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- PDB-8hfv: Crystal structure of CTSL in complex with K777 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hfv
タイトルCrystal structure of CTSL in complex with K777
要素Procathepsin L
キーワードHYDROLASE / inhibitor / antiviral / protease / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus ...enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / zymogen activation / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / antigen processing and presentation / protein autoprocessing / Collagen degradation / collagen catabolic process / fibronectin binding / serpin family protein binding / collagen binding / Attachment and Entry / Degradation of the extracellular matrix / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / multivesicular body / endocytic vesicle lumen / MHC class II antigen presentation / cysteine-type peptidase activity / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / : / histone binding / adaptive immune response / Attachment and Entry / lysosome / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MePip-Phe-HphVSPh / Chem-0IW / CACODYLATE ION / Procathepsin L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, H. / Shao, M. / Sun, L. / Yang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92169109 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure-based discovery of dual pathway inhibitors for SARS-CoV-2 entry.
著者: Wang, H. / Yang, Q. / Liu, X. / Xu, Z. / Shao, M. / Li, D. / Duan, Y. / Tang, J. / Yu, X. / Zhang, Y. / Hao, A. / Wang, Y. / Chen, J. / Zhu, C. / Guddat, L. / Chen, H. / Zhang, L. / Chen, X. ...著者: Wang, H. / Yang, Q. / Liu, X. / Xu, Z. / Shao, M. / Li, D. / Duan, Y. / Tang, J. / Yu, X. / Zhang, Y. / Hao, A. / Wang, Y. / Chen, J. / Zhu, C. / Guddat, L. / Chen, H. / Zhang, L. / Chen, X. / Jiang, B. / Sun, L. / Rao, Z. / Yang, H.
履歴
登録2022年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Procathepsin L
B: Procathepsin L
C: Procathepsin L
D: Procathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,00144
ポリマ－96,7674
非ポリマー5,23440
水11,458636
1
A: Procathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,50011
ポリマ－24,1921
非ポリマー1,30910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
2
B: Procathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,50011
ポリマ－24,1921
非ポリマー1,30910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area9430 Å2
手法PISA
3
C: Procathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,50011
ポリマ－24,1921
非ポリマー1,30910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area9620 Å2
手法PISA
4
D: Procathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,50011
ポリマ－24,1921
非ポリマー1,30910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.150, 38.300, 147.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-558-

HOH

21C-527-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Procathepsin L / Cathepesin L


分子量: 24191.701 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07711
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate


分子量: 136.989 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6AsO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-0IW / Nalpha-[(4-methylpiperazin-1-yl)carbonyl]-N-[(3S)-1-phenyl-5-(phenylsulfonyl)pentan-3-yl]-L-phenylalaninamide / APC-3316, bound form / 4-Methylpiperazine-1-carboxylic acid [1-[(3-benzenesulfonyl-1-phenethylallyl)carbamoyl]-2-phenylethyl]amide, bound form


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 576.749 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H40N4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: MePip-Phe-HphVSPh
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 9% (v/v) 2-propanol, 90mM Sodium cacodylate/ Hydrochloric acid pH 6.5, 180mM Zinc acetate, 0.5% w/v n-dodecyl-N,N-dimethylamine-N-oxide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.68 Å / Num. obs: 52170 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.21 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 7.47
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.1-2.220.75882160.6960.8441
2.22-2.370.5778350.8110.6331
2.37-2.560.44372670.8780.4911
2.56-2.810.32167540.9270.3561
2.81-3.140.21461860.9730.2381
3.14-3.620.12454330.9890.1371
3.62-4.430.07846770.9950.0871
4.43-6.240.07336780.9960.0821
6.24-47.680.06621240.9970.0741

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS2020-12-02データスケーリング
PHENIX1.20.1-4487-000精密化
XDS2020-12-02データ削減
PHENIX1.20.1-4487-000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MAJ

5maj


解像度: 2.1→47.68 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 23.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 1999 3.83 %
Rwork0.1967 --
obs0.1984 52147 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6701 0 232 636 7569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8399591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6642553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048949
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081261
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.32271380.26983451X-RAY DIFFRACTION95
2.15-2.210.31841410.25733550X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.270.2741400.24343491X-RAY DIFFRACTION97
2.27-2.340.27771400.22323546X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.430.26731410.22163516X-RAY DIFFRACTION97
2.43-2.520.25661410.21833564X-RAY DIFFRACTION99
2.52-2.640.29171430.21343551X-RAY DIFFRACTION98
2.64-2.780.21651410.20263574X-RAY DIFFRACTION98
2.78-2.950.23771450.20293611X-RAY DIFFRACTION99
2.95-3.180.25941420.20293579X-RAY DIFFRACTION99
3.18-3.50.24331450.17753622X-RAY DIFFRACTION99
3.5-4.010.19791450.15953625X-RAY DIFFRACTION100
4.01-5.050.19131460.15373684X-RAY DIFFRACTION99
5.05-47.680.23951510.19873784X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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