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- PDB-8hcc: Crystal structure of mTREX1-RNA product complex (AMP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hcc
タイトルCrystal structure of mTREX1-RNA product complex (AMP)
要素Three-prime repair exonuclease 1
キーワードHYDROLASE / TREX1 / DEDDh exonuclease / DNase / RNase / AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / MutSalpha complex binding ...immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / MutSalpha complex binding / T cell antigen processing and presentation / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / regulation of lipid biosynthetic process / DNA modification / regulation of fatty acid metabolic process / heart process / regulation of protein complex stability / MutLalpha complex binding / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / regulation of immunoglobulin production / 3'-5'-DNA exonuclease activity / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of T cell activation / DNA catabolic process / regulation of cellular respiration / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / inflammatory response to antigenic stimulus / apoptotic cell clearance / regulation of glycolytic process / DNA binding, bending / DNA metabolic process / DNA duplex unwinding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / WW domain binding / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / response to UV / negative regulation of innate immune response / 3'-5' exonuclease activity / kidney development / DNA damage checkpoint signaling / protein-DNA complex / determination of adult lifespan / generation of precursor metabolites and energy / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hsiao, Y.Y. / Huang, K.W. / Wu, C.Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST 111-2636-B-A49-006 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Molecular insight into the specific enzymatic properties of TREX1 revealing the diverse functions in processing RNA and DNA/RNA hybrids.
著者: Huang, K.W. / Wu, C.Y. / Toh, S.I. / Liu, T.C. / Tu, C.I. / Lin, Y.H. / Cheng, A.J. / Kao, Y.T. / Chu, J.W. / Hsiao, Y.Y.
履歴
登録2022年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three-prime repair exonuclease 1
B: Three-prime repair exonuclease 1
C: Three-prime repair exonuclease 1
D: Three-prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,20621
ポリマ－119,5084
非ポリマー1,69817
水11,674648
1
A: Three-prime repair exonuclease 1
B: Three-prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,61411
ポリマ－59,7542
非ポリマー8619
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
2
C: Three-prime repair exonuclease 1
D: Three-prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,59110
ポリマ－59,7542
非ポリマー8388
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.197, 86.433, 75.218
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Three-prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1 / DNase III


分子量: 29876.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 20% w/v Polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 61417 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.71 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 252782
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.0740.47760880.7970.2730.5511.35899.9
2.07-2.1540.34761590.8840.1980.41.40999.9
2.15-2.254.10.2861000.9190.1590.3231.439100
2.25-2.374.10.21260960.9560.120.2441.43299.9
2.37-2.524.10.16461160.9750.0920.1891.47699.9
2.52-2.714.20.12361370.9850.0690.1411.61399.8
2.71-2.994.20.08761490.9930.0480.11.73199.9
2.99-3.424.20.05761620.9960.0310.0651.999.9
3.42-4.314.10.04761510.9970.0260.0542.486100
4.31-304.10.03962590.9970.0220.0452.21299.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YWS

5yws


解像度: 2→27.164 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2102 4759 7.8 %
Rwork0.1667 56225 -
obs0.1701 60984 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.18 Å2 / Biso mean: 36.1577 Å2 / Biso min: 15.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→27.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7001 0 153 648 7802
Biso mean--38.66 37.38 -
残基数----907
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.02270.28071710.22891824100
2.0227-2.04650.27321660.22561859100
2.0465-2.07150.24691630.21041881100
2.0715-2.09770.23851640.20321865100
2.0977-2.12530.22641640.19911837100
2.1253-2.15440.22951310.19491922100
2.1544-2.18510.22831360.18951842100
2.1851-2.21770.23691650.20031897100
2.2177-2.25240.24421590.19191864100
2.2524-2.28930.23791510.17691887100
2.2893-2.32870.23331530.17751846100
2.3287-2.37110.20711750.17621855100
2.3711-2.41660.23061340.17141895100
2.4166-2.46590.22421630.17531858100
2.4659-2.51950.23671440.17191880100
2.5195-2.57810.21851420.16761861100
2.5781-2.64250.22171700.16831900100
2.6425-2.71390.21811520.17891861100
2.7139-2.79370.22881720.17221880100
2.7937-2.88370.21041770.17671842100
2.8837-2.98670.2111290.17221906100
2.9867-3.10610.21951680.17231882100
3.1061-3.24730.23941530.17431870100
3.2473-3.41810.20411610.16611880100
3.4181-3.63180.18271560.15541867100
3.6318-3.91150.19241690.14951885100
3.9115-4.30370.17081720.13251865100
4.3037-4.92330.18951610.12631894100
4.9233-6.19070.21331810.16011891100
6.1907-27.1640.18131570.1676192999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.3214 Å / Origin y: 1.0209 Å / Origin z: 29.5066 Å
111213212223313233
T0.2049 Å20.0031 Å20.0211 Å2-0.2068 Å2-0.0023 Å2--0.2331 Å2
L0.222 °20.0109 °20.2627 °2-0.0322 °20.0747 °2--0.4413 °2
S-0.0122 Å °-0.0567 Å °-0.0005 Å °-0.0016 Å °0.0179 Å °-0.0175 Å °-0.0374 Å °0.0042 Å °0.0007 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 234
2X-RAY DIFFRACTION1allB5 - 234
3X-RAY DIFFRACTION1allC5 - 235
4X-RAY DIFFRACTION1allD5 - 234
5X-RAY DIFFRACTION1allE1
6X-RAY DIFFRACTION1allF1
7X-RAY DIFFRACTION1allG1
8X-RAY DIFFRACTION1allH1
9X-RAY DIFFRACTION1allI1
10X-RAY DIFFRACTION1allJ1
11X-RAY DIFFRACTION1allK1
12X-RAY DIFFRACTION1allL1
13X-RAY DIFFRACTION1allM1
14X-RAY DIFFRACTION1allN1
15X-RAY DIFFRACTION1allO1
16X-RAY DIFFRACTION1allP1
17X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 649
18X-RAY DIFFRACTION1allQ1
19X-RAY DIFFRACTION1allR1
20X-RAY DIFFRACTION1allT1
21X-RAY DIFFRACTION1allU1
22X-RAY DIFFRACTION1allV1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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