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- PDB-8h63: Crystal structure of Internalin A from Listeria monocytogenes wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h63
タイトルCrystal structure of Internalin A from Listeria monocytogenes with nanobody VHH10 bound
要素
  • Internalin A
  • VHH10
キーワードCELL INVASION/IMMUNE SYSTEM / Internalin A Cadherin Bacterial invasion nanobody Surface plasmon resonance Isothermal titration calorimetry / CELL INVASION / CELL INVASION-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / : / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like ...: / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / : / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Internalin A
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Nagatoish, S. / Tsumoto, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H02420 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Anti-InlA single-domain antibodies that inhibit the cell invasion of Listeria monocytogenes.
著者: Yamazaki, T. / Nagatoishi, S. / Yamawaki, T. / Nozawa, T. / Matsunaga, R. / Nakakido, M. / Caaveiro, J.M.M. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K.
履歴
登録2022年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Internalin A
B: VHH10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1999
ポリマ－62,6472
非ポリマー5527
水13,745763
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.581, 52.420, 103.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.650, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1083-

HOH

21A-1119-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Internalin A


分子量: 49914.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: inlA, lmo0433,intlA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DJM0
#2: 抗体 VHH10


分子量: 12732.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 770分子

#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 763 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.085 M HEPES sodium pH 7.0; 8.5% Isopropanol; 20% PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→33.3 Å / Num. obs: 91994 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.53→1.61 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 12582 / CC1/2: 0.752 / Rpim(I) all: 0.294 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8H62 6JB9

8h62

6jb9


解像度: 1.53→31.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.412 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1902 2266 2.5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.1617 89716 96.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.15 Å2 / Biso mean: 15.245 Å2 / Biso min: 6.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20.2 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.53→31.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4391 0 40 772 5203
Biso mean--25.01 26.58 -
残基数----581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0134613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.6426336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5011.57110046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1925629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.19726.25200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.515799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1261511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02781
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 159 -
Rwork0.255 5889 -
all-6048 -
obs--86.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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