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万見
- PDB-8him: A cryo-EM structure of B. oleracea RNA polymerase V elongation co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8him
タイトルA cryo-EM structure of B. oleracea RNA polymerase V elongation complex at 2.73 Angstrom
要素
  • (DNA (34-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 3
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 4
  • DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12
  • RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3')
  • RNA_pol_L_2 domain-containing protein
  • RPOLD domain-containing protein
キーワードTRANSCRIPTION / DNA-dependent RNA polymerase V
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase IV complex / RNA polymerase V complex / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity ...RNA polymerase IV complex / RNA polymerase V complex / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. ...Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / DNA-directed RNA polymerase RpoA/D/Rpb3-type domain-containing protein / DNA-directed RNA polymerase RpoA/D/Rpb3-type domain-containing protein / DNA-directed RNA polymerase RBP11-like dimerisation domain-containing protein / Uncharacterized protein / DNA-directed RNA polymerase subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica oleracea (キャベツ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hu, H. / Xie, G. / Du, X. / Du, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structure and mechanism of the plant RNA polymerase V.
著者: Guohui Xie / Xuan Du / Hongmiao Hu / Sisi Li / Xiaofeng Cao / Steven E Jacobsen / Jiamu Du /
要旨: In addition to the conserved RNA polymerases I to III (Pols I to III) in eukaryotes, two atypical polymerases, Pols IV and V, specifically produce noncoding RNA in the RNA-directed DNA methylation ...In addition to the conserved RNA polymerases I to III (Pols I to III) in eukaryotes, two atypical polymerases, Pols IV and V, specifically produce noncoding RNA in the RNA-directed DNA methylation pathway in plants. Here, we report on the structures of cauliflower Pol V in the free and elongation conformations. A conserved tyrosine residue of NRPE2 stacks with a double-stranded DNA branch of the transcription bubble to potentially attenuate elongation by inducing transcription stalling. The nontemplate DNA strand is captured by NRPE2 to enhance backtracking, thereby increasing 3'-5' cleavage, which likely underpins Pol V's high fidelity. The structures also illuminate the mechanism of Pol V transcription stalling and enhanced backtracking, which may be important for Pol V's retention on chromatin to serve its function in tethering downstream factors for RNA-directed DNA methylation.
履歴
登録2022年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: DNA (34-MER)
N: DNA (34-MER)
P: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3')
A: DNA-directed RNA polymerase V largest subunit
C: RPOLD domain-containing protein
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
L: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase subunit
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
B: DNA-directed RNA polymerase IV and V subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)518,69920
ポリマ－518,28213
非ポリマー4177
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TN

#1: DNA鎖 DNA (34-MER)


分子量: 10482.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Brassica oleracea (キャベツ)
#2: DNA鎖 DNA (34-MER)


分子量: 10463.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Brassica oleracea (キャベツ)

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3')


分子量: 6414.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Brassica oleracea (キャベツ)

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 AIB

#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase V largest subunit


分子量: 222876.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 組織: inflorescence
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 13123.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 組織: inflorescence / 参照: UniProt: A0A3P6GD79
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase IV and V subunit 2


分子量: 132377.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 組織: inflorescence

-
タンパク質 , 3種, 3分子 CKL

#5: タンパク質 RPOLD domain-containing protein


分子量: 35484.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 組織: inflorescence / 参照: UniProt: A0A0D3D418
#8: タンパク質 RNA_pol_L_2 domain-containing protein


分子量: 13538.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 組織: inflorescence / 参照: UniProt: A0A0D3DS91
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12


分子量: 5983.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 組織: inflorescence / 参照: UniProt: A0A0D2ZPP3

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 4種, 4分子 FJHE

#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2


分子量: 16686.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 組織: inflorescence / 参照: UniProt: A0A0D3BZZ8
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5


分子量: 7982.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 組織: inflorescence / 参照: UniProt: A0A0D3AAT3
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 16607.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 組織: inflorescence / 参照: UniProt: A0A0D3DUD8
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1


分子量: 26260.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 組織: inflorescence

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非ポリマー , 2種, 7分子

#14: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1DNA-directed RNA polymerase V elongation complexCOMPLEX#1-#130MULTIPLE SOURCES
2DNA-directed RNA polymeraseCOMPLEX#4-#131NATURAL
3DNA-RNACOMPLEX#1-#31SYNTHETIC
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ) / 組織: inflorescence
緩衝液pH: 7.8
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 280 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.9975 sec. / 電子線照射量: 1.5625 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5694

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.2粒子像選択
2EPU2.10.0.5REL画像取得
4RELION3.1.2CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9PHENIX1.17.1モデル精密化
10RELION3.1.2初期オイラー角割当
11RELION3.1.2最終オイラー角割当
13RELION3.1.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2750896
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 503124 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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