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- PDB-8hb8: Crystal structure of NAD-II riboswitch (single strand) with NMN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hb8
タイトルCrystal structure of NAD-II riboswitch (single strand) with NMN
要素RNA (55-MER)
キーワードRNA / Riboswitch / NAD / NMN / Aptamer
機能・相同性: / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Streptococcus parasanguinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Peng, X. / Lilley, D.M.J. / Huang, L.
資金援助 中国, 英国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171191 中国
Cancer Research UKA18604 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of the NAD+-II riboswitch reveal two distinct ligand-binding pockets.
著者: Peng, X. / Liao, W. / Lin, X. / Lilley, D.M.J. / Huang, L.
履歴
登録2022年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (55-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,46010
ポリマ－17,8281
非ポリマー1,6329
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area9510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.362, 121.362, 109.055
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: RNA鎖 RNA (55-MER)


分子量: 17827.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus parasanguinis (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE


分子量: 335.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION


分子量: 137.327 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.012 M Sodium chloride, 0.08 M Potassium chloride 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 5.5 45% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol 0.02 M Hexammine cobalt(III) chloride Soaking with BaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 17176 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 70.63 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 3.4 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2642 / CC1/2: 0.642 / Rpim(I) all: 0.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8HB1

8hb1


解像度: 2.3→27.26 Å / SU ML: 0.6039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.4222
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 853 4.99 %
Rwork0.2271 16227 -
obs0.2284 17080 92.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 93.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1167 51 0 1218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63822106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0302281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4374671
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.440.50041570.43472823X-RAY DIFFRACTION99.33
2.44-2.630.43421440.40732869X-RAY DIFFRACTION99.54
2.63-2.90.37931120.34492166X-RAY DIFFRACTION75.26
2.9-3.320.27421460.24872874X-RAY DIFFRACTION99.37
3.32-4.170.22751260.20312451X-RAY DIFFRACTION83.59
4.18-27.260.21781680.19093044X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.62147586155-0.280014841811-1.053675387980.7500364136221.329991521532.65488694384-0.3025655527991.45071368064-0.651929845958-1.11277753982-0.2980670117560.808252618341-1.361723066240.2638406494110.5795004458321.21323408592-0.2956170140580.1261366543751.08305260944-0.1702702870230.958214055849-3.11699303823-8.56380098346-18.1608984746
22.348336412530.302418940366-0.5029293928411.867517851340.1597818165013.055925657580.1146576317710.28583996164-0.235092756234-0.3333393037350.158351711417-0.194400336757-0.3485395401060.687368506096-0.3121974152820.713255837482-0.0798112677843-0.03335088837140.881848035934-0.05225533641970.743852957497-16.6387615126-24.4080847127-15.9744699885
31.598974016210.1943900970941.621064713382.547282042491.115391474852.703753644260.1876704805610.397651259930.0975528153892-0.5128456382910.13586070116-0.687745489002-0.3321943218450.924467177446-0.1534538423051.0844810222-0.2584510594450.1832214075491.22058419022-0.0832918105390.875848519719-6.53481949508-14.7360725553-21.7205895879
43.55627754207-0.501548398215-0.5137352221032.087512324080.9796535946073.006020291530.1297022223880.3183260840820.0149691361608-0.15112734612-0.3220728216780.1835419956160.0692523097302-0.5115919966290.08443118414890.781822109026-0.0460108860547-0.01387257408350.7130712897730.006440773961360.64548379934-22.6651530116-20.5314264046-14.781621282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 5 )AA1 - 5
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 21 )AA6 - 21
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 22 through 45 )AA22 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 46 through 55 )AA46 - 55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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