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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h14 | ||||||
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タイトル | Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (D414C and V969C), Locked-1 Conformation | ||||||
![]() | Spike glycoprotein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / PROTEIN ENGINEERING / SPIKE PROTEIN / SARS-COV-1 / SARS-COV | ||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å | ||||||
![]() | Zhang, X. / Li, Z. / Liu, Y. / Wang, J. / Fu, L. / Wang, P. / He, J. / Xiong, X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Disulfide stabilization reveals conserved dynamic features between SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 spikes. 著者: Xixi Zhang / Zimu Li / Yanjun Zhang / Yutong Liu / Jingjing Wang / Banghui Liu / Qiuluan Chen / Qian Wang / Lutang Fu / Peiyi Wang / Xiaolin Zhong / Liang Jin / Qihong Yan / Ling Chen / Jun ...著者: Xixi Zhang / Zimu Li / Yanjun Zhang / Yutong Liu / Jingjing Wang / Banghui Liu / Qiuluan Chen / Qian Wang / Lutang Fu / Peiyi Wang / Xiaolin Zhong / Liang Jin / Qihong Yan / Ling Chen / Jun He / Jincun Zhao / Xiaoli Xiong / ![]() 要旨: SARS-CoV-2 spike protein (S) is structurally dynamic and has been observed by cryo-EM to adopt a variety of prefusion conformations that can be categorized as locked, closed, and open. S-trimers ...SARS-CoV-2 spike protein (S) is structurally dynamic and has been observed by cryo-EM to adopt a variety of prefusion conformations that can be categorized as locked, closed, and open. S-trimers adopting locked conformations are tightly packed featuring structural elements incompatible with RBD in the "up" position. For SARS-CoV-2 S, it has been shown that the locked conformations are transient under neutral pH. Probably because of their transience, locked conformations remain largely uncharacterized for SARS-CoV-1 S. In this study, we introduced x1, x2, and x3 disulfides into SARS-CoV-1 S. Some of these disulfides have been shown to preserve rare locked conformations when introduced to SARS-CoV-2 S. Introduction of these disulfides allowed us to image a variety of locked and other rare conformations for SARS-CoV-1 S by cryo-EM. We identified bound cofactors and structural features that are associated with SARS-CoV-1 S locked conformations. We compare newly determined structures with other available spike structures of SARS-related CoVs to identify conserved features and discuss their possible functions. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 552.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 452.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34424MC ![]() 8h0xC ![]() 8h0yC ![]() 8h0zC ![]() 8h10C ![]() 8h11C ![]() 8h12C ![]() 8h13C ![]() 8h15C ![]() 8h16C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 136667.312 Da / 分子数: 3 / 変異: D414C and V969C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: S, 2 / プラスミド: pCDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: ![]() #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-1 spike protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.41 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() 株: SARS coronavirus Tor2 | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: Gibco PBS C10010 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 45000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 82693 / 詳細: Particles were picked by Warp v1.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22958 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 26 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7XTZ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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