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- PDB-8h3x: Bacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 282 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h3x
タイトルBacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 282
要素
  • Fragilysinフラギリシン
  • nanobody 282
キーワードTOXIN (毒素) / Bacteroide Fragilis Toxin / nanobody (ナノボディ)
機能・相同性
機能・相同性情報


フラギリシン / metallopeptidase activity / toxin activity / タンパク質分解 / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
フラギリシン / Fragilysin, N-terminal / Fragilysin, N-terminal domain superfamily / N-terminal domain of fragilysin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
フラギリシン
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Wen, Y. / Guo, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: Screening and epitope characterization of diagnostic nanobody against total and activated Bacteroides fragilis toxin.
著者: Guo, Y. / Ouyang, Z. / He, W. / Zhang, J. / Qin, Q. / Jiao, M. / Muyldermans, S. / Zheng, F. / Wen, Y.
履歴
登録2022年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Fragilysin
A: nanobody 282
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7713
ポリマ－58,7062
非ポリマー651
水10,142563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.663, 78.212, 118.132
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Fragilysin / フラギリシン / Enterotoxin


分子量: 44449.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: btfP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54355, フラギリシン
#2: 抗体 nanobody 282


分子量: 14255.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium thiocyanate, 20 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→35.17 Å / Num. obs: 117825 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.83
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / Num. unique obs: 5862 / CC1/2: 0.529

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P24

3p24


解像度: 1.66→35.17 Å / SU ML: 0.2847 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.4186
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2164 3839 3.26 %
Rwork0.1832 113986 -
obs0.1843 117825 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→35.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3761 0 1 563 4325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00733882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04055268
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0617574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1264536
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.680.4891300.56243816X-RAY DIFFRACTION90.86
1.68-1.70.48241400.45934111X-RAY DIFFRACTION96.24
1.7-1.720.41591400.40424209X-RAY DIFFRACTION98.91
1.72-1.750.34721450.3654278X-RAY DIFFRACTION99.57
1.75-1.770.34121410.3164226X-RAY DIFFRACTION99.93
1.77-1.80.3161430.28644221X-RAY DIFFRACTION99.95
1.8-1.830.27181440.25034204X-RAY DIFFRACTION99.95
1.83-1.860.26651410.2374317X-RAY DIFFRACTION99.91
1.86-1.90.26691430.22164206X-RAY DIFFRACTION99.93
1.9-1.930.36211400.30924143X-RAY DIFFRACTION97.92
1.93-1.970.28081410.22564275X-RAY DIFFRACTION99.95
1.97-2.010.28491440.22734241X-RAY DIFFRACTION99.98
2.01-2.060.23931440.21184305X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.110.24041450.18054227X-RAY DIFFRACTION99.98
2.11-2.170.21061430.1814269X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.230.21961440.18644249X-RAY DIFFRACTION99.91
2.23-2.310.26741420.19744230X-RAY DIFFRACTION99.23
2.31-2.390.23481380.18954226X-RAY DIFFRACTION99.98
2.39-2.480.26021440.18844237X-RAY DIFFRACTION99.95
2.48-2.60.23351400.1874264X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.730.2521440.18454241X-RAY DIFFRACTION99.95
2.73-2.90.19361420.18184265X-RAY DIFFRACTION99.93
2.9-3.130.20731470.17544251X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.440.17751450.16344249X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.940.20021420.14044259X-RAY DIFFRACTION99.95
3.94-4.960.15951390.13214227X-RAY DIFFRACTION99.75
4.96-35.170.14681480.15994240X-RAY DIFFRACTION99.68
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.48483884525 Å / Origin y: 6.78828129858 Å / Origin z: 14.2373858618 Å
111213212223313233
T0.190570925532 Å20.0211097769467 Å2-0.00708523362085 Å2-0.197473544809 Å20.018518560151 Å2--0.18781209862 Å2
L0.785264497983 °20.411245945685 °2-0.0205011088999 °2-0.858346362249 °2-0.0773239792233 °2--0.526274526045 °2
S0.049065927742 Å °-0.0126457341133 Å °0.0112197496366 Å °0.0254408840092 Å °-0.0428235473183 Å °-0.0328323306552 Å °-0.0250386773945 Å °0.035861487121 Å °-0.0122432915521 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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