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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h0d | ||||||
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タイトル | Structure of the thermolabile hemolysin from Vibrio alginolyticus (in complex with docosahexaenoic acid) | ||||||
![]() | SGNH/GDSL hydrolase family protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / Vibrio / phospholipase / SGNH hydrolase / GDSL lipase / transferase / thermolabile hemolysin | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipase activity / carboxylic ester hydrolase activity / lipid metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ma, Q. / Wang, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Catalytic site flexibility facilitates the substrate and catalytic promiscuity of Vibrio dual lipase/transferase. 著者: Wang, C. / Liu, C. / Zhu, X. / Peng, Q. / Ma, Q. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 326.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 264.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 704.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 709.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48378.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: F0254_14065 / プラスミド: pETM13 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HXA / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: The crystal of ValTLH in complex with docosahexaenoic acid was grown in a drop containing 1.0 ul of protein solution (6 mg/ml in the buffer 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 300mM ...詳細: The crystal of ValTLH in complex with docosahexaenoic acid was grown in a drop containing 1.0 ul of protein solution (6 mg/ml in the buffer 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 300mM NDSB201 with 1.25 mM docosahexaenoic acid) and 1.0 ul of reservoir solution (25% polyethylene glycol 20000, 0.15 M magnesium formate). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97852 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.008→81.779 Å / Num. obs: 51148 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.008→2.014 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 479 / CC1/2: 0.865 / Rpim(I) all: 0.365 / Rrim(I) all: 0.927 / Rsym value: 0.85 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6JKZ 解像度: 2.01→81.779 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.161
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原子変位パラメータ | Biso max: 121.83 Å2 / Biso mean: 47.97 Å2 / Biso min: 23.35 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.01→81.779 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.01→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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