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- PDB-8h3c: Crystal structure of M2e Influenza peptide in complex with antibo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h3c
タイトルCrystal structure of M2e Influenza peptide in complex with antibody scFv
要素
  • Matrix protein 2
  • Single Chain Variable Fragment
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Single chain variable fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host autophagy / proton transmembrane transporter activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Kumar, U. / Madni, Z.K. / Gaur, V. / Salunke, D.M.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
引用ジャーナル: J.Biomed.Sci. / 年: 2023
タイトル: A structure and knowledge-based combinatorial approach to engineering universal scFv antibodies against influenza M2 protein.
著者: Kumar, U. / Goyal, P. / Madni, Z.K. / Kamble, K. / Gaur, V. / Rajala, M.S. / Salunke, D.M.
履歴
登録2022年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single Chain Variable Fragment
B: Single Chain Variable Fragment
C: Single Chain Variable Fragment
D: Single Chain Variable Fragment
E: Single Chain Variable Fragment
F: Matrix protein 2
G: Matrix protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,1367
ポリマ－139,1367
非ポリマー00
水00
1
A: Single Chain Variable Fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1291
ポリマ－27,1291
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Single Chain Variable Fragment
F: Matrix protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8742
ポリマ－28,8742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Single Chain Variable Fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1291
ポリマ－27,1291
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Single Chain Variable Fragment
G: Matrix protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8742
ポリマ－28,8742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Single Chain Variable Fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1291
ポリマ－27,1291
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.818, 120.398, 176.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 6 through 7 or (resid 8...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 6 through 7 or (resid 8...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 6 through 7 or (resid 8...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 6 through 7 or (resid 8...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 6 through 32 or (resid 33...
d_1ens_2(chain "F" and (resid 2 through 10 or (resid 11...
d_2ens_2(chain "G" and (resid 2 through 3 or (resid 4...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEULEUGLYGLYAA6 - 116 - 11
d_12ens_1LEULEUVALVALAA13 - 11613 - 116
d_13ens_1ASPASPILEILEAA135 - 240135 - 240
d_21ens_1LEULEUGLYGLYBB6 - 116 - 11
d_22ens_1LEULEUVALVALBB13 - 11613 - 116
d_23ens_1ASPASPILEILEBB135 - 240135 - 240
d_31ens_1LEULEUGLYGLYCC6 - 116 - 11
d_32ens_1LEULEUVALVALCC13 - 11613 - 116
d_33ens_1ASPASPILEILECC135 - 240135 - 240
d_41ens_1LEULEUGLYGLYDD6 - 116 - 11
d_42ens_1LEULEUVALVALDD13 - 11613 - 116
d_43ens_1ASPASPILEILEDD135 - 240135 - 240
d_51ens_1LEULEUILEILEEE6 - 2406 - 240
d_11ens_2SERSERILEILEFF2 - 111 - 10
d_21ens_2SERSERILEILEGG2 - 111 - 10

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.675508695397, -0.248052497631, 0.694375950665), (0.30269923928, 0.951994299837, 0.0456072759299), (-0.672354945682, 0.179378960576, 0.718165729842)-27.6165714045, 1.2320744657, 46.8806259505
2given(-0.99818801766, 0.00204173180597, -0.0601374486582), (-0.00669003180382, -0.996993560979, 0.0771950959697), (-0.0597990374032, 0.0774575412632, 0.995200685504)12.5273025454, -59.8395520284, 2.65598956557
3given(-0.56353809086, 0.254231069217, -0.78599706335), (-0.268533867453, -0.956169870382, -0.1167421989), (-0.781226204233, 0.145278155337, 0.607107795537)18.7869888411, -57.7647235366, 51.8678452183
4given(-0.737563254571, -0.287887053881, -0.610836712808), (-0.28590965243, 0.952624010763, -0.103745673478), (0.611764755567, 0.098125115672, -0.784930153275)45.6113430526, -10.4289863571, 69.041577784
5given(0.783468376371, -0.344137042761, -0.517442749516), (0.574377173059, 0.718856316839, 0.391581995001), (0.237209119334, -0.603999413526, 0.760865653164)19.4460339346, -24.7592141855, -2.6161934486

-
要素

#1: 抗体
Single Chain Variable Fragment


分子量: 27129.166 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド Matrix protein 2 / Proton channel protein M2


分子量: 1744.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: N-terminal M2 protein peptide
由来: (合成) Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: P0DOF5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.33 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium Citrate Dibasic pH 5.2, 20% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42→60.2 Å / Num. obs: 30668 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 77.15 Å2 / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.42→3.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1527 / CC1/2: 0.685

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DSI

6dsi


解像度: 3.43→60.2 Å / SU ML: 0.3406 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3125
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 1472 4.8 %
Rwork0.2041 29176 -
obs0.2056 30648 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 82.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.43→60.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8520 0 0 0 8520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00268692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.619111786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04421312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.64741231
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.895797464756
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.592182220716
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.864645364967
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.997581544776
ens_2d_2FX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.29151374878
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.43-3.540.30961200.27062636X-RAY DIFFRACTION99.78
3.54-3.660.29791530.25422594X-RAY DIFFRACTION99.93
3.66-3.810.27461210.25342625X-RAY DIFFRACTION99.78
3.81-3.980.26891240.21422614X-RAY DIFFRACTION99.74
3.98-4.190.2451500.19512628X-RAY DIFFRACTION99.75
4.2-4.460.21091330.17232618X-RAY DIFFRACTION99.49
4.46-4.80.20571320.16842639X-RAY DIFFRACTION99.93
4.8-5.280.18411360.16522646X-RAY DIFFRACTION99.61
5.28-6.050.21161280.19242659X-RAY DIFFRACTION99.75
6.05-7.620.23581300.23042722X-RAY DIFFRACTION99.72
7.62-60.20.23431450.20782795X-RAY DIFFRACTION99.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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