PDB-8hgk: Crystal structure of human ClpP in complex with ZK53

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hgk

タイトル

Crystal structure of human ClpP in complex with ZK53

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

キーワード

HYDROLASE / activator / ZK53 / human ClpP

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane protein proteolysis / mitochondrial protein catabolic process / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATP-dependent peptidase activity / Mitochondrial protein degradation / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATPase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Yang, C.-G. / Gan, J.H. / Zhou, L.-L.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	22037007	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	21725801	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	22107109	中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2022YFC2804104	中国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Selective activator of human ClpP triggers cell cycle arrest to inhibit lung squamous cell carcinoma.
著者: Zhou, L.L. / Zhang, T. / Xue, Y. / Yue, C. / Pan, Y. / Wang, P. / Yang, T. / Li, M. / Zhou, H. / Ding, K. / Gan, J. / Ji, H. / Yang, C.G.

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hgk.cif.gz	975.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hgk.ent.gz	802.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hgk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hgk_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hgk_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	8hgk_validation.xml.gz	90.6 KB	表示
CIF形式データ	8hgk_validation.cif.gz	117.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1tg6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

ヘテロ分子

346 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.310, 97.000, 123.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial / caseinolytic protease P / Endopeptidase Clp 分子量: 24276.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLPP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16740, endopeptidase Clp
#2: 化合物	ChemComp-ZLL / 4-[[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-N-[(4-bromophenyl)methyl]piperazine-1-carboxamide 分子量: 424.282 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀BrF₂N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.01 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20.53 Å / Num. obs: 223016 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / Num. unique obs: 223016 / CC_1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	v5.0	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TG6

1tg6

解像度: 1.9→20.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 10.638 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22106	10975	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18565	-	-	-
obs	0.1874	212014	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.321 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.25 Å²	-0 Å²	2.52 Å²
2-	-	0.64 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→20.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18933	0	369	478	19780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	19727
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	18585
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.329	2	26776
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.939	3	43069
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.861	5	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.283	24.157	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.342	15	3339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.187	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	21368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.201	3.073	9932
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.201	3.072	9931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.957	4.577	12352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.957	4.577	12353
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.604	3.698	9795
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.601	3.697	9794
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.17	5.358	14418
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.931	36.942	20739
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.908	36.852	20680
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.346	3	38312
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	39.777	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	11.527	5	38166

