: タンパク質 30S ribosomal protein S28e


分子量: 7094.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAV1
#63: タンパク質 30S ribosomal protein S27ae


分子量: 6261.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAG0
#67: タンパク質 30S ribosomal protein S19e


分子量: 17559.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4J8U1

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 APTP

#66: タンパク質・ペプチド PHE-PHE-PHE-PHE-PHE-PHE


分子量: 901.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)

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非ポリマー , 2種, 58分子

#69: 化合物...
ChemComp-UNK / UNKNOWN / (S)-2-アミノ酪酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 103.120 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#70: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Sulfolobus acidocaldarius ribosome small sbunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1, #3-#37 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 26.7 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5357 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 261.02 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0056185125
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7147273214
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.038334331
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00517014
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.296666640

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る