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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h1s | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of apo-LptDE complex | ||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Lipopolysaccharide / Lipoprotein / LptDE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of polysaccharide biosynthetic process / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / : / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Luo, Q. / Huang, Y. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Lipoprotein sorting to the cell surface via a crosstalk between the Lpt and Lol pathways during outer membrane biogenesis 著者: Luo, Q. / Wang, C. / Qiao, S. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 933.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 474.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 515.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 93 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8h1rC ![]() 5ivaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 104387.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: lptD, imp, ostA, PA0595 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 22908.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: lptE, PA3988 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.33 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 2% tacsimate (pH5.0), 16% PEG3350, 100mM sodium citrate tribasic dehydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: 0.9792 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 65178 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 80.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.674 / Rpim(I) all: 0.38 / Rrim(I) all: 0.742 / Χ2: 1.563 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 354588 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5IVA 解像度: 3.28→43.09 Å / SU ML: 0.4423 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.0093 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.28→43.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 30.5890181511 Å / Origin y: 0.0902286188344 Å / Origin z: 436.209785728 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |