PDB-8h1l: Crystal structure of glucose-2-epimerase in complex with D-Glucit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h1l

タイトル

Crystal structure of glucose-2-epimerase in complex with D-Glucitol from Runella slithyformis Runsl_4512

要素

N-acylglucosamine 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / complex form / Runsl

機能・相同性

N-acylglucosamine 2-epimerase/Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / isomerase activity / carbohydrate metabolic process / sorbitol / N-acylglucosamine 2-epimerase

機能・相同性情報

生物種

Runella slithyformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Wang, H. / Sun, X.M. / Saburi, W. / Yu, J. / Yao, M.

資金援助

日本, 5件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18K05382	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21K05388	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21H01754	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP18am0101071 (0058)	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP19am0101083	日本

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the substrate specificity and activity of a novel mannose 2-epimerase from Runella slithyformis.
著者: Wang, H. / Sun, X. / Saburi, W. / Hashiguchi, S. / Yu, J. / Ose, T. / Mori, H. / Yao, M.

履歴

登録	2022年10月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h1l.cif.gz	823 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h1l.ent.gz	570.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h1l_validation.pdf.gz	469.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h1l_full_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示
XML形式データ	8h1l_validation.xml.gz	64.8 KB	表示
CIF形式データ	8h1l_validation.cif.gz	92.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h1kC 8h1mC 8h1nC 3vw5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: N-acylglucosamine 2-epimerase

B: N-acylglucosamine 2-epimerase

C: N-acylglucosamine 2-epimerase

D: N-acylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

197 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acylglucosamine 2-epimerase

B: N-acylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
98.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: N-acylglucosamine 2-epimerase

D: N-acylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.242, 172.731, 150.457
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.964, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	N-acylglucosamine 2-epimerase 分子量: 49083.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Runella slithyformis (バクテリア) 遺伝子: Runsl_4512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U4E834
#2: 糖	ChemComp-SOR / sorbitol / D-sorbitol / D-glucitol / ソルビト-ルタイプ: D-saccharide / 分子量: 182.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.57 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.6M sodium formate, 486 mM D-glucitol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→48.53 Å / Num. obs: 140052 / % possible obs: 99.23 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.85 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.1086 / Net I/σ(I): 9.66
反射シェル	解像度: 2.33→2.42 Å / R_merge(I) obs: 0.5531 / Num. unique obs: 51624 / CC_1/2: 0.784

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3vw5

3vw5

解像度: 2.33→48.53 Å / SU ML: 0.2395 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.3378
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	7032	5.02 %
R_work	0.1792	132977	-
obs	0.1806	140009	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→48.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13788	0	24	778	14590

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	14212
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8682	19242
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0502	1954
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	2456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.0469	5068

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.33-2.36	0.267	222	0.2376	4399	X-RAY DIFFRACTION	97.26
2.36-2.39	0.2758	247	0.2324	4349	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.39-2.42	0.2523	231	0.2286	4414	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2.42-2.45	0.2719	247	0.2292	4390	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.45-2.48	0.2661	221	0.2329	4392	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.48-2.51	0.279	205	0.2341	4482	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.51-2.55	0.2582	253	0.2295	4344	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.55-2.59	0.2648	235	0.2271	4429	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.59-2.63	0.2673	253	0.2302	4436	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.63-2.67	0.2754	252	0.225	4376	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.67-2.72	0.2499	221	0.2391	4395	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.72-2.77	0.2549	248	0.2345	4463	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.77-2.82	0.2699	218	0.238	4424	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.82-2.88	0.2535	232	0.2201	4404	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.88-2.94	0.2254	232	0.2204	4460	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.94-3.01	0.2277	221	0.2229	4445	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.01-3.08	0.2497	228	0.2235	4431	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.08-3.17	0.2407	259	0.2148	4411	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.17-3.26	0.2537	225	0.2175	4450	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.26-3.36	0.2306	256	0.1978	4389	X-RAY DIFFRACTION	99.08
3.36-3.49	0.2093	239	0.1723	4404	X-RAY DIFFRACTION	99.02
3.49-3.62	0.1864	219	0.1643	4474	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.62-3.79	0.1846	217	0.1504	4464	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.79-3.99	0.1641	225	0.1354	4440	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.99-4.24	0.1589	255	0.1213	4447	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.24-4.57	0.1358	236	0.1178	4509	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.57-5.02	0.1469	235	0.1159	4447	X-RAY DIFFRACTION	99.85
5.03-5.75	0.1744	213	0.1368	4523	X-RAY DIFFRACTION	99.92
5.75-7.24	0.1836	254	0.1598	4468	X-RAY DIFFRACTION	99.81
7.24-48.53	0.1657	233	0.1559	4518	X-RAY DIFFRACTION	98.9

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -18.516638157 Å / Origin y: 32.3710003478 Å / Origin z: 34.3883789893 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.243684711569 Å²	-0.0209433190612 Å²	0.0123651252069 Å²	-	0.266639135539 Å²	-0.0184589138535 Å²	-	-	0.237940137086 Å²
L	0.0641020517487 °²	-0.03606175342 °²	0.0346930720671 °²	-	0.286572803213 °²	-0.138812053248 °²	-	-	0.130031777964 °²
S	-0.0150805788647 Å °	0.0205027347518 Å °	0.0118926432335 Å °	-0.0131505136177 Å °	0.0020934562488 Å °	-0.0310553735708 Å °	-0.0225585458826 Å °	0.0291534770442 Å °	0.0173475632145 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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