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- PDB-8hac: A novel dimer configuration of a diatom Get3 forming a tetrameric... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8hac | ||||||
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Title | A novel dimer configuration of a diatom Get3 forming a tetrameric complex with its tail-anchored membrane cargo | ||||||
![]() | ATPase ASNA1 homolog | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, H.Y. / Ko, T.P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A novel dimer configuration of a diatom Get3 forming a tetrameric complex with its tail-anchored membrane cargo Authors: Chang, H.Y. / Ko, T.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 344 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 231.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8hadC ![]() 2wojS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.989357795723, 0.0995026866367, -0.10616198658), (0.0865293736108, -0.184228290163, -0.979067211486), (-0.116977859209, -0.97783390842, 0.173657789918)Vector: 31. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.989357795723, 0.0995026866367, -0.10616198658), Vector ![]() |
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Components
#1: Protein | Mass: 38836.945 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: ADP, magnesium ion Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: B7G933, ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.81 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.085M sodium acetate, pH 4.7, 0.25M ammonium acetate, 18.5% glycerol, 0.25M sodium bromide, with 24.5% polyethylene glycol (PEG) 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 23, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.32→30 Å / Num. obs: 32898 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 38.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.32→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.644 / Num. unique obs: 3227 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 2WOJ Resolution: 2.32→24.7 Å / SU ML: 0.2603 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.0408 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.32→24.7 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 1.00542746166 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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