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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hjt | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Intracellular B30.2 Domain of VpBTN3 and VpBTN2 in Complex with HMBPP | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Butyrophilin / Signaling Protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of cytokine production / T cell receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yang, Y.Y. / Shen, P.P. / Li, X. / Yi, S.M. / Zhang, M.T. / Huang, J.-W. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Phosphoantigens glue butyrophilin 3A1 and 2A1 to activate V gamma 9V delta 2 T cells. 著者: Yuan, L. / Ma, X. / Yang, Y. / Qu, Y. / Li, X. / Zhu, X. / Ma, W. / Duan, J. / Xue, J. / Yang, H. / Huang, J.W. / Yi, S. / Zhang, M. / Cai, N. / Zhang, L. / Ding, Q. / Lai, K. / Liu, C. / ...著者: Yuan, L. / Ma, X. / Yang, Y. / Qu, Y. / Li, X. / Zhu, X. / Ma, W. / Duan, J. / Xue, J. / Yang, H. / Huang, J.W. / Yi, S. / Zhang, M. / Cai, N. / Zhang, L. / Ding, Q. / Lai, K. / Liu, C. / Zhang, L. / Liu, X. / Yao, Y. / Zhou, S. / Li, X. / Shen, P. / Chang, Q. / Malwal, S.R. / He, Y. / Li, W. / Chen, C. / Chen, C.C. / Oldfield, E. / Guo, R.T. / Zhang, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1014.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1023.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8igtC ![]() 8ih4C ![]() 8ixvC ![]() 8izeC ![]() 8izgC ![]() 8jy9C ![]() 8jyaC ![]() 8jybC ![]() 8jycC ![]() 8jyeC ![]() 8jyfC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26422.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 22482.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EPE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 8k, 0.1 M HEPES pH7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34138 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.91→35 Å / Num. obs: 24182 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 37.11 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.91→2.96 Å / Num. unique obs: 1131 / CC1/2: 0.96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.91→34.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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