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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8had | ||||||
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タイトル | A novel dimer configuration of a diatom Get3 forming a tetrameric complex with its tail-anchored membrane cargo | ||||||
要素 | ATPase ASNA1 homolog | ||||||
キーワード | CHAPERONE / Get3 / ArsA2 / ArsA1 / TRC40 / tail-anchored / post-translational pathway / diatom | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1 (珪藻) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.81 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, H.Y. / Ko, T.P. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2024 タイトル: A distinct dimer configuration of a diatom Get3 forming a tetrameric complex with its tail-anchored membrane cargo. 著者: Chen, C.C. / Huang, Y.R. / Chan, Y.T. / Lin, H.Y. / Lin, H.J. / Hsiao, C.D. / Ko, T.P. / Lin, T.W. / Lan, Y.H. / Lin, H.Y. / Chang, H.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8had.cif.gz | 308.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8had.ent.gz | 209.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8had.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8had_validation.pdf.gz | 434.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8had_full_validation.pdf.gz | 439.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8had_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8had_validation.cif.gz | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8had ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8had | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hacC 2wojS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.046842484256, 0.998516634614, 0.0277544963513), (0.998596916564, 0.0474970664476, -0.0234142458491), (-0.0246977711247, 0.0266187730347, -0.99934051305)ベクター: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.046842484256, 0.998516634614, 0.0277544963513), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38836.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1 (珪藻) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B7G933, 加水分解酵素; 酸無水物に作用 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.07M sodium acetate, pH4.6, 5.6% PEG 4000, 30% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.99 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.81→30 Å / Num. obs: 9530 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 24.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 24.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.81→3.95 Å / Rmerge(I) obs: 1.016 / Num. unique obs: 931 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2WOJ 解像度: 3.81→29.82 Å / SU ML: 0.7159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 38.3108 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.81→29.82 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.936618950995 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1 - 327
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