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万見
- PDB-8hkx: Cryo-EM Structures and Translocation Mechanism of Crenarchaeota R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hkx
タイトルCryo-EM Structures and Translocation Mechanism of Crenarchaeota Ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 25
  • 16s rRNA (1491-MER)
  • 30S ribosomal protein
  • 50S ribosomal protein L7Ae
キーワードRIBOSOME / Sulfolobus acidocaldarius ribosome small subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S27ae / : / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae ...Ribosomal protein S27ae / : / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S2 signature 2. / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S12/S23 / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / : / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Wang, Y.H. / Zhou, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971226 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Cryo-electron microscopy structure and translocation mechanism of the crenarchaeal ribosome.
著者: Ying-Hui Wang / Hong Dai / Ling Zhang / Yun Wu / Jingfen Wang / Chen Wang / Cai-Huang Xu / Hai Hou / Bing Yang / Yongqun Zhu / Xing Zhang / Jie Zhou /
要旨: Archaeal ribosomes have many domain-specific features; however, our understanding of these structures is limited. We present 10 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal ribosome ...Archaeal ribosomes have many domain-specific features; however, our understanding of these structures is limited. We present 10 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal ribosome from crenarchaeota Sulfolobus acidocaldarius (Sac) at 2.7-5.7 Å resolution. We observed unstable conformations of H68 and h44 of ribosomal RNA (rRNA) in the subunit structures, which may interfere with subunit association. These subunit structures provided models for 12 rRNA expansion segments and 3 novel r-proteins. Furthermore, the 50S-aRF1 complex structure showed the unique domain orientation of aRF1, possibly explaining P-site transfer RNA (tRNA) release after translation termination. Sac 70S complexes were captured in seven distinct steps of the tRNA translocation reaction, confirming conserved structural features during archaeal ribosome translocation. In aEF2-engaged 70S ribosome complexes, 3D classification of cryo-EM data based on 30S head domain identified two new translocation intermediates with 30S head domain tilted 5-6° enabling its disengagement from the translocated tRNA and its release post-translocation. Additionally, we observed conformational changes to aEF2 during ribosome binding and switching from three different states. Our structural and biochemical data provide new insights into archaeal translation and ribosome translocation.
履歴
登録2022年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A16S: 16s rRNA (1491-MER)
AS2P: 30S ribosomal protein S2
AS4E: 30S ribosomal protein S4e
AS4P: 30S ribosomal protein S4
AS5P: 30S ribosomal protein S5
AS6E: 30S ribosomal protein S6e
AS8E: 30S ribosomal protein S8e
AS8P: 30S ribosomal protein S8
S11P: 30S ribosomal protein S11
S12P: 30S ribosomal protein S12
S15P: 30S ribosomal protein S15
S17P: 30S ribosomal protein S17
S24E: 30S ribosomal protein S24e
S27E: 30S ribosomal protein S27e
S3AE: 30S ribosomal protein S3Ae
AS3P: 30S ribosomal protein S3
AS7P: 30S ribosomal protein S7
AS9P: 30S ribosomal protein S9
S10P: 30S ribosomal protein S10
S13P: 30S ribosomal protein S13
S14P: 30S ribosomal protein S14 type Z
S17E: 30S ribosomal protein S17e
S19E: 30S ribosomal protein S19e
S19P: 30S ribosomal protein S19
S28E: 30S ribosomal protein S28e
SL7A: 50S ribosomal protein L7Ae
S27A: 30S ribosomal protein S27ae
A: 30S ribosomal protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)883,06728
ポリマ－883,06728
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 A16S

#1: RNA鎖 16s rRNA (1491-MER)


分子量: 486920.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)

+
30S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 AS2PAS4EAS4PAS5PAS6EAS8EAS8PS11PS12PS15PS17PS24ES27ES3AEAS3PAS7PAS9PS10PS13PS14PS17ES19ES19PS28ES27A

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 22474.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39478
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S4e


分子量: 27339.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05634
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 19440.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39467
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 22782.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05641
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6e


分子量: 11479.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAI1
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S8e


分子量: 14113.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAP5
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14624.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05636
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13652.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39469
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 15703.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P11524
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 17438.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAI3
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12602.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB49
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S24e


分子量: 10765.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAF9
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S27e


分子量: 6576.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4J9B1
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S1e


分子量: 21876.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB17
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22396.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB46
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 21862.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P17198
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 15638.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39468
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11775.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P17199
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 17140.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39470
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6190.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: O05635
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S17e


分子量: 7336.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAX5
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S19e


分子量: 17559.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4J8U1
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 13800.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB44
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S28e


分子量: 7094.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAV1
#27: タンパク質 30S ribosomal protein S27ae


分子量: 6261.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAG0

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タンパク質 , 2種, 2分子 SL7AA

#26: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 13351.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4J8P1
#28: タンパク質 30S ribosomal protein


分子量: 4868.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Sulfolobus acidocaldarius ribosome small sbunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#7, #9-#24, #27, #25-#26 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 26.7 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98366 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 99.72 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003763938
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.702993729
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411681
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00546306
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.592421903

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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