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- PDB-8had: A novel dimer configuration of a diatom Get3 forming a tetrameric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8had
タイトルA novel dimer configuration of a diatom Get3 forming a tetrameric complex with its tail-anchored membrane cargo
要素ATPase ASNA1 homolog
キーワードCHAPERONE / Get3 / ArsA2 / ArsA1 / TRC40 / tail-anchored / post-translational pathway / diatom
機能・相同性
機能・相同性情報


GET complex / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATPase ASNA1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1 (珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Chang, H.Y. / Ko, T.P.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2024
タイトル: A distinct dimer configuration of a diatom Get3 forming a tetrameric complex with its tail-anchored membrane cargo.
著者: Chen, C.C. / Huang, Y.R. / Chan, Y.T. / Lin, H.Y. / Lin, H.J. / Hsiao, C.D. / Ko, T.P. / Lin, T.W. / Lan, Y.H. / Lin, H.Y. / Chang, H.Y.
履歴
登録2022年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase ASNA1 homolog
B: ATPase ASNA1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6742
ポリマ－77,6742
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area29770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.343, 115.468, 151.756
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Space group name HallI2b2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z+1/2
#3: -x+1/2,y,-z
#4: -x,-y+1/2,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#7: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 5 through 89 or resid 105 through 345))
d_2ens_1(chain "B" and resid 5 through 345)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASPASPAA5 - 895 - 89
d_12VALVALAA105 - 345105 - 345
d_21VALVALBB5 - 3455 - 345

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.046842484256, 0.998516634614, 0.0277544963513), (0.998596916564, 0.0474970664476, -0.0234142458491), (-0.0246977711247, 0.0266187730347, -0.99934051305)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.046842484256, 0.998516634614, 0.0277544963513), (0.998596916564, 0.0474970664476, -0.0234142458491), (-0.0246977711247, 0.0266187730347, -0.99934051305)
ベクター: -29.7899198124, 28.9542530666, 38.0800407986)

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要素

#1: タンパク質 ATPase ASNA1 homolog / get3 / Arsenical pump-driving ATPase homolog / Arsenite-stimulated ATPase


分子量: 38836.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1 (珪藻)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B7G933, 加水分解酵素; 酸無水物に作用

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.07M sodium acetate, pH4.6, 5.6% PEG 4000, 30% Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.81→30 Å / Num. obs: 9530 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 24.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 3.81→3.95 Å / Rmerge(I) obs: 1.016 / Num. unique obs: 931

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-20001.19_4092データ収集
CNSv1.0位相決定
Cootモデル構築
REFMACv1.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WOJ

2woj


解像度: 3.81→29.82 Å / SU ML: 0.7159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 38.3108
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3694 393 4.36 %
Rwork0.3205 8624 -
obs0.3226 9017 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.81→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5106 0 0 0 5106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00185202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4577046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.60751926
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.936618950995 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.81-4.360.42021440.36612482X-RAY DIFFRACTION84.06
4.36-5.480.4021080.32313034X-RAY DIFFRACTION99.97
5.49-29.820.28441410.27673108X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.134784176397-0.00422661440925-0.02038318506820.09643650592030.068274866240.163521497365-0.1642379337760.0715112266420.0327488463228-0.0171316439842-0.003298368739030.0115045807408-0.0476875891779-0.0771007279964-0.9875617869080.134601128498-0.0388756352769-0.2720248012070.142810992296-0.198124872740.185977287151-0.80066750356750.99573426297.06495403894
20.5765907864590.2344420127730.05083842932240.15340803503-0.1632050211990.799033965139-0.1252289396810.108525438393-0.182903257128-0.112315392997-0.0800324021321-0.05577646824180.1512299732640.0793106960014-0.853761438190.09116050173710.1103621152370.03659105828680.0531262417677-0.0927249366839-0.062417083236121.545673133930.307995932632.4374808884
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1 - 327

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11(chain 'A' and resid 5 through 345)AA5 - 345
22(chain 'B' and resid 4 through 345)BB4 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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