PDB-8hdi: Brucella melitensis 7-alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase mutant: ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hdi

タイトル

Brucella melitensis 7-alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase mutant: 1-53 truncation/K262T

要素

7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SDR family / hydroxysteroid dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / cholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / monocarboxylic acid metabolic process / lipid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis biotype 1 (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Liu, Z.Y. / Zhang, R.Z.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
著者: Liu, Z.Y. / Zhang, R.Z.

履歴

登録	2022年11月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hdi.cif.gz	195.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hdi.ent.gz	153.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hdi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hdi_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hdi_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	8hdi_validation.xml.gz	41.5 KB	表示
CIF形式データ	8hdi_validation.cif.gz	60.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hdi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hdeC 8hdnC 8hs4C 8hs5C 8hs6C 8hs9C 8hsaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

B: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

C: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

D: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

C: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

D: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.731, 99.731, 185.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase 分子量: 25854.598 Da / 分子数: 4 / 断片: 1-53 truncation / 変異: K262T / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence reference for WP_014489477 is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id Q8YIN7. 由来: (組換発現) Brucella melitensis biotype 1 (strain 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094) (マルタ熱菌) 遺伝子: BMEI0406 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q8YIN7, 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1M MIB, 10% PEG3350 / PH範囲: 4.0-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→43.18 Å / Num. obs: 73068 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.48 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.99→2.07 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique obs: 73517 / CC_1/2: 0.972 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→42.06 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2118	3566	4.88 %
R_work	0.1726	-	-
obs	0.1745	73068	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→42.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6924	0	0	736	7660

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7058
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.903	9557
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.58	999
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1108
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1260

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.02	0.2344	132	0.171	2606	X-RAY DIFFRACTION	96
2.02-2.05	0.2077	140	0.1625	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.2314	132	0.1686	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.1936	128	0.1591	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.15	0.2277	135	0.1758	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.2171	151	0.172	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2136	148	0.1776	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2859	149	0.2098	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.2449	164	0.1954	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.36	0.2078	117	0.1762	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.42	0.209	133	0.1727	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.48	0.2192	149	0.1727	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.55	0.2156	143	0.1782	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.62	0.2185	157	0.1762	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.71	0.1981	150	0.1804	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.8	0.2457	125	0.1846	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.91	0.2237	123	0.1768	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.05	0.2388	146	0.1797	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.21	0.2175	198	0.1828	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.41	0.2546	134	0.1786	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.67	0.1867	168	0.1654	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-4.04	0.2242	101	0.1629	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.62	0.1608	158	0.1426	2810	X-RAY DIFFRACTION	99
4.63-5.82	0.1724	119	0.1656	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
5.83-42.06	0.2116	166	0.1827	2916	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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