PDB-8h1m: Crystal structure of glucose-2-epimerase mutant_D254A from Runell...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h1m

タイトル

Crystal structure of glucose-2-epimerase mutant_D254A from Runella slithyformis Runsl_4512

要素

N-acylglucosamine 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / mutant form / Runsl

機能・相同性

機能・相同性情報

isomerase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Runella slithyformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Wang, H. / Sun, X.M. / Saburi, W. / Yu, J. / Yao, M.

資金援助

日本, 5件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18K05382	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21K05388	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21H01754	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP18am0101071 (0058)	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP19am0101083	日本

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the substrate specificity and activity of a novel mannose 2-epimerase from Runella slithyformis.
著者: Wang, H. / Sun, X. / Saburi, W. / Hashiguchi, S. / Yu, J. / Ose, T. / Mori, H. / Yao, M.

履歴

登録	2022年10月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h1m.cif.gz	142.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h1m.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h1m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h1kC 8h1lC 8h1nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: N-acylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

48.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

A: N-acylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
97.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.219, 113.219, 116.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1138- HOH

#1: タンパク質	N-acylglucosamine 2-epimerase 分子量: 48808.738 Da / 分子数: 1 / 変異: D254A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Runella slithyformis (バクテリア) 遺伝子: Runsl_4512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U4E834
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.63 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.6M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→47.04 Å / Num. obs: 99920 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.01 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0826 / Net I/σ(I): 20.83
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / Num. unique obs: 9806 / CC_1/2: 0.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
PHENIX	1.17_3644	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→47.04 Å / SU ML: 0.1301 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.532
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1662	4990	5 %
R_work	0.144	94899	-
obs	0.1451	99889	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3446	0	6	702	4154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0185	3570
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5249	4834
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1088	488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	620
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.2149	468

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.2426	178	0.1885	3081	X-RAY DIFFRACTION	98.97
1.62-1.64	0.21	161	0.1868	3118	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.64-1.66	0.2232	157	0.174	3123	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.66-1.68	0.1911	166	0.1645	3131	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.68-1.7	0.184	159	0.1671	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.72	0.1952	167	0.1627	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.1844	175	0.1608	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.77	0.1734	166	0.1581	3114	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2183	174	0.1609	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.83	0.2066	170	0.1549	3102	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.1745	164	0.1556	3126	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.86-1.9	0.1602	181	0.1522	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.93	0.187	167	0.1497	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.97	0.1719	178	0.1499	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.01	0.1731	155	0.1401	3158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.06	0.1508	161	0.1421	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.11	0.1651	154	0.1358	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.17	0.1584	165	0.1325	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.23	0.1547	168	0.1342	3163	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.31	0.1598	147	0.138	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.39	0.1815	179	0.1317	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.1562	168	0.1361	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.6	0.1417	174	0.1493	3166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.73	0.1845	157	0.15	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.9	0.1806	174	0.1684	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.13	0.1947	158	0.1607	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.44	0.155	169	0.1449	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.94	0.1406	161	0.1179	3234	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.96	0.1346	188	0.1088	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-47.04	0.1681	149	0.1629	3480	X-RAY DIFFRACTION	99.94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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