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- PDB-8gw5: Crystal structure of SaSsbA complexed with glycerol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gw5
タイトルCrystal structure of SaSsbA complexed with glycerol
要素Single-stranded DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / single-strand DNA binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA複製 / DNA修復
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus ED98 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yang, P.C. / Huang, H.Y. / Huang, C.Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of DNA Replication Protein SsbA Complexed with the Anticancer Drug 5-Fluorouracil.
著者: Su, H.H. / Huang, Y.H. / Lien, Y. / Yang, P.C. / Huang, C.Y.
履歴
登録2022年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7334
ポリマ－25,5492
非ポリマー1842
水2,720151
1
A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子

A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 51.5 kDa, 4 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4658
ポリマ－51,0974
非ポリマー3684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area8860 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.224, 88.224, 57.999
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Single-stranded DNA-binding protein / SSB


分子量: 12774.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus ED98 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ssb, ssb2, ssb_1, ssbA, A6762_01715, BN1321_80086, C7P97_01495, CV021_06850, DD547_00353, E3A28_06905, E3K14_01855, E4U00_06870, EDCC5055_00340, EP54_08250, EQ90_08535, G6Y24_06705, GO782_ ...遺伝子: ssb, ssb2, ssb_1, ssbA, A6762_01715, BN1321_80086, C7P97_01495, CV021_06850, DD547_00353, E3A28_06905, E3K14_01855, E4U00_06870, EDCC5055_00340, EP54_08250, EQ90_08535, G6Y24_06705, GO782_08865, GO788_13850, GO793_13375, GO814_10580, GO941_16005, GO942_09280, GZ128_07070, GZ156_06265, HK402_02025, HMPREF3211_02451, HUW54_01845, NCTC10702_00704, NCTC5664_00336, NCTC7878_00400, NCTC7972_01579, QU38_04380, SA0759_00307, SA950122_00302, SAJPND4_00365, SAMEA70245418_01284
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0D1JHQ1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 4000, 100mM HEPES, pH7.5, 200mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 21823 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 35.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 100 / CC1/2: 0.955

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XGT

5xgt


解像度: 1.8→27.9 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2325 1054 4.84 %
Rwork0.2035 20714 -
obs0.2049 21768 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.52 Å2 / Biso mean: 24.9766 Å2 / Biso min: 10.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→27.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1589 0 28 151 1768
Biso mean--25.31 30.1 -
残基数----200
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8-1.880.31321200.248725492669
1.88-1.980.24391220.200225302652
1.98-2.10.18611480.180225392687
2.11-2.270.22461200.196225642684
2.27-2.50.24251240.210325732697
2.5-2.860.25421400.212425942734
2.86-3.60.24241440.201225952739
3.6-27.90.21621360.201427702906

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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