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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h4y | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) F140L Mutant in Complex with Inhibitor Nirmatrelvir | ||||||
![]() | 3C-like proteinase nsp5 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / methylation / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lin, M. / Liu, X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanisms of SARS-CoV-2 resistance to nirmatrelvir. 著者: Duan, Y. / Zhou, H. / Liu, X. / Iketani, S. / Lin, M. / Zhang, X. / Bian, Q. / Wang, H. / Sun, H. / Hong, S.J. / Culbertson, B. / Mohri, H. / Luck, M.I. / Zhu, Y. / Liu, X. / Lu, Y. / Yang, X. ...著者: Duan, Y. / Zhou, H. / Liu, X. / Iketani, S. / Lin, M. / Zhang, X. / Bian, Q. / Wang, H. / Sun, H. / Hong, S.J. / Culbertson, B. / Mohri, H. / Luck, M.I. / Zhu, Y. / Liu, X. / Lu, Y. / Yang, X. / Yang, K. / Sabo, Y. / Chavez, A. / Goff, S.P. / Rao, Z. / Ho, D.D. / Yang, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8h3gC ![]() 8h3kC ![]() 8h3lC ![]() 8h51C ![]() 8h57C ![]() 8h5fC ![]() 8h5pC ![]() 8h6iC ![]() 8h6nC ![]() 8h7kC ![]() 8h7wC ![]() 8h82C ![]() 8hbkC ![]() 7vh8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33791.531 Da / 分子数: 1 / 変異: F140L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-4WI / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 0.05% w/v (-)-Menthol, 0.05% w/v Caffeic acid, 0.05% w/v D-Quinic acid, 0.05% w/v Shikimic acid, 0.05% w/v Gallic acidmonohydrate, 0.05% w/v N-Vanillylnonanamide, 0.05% w/v Thymol, 0.1 M ...詳細: 0.05% w/v (-)-Menthol, 0.05% w/v Caffeic acid, 0.05% w/v D-Quinic acid, 0.05% w/v Shikimic acid, 0.05% w/v Gallic acidmonohydrate, 0.05% w/v N-Vanillylnonanamide, 0.05% w/v Thymol, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 (sodium HEPES, MOPS acid), 20% v/v ethylene glycol, 10% w/v PEG 8,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.95374 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.25→27.87 Å / Num. obs: 15428 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.047 % / Biso Wilson estimate: 47.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.774 / Net I/σ(I): 18.95 / Num. measured all: 201282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7VH8 解像度: 2.25→27.87 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.02 Å2 / Biso mean: 51.8503 Å2 / Biso min: 26.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.25→27.87 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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