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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8he3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of importin-alpha1 bound to the HIF-1alpha nuclear localization signal (delta 724-751) | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / NLS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / glutamatergic synapse / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Matsuura, Y. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023 タイトル: Structures of importin-alpha bound to the wild-type and an internal deletion mutant of the bipartite nuclear localization signal of HIF-1 alpha. 著者: Matsuura, Y. / Miyawaki, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8he3.cif.gz | 105.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8he3.ent.gz | 77.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8he3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8he3_validation.pdf.gz | 449.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8he3_full_validation.pdf.gz | 453.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8he3_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8he3_validation.cif.gz | 29.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/8he3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/8he3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8he0C 6iu7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46374.152 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 72-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293 | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1881.276 Da / 分子数: 1 / Mutation: deletion mutation 724-751 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: ammonium sulfate, HEPES, DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→38.24 Å / Num. obs: 56412 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3558 / CC1/2: 0.567 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6IU7 解像度: 1.9→38.235 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.235 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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