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- PDB-8gvm: The structure of azide-bound cytochrome C oxidase determined usin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gvm
タイトルThe structure of azide-bound cytochrome C oxidase determined using the crystals exposed to 20 mm azide solution for 4 days
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...) x 13
キーワードOXIDOREDUCTASE / METALLOENZYME / CYTOCHROME C OXIDASE / PROTON PUMP / BIOENERGETICS / HEME / COPPER
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / Mitochondrial translation termination / cytochrome-c oxidase ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / Mitochondrial translation termination / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / proton transmembrane transport / aerobic respiration / central nervous system development / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV ...Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL ...AZIDE ION / CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Tsukihara, T. / Shimada, A.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06092 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K14635 日本
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: X-ray structural analyses of azide-bound cytochromecoxidases reveal that the H-pathway is critically important for the proton-pumping activity
著者: Shimada, A. / Hatano, K. / Tadehara, H. / Yano, N. / Sinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Mutamoto, K. / Tsukihara, T. / Yoshikawa, S.
履歴
登録2022年9月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral
改定 2.02026年4月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_database_related / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_close_contact / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_database_related.details / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)449,509156
ポリマ－410,18426
非ポリマー39,326130
水29,2381623
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,79986
ポリマ－205,09213
非ポリマー20,70773
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,71070
ポリマ－205,09213
非ポリマー18,61957
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.405, 206.272, 177.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P68530, cytochrome-c oxidase
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P00415, cytochrome-c oxidase
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 / COX IV-1


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase ...Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase subunit VIb isoform 1 / COX VIb-1


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P00429
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA


分子量: 8521.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P04038
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1 / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb / IHQ


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c oxidase subunit 8H / IX / VIIIb


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P10175

-
糖 , 1種, 9分子

#25: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 15種, 1744分子

#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#17: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#18: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION


分子量: 42.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#19: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#21: 化合物
ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL


分子量: 891.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H110O6
#22: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID


分子量: 408.571 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#23: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#24: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 759.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物
ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#29: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.8 / 詳細: PEG 4000, SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 50 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→200 Å / Num. obs: 564234 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 42.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.87 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 1.082 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 13836 / CC1/2: 0.879 / Rpim(I) all: 0.391 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B1A

5b1a


解像度: 1.851→39.969 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1881 28345 5.03 %
Rwork0.164 --
obs0.1652 563635 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.851→39.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28505 0 2591 1623 32719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01932822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.73644319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.23719188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1024701
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.851-1.87180.26428340.241916635X-RAY DIFFRACTION93
1.8718-1.89380.2619460.237817642X-RAY DIFFRACTION99
1.8938-1.91690.24539210.217817654X-RAY DIFFRACTION99
1.9169-1.94120.24939040.209517718X-RAY DIFFRACTION99
1.9412-1.96670.22519050.197317716X-RAY DIFFRACTION99
1.9667-1.99360.21379420.19117751X-RAY DIFFRACTION99
1.9936-2.02210.21189120.178517738X-RAY DIFFRACTION99
2.0221-2.05230.21499240.177117713X-RAY DIFFRACTION99
2.0523-2.08440.20069160.167617788X-RAY DIFFRACTION99
2.0844-2.11850.19879120.166817784X-RAY DIFFRACTION99
2.1185-2.15510.20129260.165717788X-RAY DIFFRACTION99
2.1551-2.19420.19559160.161817821X-RAY DIFFRACTION100
2.1942-2.23640.19629380.15717791X-RAY DIFFRACTION100
2.2364-2.28210.18289750.147917778X-RAY DIFFRACTION100
2.2821-2.33170.18189790.146817791X-RAY DIFFRACTION100
2.3317-2.38590.18459420.146317819X-RAY DIFFRACTION100
2.3859-2.44560.17079840.145317799X-RAY DIFFRACTION100
2.4456-2.51170.19179530.14817900X-RAY DIFFRACTION100
2.5117-2.58560.17819320.139917890X-RAY DIFFRACTION100
2.5856-2.66910.17359620.14217873X-RAY DIFFRACTION100
2.6691-2.76440.17819430.145817933X-RAY DIFFRACTION100
2.7644-2.87510.18829220.15618008X-RAY DIFFRACTION100
2.8751-3.00590.192310060.159617916X-RAY DIFFRACTION100
3.0059-3.16430.19359450.163918003X-RAY DIFFRACTION100
3.1643-3.36250.18959680.166617985X-RAY DIFFRACTION100
3.3625-3.62190.19039770.164618033X-RAY DIFFRACTION100
3.6219-3.98610.180910250.162917993X-RAY DIFFRACTION100
3.9861-4.56220.16459730.154518162X-RAY DIFFRACTION100
4.5622-5.74520.177610160.158318220X-RAY DIFFRACTION100
5.7452-39.9690.19929470.186918648X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3550.0279-0.07470.1745-0.01170.31380.00930.02920.01410.00730.01050.00630.0013-0.056-00.21490.0197-0.01030.19330.00440.175661.7339309.0446197.9479
20.44690.13470.08770.3080.01570.34390.02350.096-0.10160.03990.021-0.1449-0.03580.10490.00360.1994-0.0137-0.01410.2197-0.04930.3112127.1519315.5273194.335
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1 through 514) or (chain B and resid 1 through 227) or (chain C and resid 3 through 261) or (chain D and resid 4 through 147) or (chain E and resid 5 through 109) or (chain F and resid 1 through 98) or (chain G and resid 1 through 84) or (chain H and resid 7 through 85) or (chain I and resid 1 through 73) or (chain J and resid 1 through 58) or (chain K and resid 6 through 54) or (chain L and resid 2 through 47) or (chain M and resid 1 through 43)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain N and resid 1 through 514) or (chain O and resid 1 through 227) or (chain P and resid 3 through 261) or (chain Q and resid 4 through 147) or (chain R and resid 5 through 109) or (chain S and resid 1 through 98) or (chain T and resid 1 through 84) or (chain U and resid 7 through 85) or (chain V and resid 1 through 73) or (chain W and resid 1 through 58) or (chain X and resid 6 through 54) or (chain Y and resid 2 through 47) or (chain Z and resid 1 through 43)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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