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- PDB-8h3y: Bacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 327 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h3y
タイトルBacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 327
要素
  • Fragilysin
  • Nanobody 327
キーワードTOXIN / Bacteroide Fragilis Toxin / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


fragilysin / metallopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Fragilysin / Fragilysin, N-terminal / Fragilysin, N-terminal domain superfamily / N-terminal domain of fragilysin / Metallo-peptidase family M12 / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Immunoglobulins ...Fragilysin / Fragilysin, N-terminal / Fragilysin, N-terminal domain superfamily / N-terminal domain of fragilysin / Metallo-peptidase family M12 / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Wen, Y. / Guo, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: Screening and epitope characterization of diagnostic nanobody against total and activated Bacteroides fragilis toxin.
著者: Guo, Y. / Ouyang, Z. / He, W. / Zhang, J. / Qin, Q. / Jiao, M. / Muyldermans, S. / Zheng, F. / Wen, Y.
履歴
登録2022年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fragilysin
B: Fragilysin
D: Nanobody 327
E: Nanobody 327
F: Nanobody 327
C: Fragilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,8789
ポリマ－175,6816
非ポリマー1963
水10,953608
1
A: Fragilysin
F: Nanobody 327
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6263
ポリマ－58,5602
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fragilysin
D: Nanobody 327
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6263
ポリマ－58,5602
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Nanobody 327
C: Fragilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6263
ポリマ－58,5602
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.901, 82.984, 139.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-592-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fragilysin / Enterotoxin


分子量: 44449.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: btfP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54355, fragilysin
#2: 抗体 Nanobody 327


分子量: 14110.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→41.39 Å / Num. obs: 152840 / % possible obs: 98.52 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 41.43 Å2 / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Num. unique obs: 7917 / CC1/2: 0.541

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P24

3p24


解像度: 2.25→41.39 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.56 / 位相誤差: 29.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2438 3843 2.51 %
Rwork0.2039 --
obs0.2049 152840 95.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→41.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11048 0 3 608 11659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96515375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4911556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071995
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.270.37081330.34424993X-RAY DIFFRACTION87
2.27-2.30.36571320.34085348X-RAY DIFFRACTION92
2.3-2.340.34621500.33145615X-RAY DIFFRACTION97
2.34-2.370.37521410.32975534X-RAY DIFFRACTION97
2.37-2.40.36631430.31575549X-RAY DIFFRACTION97
2.4-2.440.33711410.30825574X-RAY DIFFRACTION97
2.44-2.480.34991410.29845533X-RAY DIFFRACTION97
2.48-2.520.29631470.29285627X-RAY DIFFRACTION97
2.52-2.570.33971450.2865475X-RAY DIFFRACTION97
2.57-2.620.33531410.28095573X-RAY DIFFRACTION96
2.62-2.670.30611430.28055584X-RAY DIFFRACTION96
2.67-2.730.33831380.27735395X-RAY DIFFRACTION95
2.73-2.790.35161360.2665371X-RAY DIFFRACTION92
2.79-2.860.29141420.24515527X-RAY DIFFRACTION97
2.86-2.940.27951410.24535635X-RAY DIFFRACTION98
2.94-3.030.31081430.24165617X-RAY DIFFRACTION98
3.03-3.130.28181460.23415624X-RAY DIFFRACTION98
3.13-3.240.29781480.23225608X-RAY DIFFRACTION97
3.24-3.370.24981450.2125589X-RAY DIFFRACTION97
3.37-3.520.28831460.18985576X-RAY DIFFRACTION97
3.52-3.710.24831350.18745371X-RAY DIFFRACTION93
3.71-3.940.19071490.17625639X-RAY DIFFRACTION98
3.94-4.240.1881450.14965601X-RAY DIFFRACTION97
4.24-4.670.17491460.12725580X-RAY DIFFRACTION97
4.67-5.340.17371390.13285382X-RAY DIFFRACTION94
5.34-6.730.18061450.14835607X-RAY DIFFRACTION97
6.73-41.390.12361420.1445470X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -41.4861 Å / Origin y: -17.138 Å / Origin z: 50.8314 Å
111213212223313233
T0.3446 Å2-0.0014 Å20.0016 Å2-0.3145 Å20.0031 Å2--0.3449 Å2
L0.0528 °20.0035 °20.0285 °2--0.0348 °20.0021 °2--0.1535 °2
S0.021 Å °0.0102 Å °-0.0086 Å °0.0138 Å °0.0029 Å °-0.0232 Å °-0.0139 Å °-0.0127 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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