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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gtr | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of human Pannexin isoform 3 | ||||||
要素 | Pannexin-3 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Pannexins / large pore ion-channels | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 wide pore channel activity / positive regulation of interleukin-1 production / ギャップ結合 / monoatomic cation transport / monoatomic ion transmembrane transport / cell-cell signaling / structural molecule activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.91 Å | ||||||
データ登録者 | Hussain, N. / Penmatsa, A. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural insights into pore dynamics of human Pannexin isoforms 著者: Hussain, N. / Apotikar, A. / Pidathala, S. / Mukherjee, S. / Burada, A.P. / Sikdar, S.K. / Vinothkumar, K.R. / Penmatsa, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gtr.cif.gz | 380.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gtr.ent.gz | 311.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gtr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/8gtr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/8gtr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 34265MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44734.219 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANX3 / プラスミド: pEG Bacmam / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QZ0 #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | ChemComp-PTY / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pannexin 3 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: human isoform 3 of Pannexin. Expressed in ER and Plasma membranes involved in calcium and ATP regulation Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 44.68 kDa/nm / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S / プラスミド: pEG Bacmam | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: Fresh solution containing detergent was prepared for every prep. | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample is homoheptamer purified to homogeneity. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K / 詳細: blotted for 3.5 seconds |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K / 最低温度: 100 K |
撮影 | 電子線照射量: 48.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1122 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / 色収差補正装置: None / 詳細: Bioquantum with K2 camera / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: その他 / 球面収差補正装置: None |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Images were screened for ice thickness | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 411263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31517 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 143.6 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coeficient |