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- PDB-8he3: Crystal structure of importin-alpha1 bound to the HIF-1alpha nucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8he3
タイトルCrystal structure of importin-alpha1 bound to the HIF-1alpha nuclear localization signal (delta 724-751)
要素
  • Hypoxia-inducible factor 1-alpha
  • Importin subunit alpha-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NLS
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / host cell / DNA-binding transcription factor binding ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / host cell / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / glutamatergic synapse / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Matsuura, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K06511 日本
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Structures of importin-alpha bound to the wild-type and an internal deletion mutant of the bipartite nuclear localization signal of HIF-1 alpha.
著者: Matsuura, Y. / Miyawaki, K.
履歴
登録2022年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
B: Hypoxia-inducible factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8328
ポリマ－48,2552
非ポリマー5766
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.820, 89.650, 100.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1


分子量: 46374.152 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 72-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Hypoxia-inducible factor 1-alpha


分子量: 1881.276 Da / 分子数: 1 / Mutation: deletion mutation 724-751 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: ammonium sulfate, HEPES, DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.24 Å / Num. obs: 56412 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3558 / CC1/2: 0.567 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEITデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IU7

6iu7


解像度: 1.9→38.235 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2075 2863 5.08 %
Rwork0.1887 --
obs0.1897 56323 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.235 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3275 0 30 326 3631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.764573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.6772026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044547
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.93280.3671490.32872602X-RAY DIFFRACTION100
1.9328-1.9680.29931680.28452618X-RAY DIFFRACTION100
1.968-2.00580.271340.26442647X-RAY DIFFRACTION100
2.0058-2.04680.24691170.24322668X-RAY DIFFRACTION100
2.0468-2.09130.24531620.23582619X-RAY DIFFRACTION99
2.0913-2.13990.25491290.22262637X-RAY DIFFRACTION99
2.1399-2.19340.25621380.22292649X-RAY DIFFRACTION100
2.1934-2.25270.24331440.19982659X-RAY DIFFRACTION100
2.2527-2.3190.21761260.19092664X-RAY DIFFRACTION100
2.319-2.39380.24021480.19212670X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.47940.22311340.18282664X-RAY DIFFRACTION100
2.4794-2.57860.23191430.18662646X-RAY DIFFRACTION100
2.5786-2.6960.21331320.19462689X-RAY DIFFRACTION100
2.696-2.83810.22771490.18222676X-RAY DIFFRACTION100
2.8381-3.01580.20791470.19192659X-RAY DIFFRACTION99
3.0158-3.24850.22141650.1882650X-RAY DIFFRACTION99
3.2485-3.57520.18191390.17722719X-RAY DIFFRACTION100
3.5752-4.09210.14941470.15442736X-RAY DIFFRACTION100
4.0921-5.15360.1891380.15712747X-RAY DIFFRACTION100
5.1536-38.2350.18061540.19092841X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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