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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h09 | ||||||
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タイトル | Structure of the thermolabile hemolysin from Vibrio alginolyticus (apo form) | ||||||
要素 | SGNH/GDSL hydrolase family protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Vibrio (ビブリオ属) / phospholipase (ホスホリパーゼ) / SGNH hydrolase / GDSL lipase / transferase (転移酵素) / hemolysin (溶血素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio alginolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Ma, Q. / Wang, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Catalytic site flexibility facilitates the substrate and catalytic promiscuity of Vibrio dual lipase/transferase. 著者: Wang, C. / Liu, C. / Zhu, X. / Peng, Q. / Ma, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h09.cif.gz | 325.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h09.ent.gz | 263.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h09.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/8h09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/8h09 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48378.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア) 遺伝子: F0254_14065 / プラスミド: pETM13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Escherichia coli C43 (DE3) / 参照: UniProt: A0A7Y4B3E8 |
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-非ポリマー , 5種, 323分子
#2: 化合物 | ChemComp-1PE / #3: 化合物 | ChemComp-1PS / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: The crystal of ValTLH was grown in a drop containing 1.0 ul of protein solution (10 mg/ml in the buffer 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 200 mM NDSB201) and 1.0 ul of reservoir ...詳細: The crystal of ValTLH was grown in a drop containing 1.0 ul of protein solution (10 mg/ml in the buffer 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 200 mM NDSB201) and 1.0 ul of reservoir solution (0.1 M Tris pH 8.5, 20.5% polyethylene glycol 4000, 20% polyethylene glycol 400, and 0.1 M MgCl2). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97876 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97876 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.809→53.783 Å / Num. obs: 68600 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.809→1.84 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3412 / CC1/2: 0.863 / Rpim(I) all: 0.288 / Rrim(I) all: 0.767 / Rsym value: 0.709 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JKZ 解像度: 1.81→53.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU R Cruickshank DPI: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.115
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原子変位パラメータ | Biso max: 112.16 Å2 / Biso mean: 36.7 Å2 / Biso min: 16.19 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.81→53.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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