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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hcn | |||||||||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of Klebsiella pneumoniae UreD/urease complex | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Urease / UreA / UreB / UreC / UreF / UreD / Klebsiella pneumoniae | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Nim, Y.S. / Fong, I.Y.H. / Deme, J. / Tsang, K.L. / Caesar, J. / Johnson, S. / Wong, K.B. / Lea, S.M. | |||||||||||||||
資金援助 | 香港, 米国, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Delivering a toxic metal to the active site of urease. 著者: Yap Shing Nim / Ivan Yu Hang Fong / Justin Deme / Ka Lung Tsang / Joseph Caesar / Steven Johnson / Longson Tsz Hin Pang / Nicholas Man Hon Yuen / Tin Long Chris Ng / Tung Choi / Yakie Yat Hei ...著者: Yap Shing Nim / Ivan Yu Hang Fong / Justin Deme / Ka Lung Tsang / Joseph Caesar / Steven Johnson / Longson Tsz Hin Pang / Nicholas Man Hon Yuen / Tin Long Chris Ng / Tung Choi / Yakie Yat Hei Wong / Susan M Lea / Kam-Bo Wong / 要旨: Urease is a nickel (Ni) enzyme that is essential for the colonization of in the human stomach. To solve the problem of delivering the toxic Ni ion to the active site without diffusing into the ...Urease is a nickel (Ni) enzyme that is essential for the colonization of in the human stomach. To solve the problem of delivering the toxic Ni ion to the active site without diffusing into the cytoplasm, cells have evolved metal carrier proteins, or metallochaperones, to deliver the toxic ions to specific protein complexes. Ni delivery requires urease to form an activation complex with the urease accessory proteins UreFD and UreG. Here, we determined the cryo-electron microscopy structures of UreFD/urease and UreD/urease complexes at 2.3- and 2.7-angstrom resolutions, respectively. Combining structural, mutagenesis, and biochemical studies, we show that the formation of the activation complex opens a 100-angstrom-long tunnel, where the Ni ion is delivered through UreFD to the active site of urease. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hcn.cif.gz | 517.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hcn.ent.gz | 421 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hcn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/8hcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/8hcn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11100.928 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0W8AWT7, urease #2: タンパク質 | 分子量: 11712.239 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W9BBU3, urease #3: タンパク質 | 分子量: 60352.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: ureC, ureC_1, DDJ63_24795, NCTC13443_06457, NCTC5052_03970, SAMEA3649733_03670, SAMEA3727643_03166 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060VJP5, urease #4: タンパク質 | 分子量: 31275.982 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ureD, DDJ63_24810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5D6SRX8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Klebsiella pneumoniae UreD/urease complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.36 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 89857 / 対称性のタイプ: POINT |