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- PDB-8hjt: Crystal Structure of Intracellular B30.2 Domain of VpBTN3 and VpB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hjt
タイトルCrystal Structure of Intracellular B30.2 Domain of VpBTN3 and VpBTN2 in Complex with HMBPP
要素
  • Butyrophylin 3
  • butyrophilin subfamily 2 member A2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Butyrophilin / Signaling Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cytokine production / T cell receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H6P / Butyrophylin 3 / Butyrophilin subfamily 2 member A2
類似検索 - 構成要素
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Yang, Y.Y. / Shen, P.P. / Li, X. / Yi, S.M. / Zhang, M.T. / Huang, J.-W. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82271887 中国
引用ジャーナル: Nature / : 2023
タイトル: Phosphoantigens glue butyrophilin 3A1 and 2A1 to activate V gamma 9V delta 2 T cells.
著者: Yuan, L. / Ma, X. / Yang, Y. / Qu, Y. / Li, X. / Zhu, X. / Ma, W. / Duan, J. / Xue, J. / Yang, H. / Huang, J.W. / Yi, S. / Zhang, M. / Cai, N. / Zhang, L. / Ding, Q. / Lai, K. / Liu, C. / ...著者: Yuan, L. / Ma, X. / Yang, Y. / Qu, Y. / Li, X. / Zhu, X. / Ma, W. / Duan, J. / Xue, J. / Yang, H. / Huang, J.W. / Yi, S. / Zhang, M. / Cai, N. / Zhang, L. / Ding, Q. / Lai, K. / Liu, C. / Zhang, L. / Liu, X. / Yao, Y. / Zhou, S. / Li, X. / Shen, P. / Chang, Q. / Malwal, S.R. / He, Y. / Li, W. / Chen, C. / Chen, C.C. / Oldfield, E. / Guo, R.T. / Zhang, Y.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: butyrophilin subfamily 2 member A2
B: butyrophilin subfamily 2 member A2
C: Butyrophylin 3
D: Butyrophylin 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5737
ポリマ-97,8104
非ポリマー7623
2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.188, 78.188, 299.827
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 butyrophilin subfamily 2 member A2


分子量: 26422.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 遺伝子: LOC102538576 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A6J0B3M7
#2: タンパク質 Butyrophylin 3


分子量: 22482.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 遺伝子: Btn3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A345DF50
#3: 化合物 ChemComp-H6P / (2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate / HMBPP


分子量: 262.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C5H12O8P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 8k, 0.1 M HEPES pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→35 Å / Num. obs: 24182 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 37.11 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.91→2.96 Å / Num. unique obs: 1131 / CC1/2: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SAINTデータ削減
SAINTデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.91→34.66 Å / SU ML: 0.4087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.9585
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 1154 4.95 %
Rwork0.2218 22151 -
obs0.2244 23305 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→34.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6024 0 45 112 6181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00236247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5248508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045889
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6942863
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91-3.040.39471480.30552389X-RAY DIFFRACTION85.85
3.04-3.20.34761430.27932523X-RAY DIFFRACTION90.13
3.2-3.40.30771230.24582719X-RAY DIFFRACTION94.17
3.4-3.670.28711440.23152757X-RAY DIFFRACTION97.64
3.67-4.030.27031590.2092843X-RAY DIFFRACTION99.77
4.03-4.620.20771370.19192918X-RAY DIFFRACTION99.84
4.62-5.810.25751320.19242926X-RAY DIFFRACTION99.84
5.81-34.660.23991680.21813076X-RAY DIFFRACTION99.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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