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万見
- PDB-8h9c: Crystal structure of chemically modified E. coli ThrS catalytic d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h9c
タイトルCrystal structure of chemically modified E. coli ThrS catalytic domain 4
要素Threonine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Threonine--tRNA ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / TGS domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like / TGS domain profile. ...Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / TGS domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Beta-grasp domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X5V / Threonine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Qiao, H. / Xia, M. / Wang, J. / Fang, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977107 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Tyrosine-targeted covalent inhibition of a tRNA synthetase aided by zinc ion.
著者: Qiao, H. / Xia, M. / Cheng, Y. / Zhou, J. / Zheng, L. / Li, W. / Wang, J. / Fang, P.
履歴
登録2022年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3633
ポリマ－47,9221
非ポリマー4422
水3,405189
1
A: Threonine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Threonine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7276
ポリマ－95,8432
非ポリマー8834
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area4070 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area33280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.180, 92.180, 120.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-931-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Threonine--tRNA ligase / Threonyl-tRNA synthetase / ThrRS


分子量: 47921.535 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 242-642 / 変異: Y462R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QMS9, threonine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-X5V / N-(2,3-dihydroxybenzoyl)-4-(4-nitrophenyl)-L-threonine


タイプ: L-peptide NH3 amino terminus / 分子量: 376.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C17H16N2O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02 M DL-glutamic acid monohydrate, 0.02 M DL-alanine, 0.02 M glycine, 0.02 M DL-lysine monohydrochloride, 0.02 M DL-serine, 0.05 M sodium HEPES, 0.05 M MOPS (acid), pH 7.5, 20% v/v ethylene ...詳細: 0.02 M DL-glutamic acid monohydrate, 0.02 M DL-alanine, 0.02 M glycine, 0.02 M DL-lysine monohydrochloride, 0.02 M DL-serine, 0.05 M sodium HEPES, 0.05 M MOPS (acid), pH 7.5, 20% v/v ethylene glycol, 10% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 12955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.778 / Num. unique obs: 2446

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FYF

1fyf


解像度: 2.15→48.14 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 24.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2756 622 4.8 %
Rwork0.2255 12333 -
obs0.2278 12955 39.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 37.95 Å2 / Biso mean: 18.7157 Å2 / Biso min: 8.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→48.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3265 0 0 189 3454
Biso mean---16.17 -
残基数----399
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.370.3015110.36942983094
2.37-2.710.3698620.3031041110314
2.71-3.410.3551640.26773089325340
3.41-48.140.24023850.20247905829098
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.9046 Å / Origin y: 1.374 Å / Origin z: 8.1045 Å
111213212223313233
T0.1042 Å2-0.0518 Å2-0.0215 Å2-0.1535 Å20.0093 Å2---0.0342 Å2
L0.2215 °20.1479 °2-0.0827 °2-0.6747 °20.1801 °2--1.0919 °2
S0.0083 Å °0.0059 Å °0.0311 Å °-0.0215 Å °0.0735 Å °0.0335 Å °-0.0666 Å °-0.0544 Å °0.0437 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA242 - 640
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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