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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hdr | ||||||
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タイトル | Cyanophage Pam3 neck | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / fiber / VIRUS | ||||||
生物種 | uncultured cyanophage (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, F. / Jiang, Y.L. / Zhou, C.Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Fine structure and assembly pattern of a minimal myophage Pam3. 著者: Feng Yang / Yong-Liang Jiang / Jun-Tao Zhang / Jie Zhu / Kang Du / Rong-Cheng Yu / Zi-Lu Wei / Wen-Wen Kong / Ning Cui / Wei-Fang Li / Yuxing Chen / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou / 要旨: The myophage possesses a contractile tail that penetrates its host cell envelope. Except for investigations on the bacteriophage T4 with a rather complicated structure, the assembly pattern and tail ...The myophage possesses a contractile tail that penetrates its host cell envelope. Except for investigations on the bacteriophage T4 with a rather complicated structure, the assembly pattern and tail contraction mechanism of myophage remain largely unknown. Here, we present the fine structure of a freshwater cyanophage Pam3, which has an icosahedral capsid of ~680 Å in diameter, connected via a three-section neck to an 840-Å-long contractile tail, ending with a three-module baseplate composed of only six protein components. This simplified baseplate consists of a central hub-spike surrounded by six wedge heterotriplexes, to which twelve tail fibers are covalently attached via disulfide bonds in alternating upward and downward configurations. In vitro reduction assays revealed a putative redox-dependent mechanism of baseplate assembly and tail sheath contraction. These findings establish a minimal myophage that might become a user-friendly chassis phage in synthetic biology. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hdr.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hdr.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8hdr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hdr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15293.298 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) uncultured cyanophage (ファージ) #2: タンパク質 | 分子量: 12023.414 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) uncultured cyanophage (ファージ) #3: タンパク質 | 分子量: 17682.719 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) uncultured cyanophage (ファージ) #4: タンパク質 | 分子量: 41915.090 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) uncultured cyanophage (ファージ) #5: タンパク質 | 分子量: 13871.434 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) uncultured cyanophage (ファージ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cyanophage Pam3 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: uncultured cyanophage (ファージ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Pseudanabaena mucicola |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 300 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.1 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
3次元再構成 | 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117851 / 対称性のタイプ: POINT |