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10954	0.02
1	2	B	10954	0.02
2	1	A	10918	0.06
2	2	C	10918	0.06
3	1	A	10920	0.06
3	2	D	10920	0.06
4	1	A	11164	0.05
4	2	E	11164	0.05
5	1	A	10922	0.07
5	2	F	10922	0.07
6	1	A	10972	0.05
6	2	G	10972	0.05
7	1	A	10732	0.05
7	2	H	10732	0.05
8	1	A	10896	0.07
8	2	I	10896	0.07
9	1	A	10856	0.05
9	2	J	10856	0.05
10	1	A	10928	0.06
10	2	K	10928	0.06
11	1	A	10962	0.05
11	2	L	10962	0.05
12	1	A	11026	0.05
12	2	M	11026	0.05
13	1	A	10954	0.06
13	2	N	10954	0.06
14	1	B	10874	0.06
14	2	C	10874	0.06
15	1	B	10856	0.05
15	2	D	10856	0.05
16	1	B	10888	0.04
16	2	E	10888	0.04
17	1	B	10830	0.06
17	2	F	10830	0.06
18	1	B	10862	0.05
18	2	G	10862	0.05
19	1	B	10732	0.06
19	2	H	10732	0.06
20	1	B	10784	0.07
20	2	I	10784	0.07
21	1	B	10794	0.04
21	2	J	10794	0.04
22	1	B	10852	0.06
22	2	K	10852	0.06
23	1	B	10864	0.05
23	2	L	10864	0.05
24	1	B	10802	0.05
24	2	M	10802	0.05
25	1	B	10894	0.05
25	2	N	10894	0.05
26	1	C	10822	0.05
26	2	D	10822	0.05
27	1	C	10884	0.05
27	2	E	10884	0.05
28	1	C	10850	0.06
28	2	F	10850	0.06
29	1	C	10888	0.05
29	2	G	10888	0.05
30	1	C	10818	0.06
30	2	H	10818	0.06
31	1	C	10886	0.05
31	2	I	10886	0.05
32	1	C	10778	0.05
32	2	J	10778	0.05
33	1	C	10792	0.05
33	2	K	10792	0.05
34	1	C	10806	0.07
34	2	L	10806	0.07
35	1	C	10870	0.04
35	2	M	10870	0.04
36	1	C	10838	0.06
36	2	N	10838	0.06
37	1	D	10888	0.05
37	2	E	10888	0.05
38	1	D	10850	0.06
38	2	F	10850	0.06
39	1	D	10904	0.05
39	2	G	10904	0.05
40	1	D	10716	0.06
40	2	H	10716	0.06
41	1	D	10822	0.07
41	2	I	10822	0.07
42	1	D	10752	0.05
42	2	J	10752	0.05
43	1	D	10892	0.05
43	2	K	10892	0.05
44	1	D	10870	0.08
44	2	L	10870	0.08
45	1	D	10804	0.04
45	2	M	10804	0.04
46	1	D	10830	0.06
46	2	N	10830	0.06
47	1	E	10974	0.06
47	2	F	10974	0.06
48	1	E	10948	0.06
48	2	G	10948	0.06
49	1	E	10726	0.06
49	2	H	10726	0.06
50	1	E	10970	0.06
50	2	I	10970	0.06
51	1	E	10846	0.05
51	2	J	10846	0.05
52	1	E	10952	0.05
52	2	K	10952	0.05
53	1	E	10964	0.06
53	2	L	10964	0.06
54	1	E	11086	0.05
54	2	M	11086	0.05
55	1	E	10994	0.04
55	2	N	10994	0.04
56	1	F	10896	0.06
56	2	G	10896	0.06
57	1	F	10800	0.06
57	2	H	10800	0.06
58	1	F	10904	0.06
58	2	I	10904	0.06
59	1	F	10818	0.06
59	2	J	10818	0.06
60	1	F	10962	0.06
60	2	K	10962	0.06
61	1	F	10872	0.07
61	2	L	10872	0.07
62	1	F	10858	0.05
62	2	M	10858	0.05
63	1	F	10906	0.07
63	2	N	10906	0.07
64	1	G	10750	0.06
64	2	H	10750	0.06
65	1	G	10868	0.06
65	2	I	10868	0.06
66	1	G	10802	0.04
66	2	J	10802	0.04
67	1	G	11006	0.05
67	2	K	11006	0.05
68	1	G	10930	0.07
68	2	L	10930	0.07
69	1	G	10888	0.05
69	2	M	10888	0.05
70	1	G	10944	0.06
70	2	N	10944	0.06
71	1	H	10768	0.07
71	2	I	10768	0.07
72	1	H	10736	0.06
72	2	J	10736	0.06
73	1	H	10704	0.06
73	2	K	10704	0.06
74	1	H	10664	0.07
74	2	L	10664	0.07
75	1	H	10744	0.05
75	2	M	10744	0.05
76	1	H	10656	0.06
76	2	N	10656	0.06
77	1	I	10742	0.06
77	2	J	10742	0.06
78	1	I	10830	0.06
78	2	K	10830	0.06
79	1	I	10776	0.07
79	2	L	10776	0.07
80	1	I	10906	0.06
80	2	M	10906	0.06
81	1	I	10846	0.06
81	2	N	10846	0.06
82	1	J	10754	0.05
82	2	K	10754	0.05
83	1	J	10712	0.06
83	2	L	10712	0.06
84	1	J	10678	0.04
84	2	M	10678	0.04
85	1	J	10684	0.06
85	2	N	10684	0.06
86	1	K	10886	0.07
86	2	L	10886	0.07
87	1	K	10850	0.05
