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- PDB-8he0: Crystal structure of importin-alpha1 bound to the HIF-1alpha nucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8he0
タイトルCrystal structure of importin-alpha1 bound to the HIF-1alpha nuclear localization signal (wild-type)
要素
  • Hypoxia-inducible factor 1-alpha
  • Importin subunit alpha-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NLS
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / elastin metabolic process / glandular epithelial cell maturation / regulation of transforming growth factor beta2 production / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / cardiac ventricle morphogenesis ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / elastin metabolic process / glandular epithelial cell maturation / regulation of transforming growth factor beta2 production / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / cardiac ventricle morphogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / hemoglobin biosynthetic process / positive regulation of hormone biosynthetic process / mesenchymal cell apoptotic process / retina vasculature development in camera-type eye / positive regulation of mitophagy / Cellular response to hypoxia / intestinal epithelial cell maturation / negative regulation of growth / regulation of protein neddylation / collagen metabolic process / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / Sensing of DNA Double Strand Breaks / negative regulation of bone mineralization / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / B-1 B cell homeostasis / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of viral life cycle / transcription regulator activator activity / dopaminergic neuron differentiation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / NLS-dependent protein nuclear import complex / lactate metabolic process / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of thymocyte apoptotic process / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / motile cilium / positive regulation of signaling receptor activity / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of TOR signaling / response to muscle activity / response to iron ion / neural crest cell migration / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / regulation of glycolytic process / embryonic hemopoiesis / nuclear import signal receptor activity / DNA-binding transcription repressor activity / nuclear localization sequence binding / DNA-binding transcription activator activity / PTK6 promotes HIF1A stabilization / regulation of aerobic respiration / digestive tract morphogenesis / muscle cell cellular homeostasis / NLS-bearing protein import into nucleus / positive regulation of neuroblast proliferation / axonal transport of mitochondrion / positive regulation of epithelial cell migration / bone mineralization / heart looping / outflow tract morphogenesis / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / TOR signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / neuroblast proliferation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / embryonic placenta development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / cellular response to interleukin-1 / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chondrocyte differentiation / positive regulation of chemokine production / axon cytoplasm / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / positive regulation of glycolytic process / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / response to reactive oxygen species / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / euchromatin / visual learning / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / cerebral cortex development / cellular response to virus / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / histone deacetylase binding / cytoplasmic stress granule / RNA polymerase II transcription regulator complex
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily ...Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / Hypoxia-inducible factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Matsuura, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K06511 日本
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Structures of importin-alpha bound to the wild-type and an internal deletion mutant of the bipartite nuclear localization signal of HIF-1 alpha.
著者: Matsuura, Y. / Miyawaki, K.
履歴
登録2022年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
B: Hypoxia-inducible factor 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1202
ポリマ－51,1202
非ポリマー00
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.750, 90.740, 97.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 46374.152 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 72-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Hypoxia-inducible factor 1-alpha / HIF-1-alpha / HIF1-alpha


分子量: 4745.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16665
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: tri-sodium citrate, HEPES, DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25.07 Å / Num. obs: 65167 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3807 / CC1/2: 0.705 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEITデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IU7

6iu7


解像度: 1.8→25.07 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1983 3440 5.29 %
Rwork0.1828 --
obs0.1836 65075 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3338 0 0 355 3693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6774651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3552092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005594
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.8247 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3246 121 -
Rwork0.3334 2454 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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