87	2	M	10850	0.05
88	1	K	10964	0.05
88	2	N	10964	0.05
89	1	L	10862	0.07
89	2	M	10862	0.07
90	1	L	10910	0.06
90	2	N	10910	0.06
91	1	M	10864	0.06
91	2	N	10864	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	823	-
R_work	0.343	15499	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8563	-0.2673	-0.127	0.1153	-0.0529	0.5878	0.0522	-0.018	0.1481	-0.0103	0.0023	-0.0477	-0.107	0.1631	-0.0545	0.0911	-0.1065	-0.0423	0.1683	-0.0234	0.2165	378.9896	45.7176	520.116
2	0.4255	-0.1287	-0.1419	0.5889	-0.0005	0.3012	0.0197	-0.0546	-0.0072	0.01	0.0503	-0.1066	-0.0403	0.1357	-0.0701	0.0591	-0.0648	-0.0682	0.2254	-0.0334	0.1788	391.3083	23.5014	528.3851
3	0.1814	0.1295	-0.1055	0.4694	0.2434	0.6856	0.0166	-0.0358	-0.0951	-0.0101	0.0543	-0.0803	-0.0139	0.1666	-0.0709	0.0319	0.0208	-0.067	0.1834	-0.0011	0.2154	386.068	-1.9415	521.1099
4	0.861	-0.0009	-0.4838	0.1185	-0.0553	0.733	0.0118	0.0489	-0.1753	-0.0099	-0.0278	0.0088	0.0065	0.0665	0.016	0.0319	0.0258	-0.0628	0.0607	-0.0352	0.2055	367.3164	-11.1008	504.4048
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9	0.7313	-0.0595	-0.1102	0.2212	-0.2173	0.3592	0.0084	-0.1914	0.1105	0.0323	0.0204	0.0135	-0.0643	0.0262	-0.0288	0.1056	-0.0602	-0.015	0.1413	-0.1038	0.1587	347.8269	44.7733	550.3213
10	0.5557	0.2093	0.0997	0.1213	-0.01	0.2947	0.044	-0.0758	0.1195	0.02	-0.0108	0.0657	-0.0573	-0.0035	-0.0332	0.0963	-0.0021	-0.0129	0.0271	-0.0355	0.1972	327.4148	42.6438	532.7991
11	0.3957	0.0055	-0.2217	0.3211	-0.0552	0.3508	0.0314	0.017	0.0096	0.0251	-0.0125	0.0326	-0.0223	-0.0486	-0.019	0.0605	-0.0028	-0.0638	0.0733	0.0099	0.1678	316.7587	20.4857	521.9779
12	0.2107	-0.1256	-0.155	0.3743	-0.0274	0.3811	-0.0081	0.0155	-0.1061	0.0636	-0.0118	0.0601	-0.0378	0.0193	0.0199	0.078	-0.0331	-0.0708	0.0555	0.0034	0.1753	324.3166	-5.1414	525.3928
13	0.8477	0.0304	-0.2255	0.1301	0.2108	0.5772	-0.0247	-0.0986	-0.1985	0.0297	-0.0205	-0.0328	0.0148	0.0061	0.0452	0.0815	0.0095	-0.0662	0.0603	0.0819	0.2079	343.8356	-14.5579	540.9927
14	1.037	0.2901	-0.3131	0.6132	0.3096	0.513	0.0462	-0.3169	-0.1429	0.0691	-0.0453	-0.0662	0.0118	0.0959	-0.0009	0.0752	0.0133	-0.0754	0.2554	0.1031	0.1392	361.2221	-1.2575	556.6046

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	57 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	58 - 249
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	58 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	58 - 249
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	58 - 249
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	58 - 249
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	58 - 249
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	58 - 249
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	58 - 249
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	57 - 249
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	58 - 249
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	58 - 249
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	58 - 249
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	58 - 249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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