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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gs6 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein (closed state 1) | |||||||||||||||||||||
![]() | Spike glycoprotein | |||||||||||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / spike glycoprotein | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Anraku, Y. / Tabata-Sasaki, K. / Kita, S. / Fukuhara, H. / Maenaka, K. / Hashiguchi, T. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Virological characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 variant. 著者: Akatsuki Saito / Tomokazu Tamura / Jiri Zahradnik / Sayaka Deguchi / Koshiro Tabata / Yuki Anraku / Izumi Kimura / Jumpei Ito / Daichi Yamasoba / Hesham Nasser / Mako Toyoda / Kayoko Nagata / ...著者: Akatsuki Saito / Tomokazu Tamura / Jiri Zahradnik / Sayaka Deguchi / Koshiro Tabata / Yuki Anraku / Izumi Kimura / Jumpei Ito / Daichi Yamasoba / Hesham Nasser / Mako Toyoda / Kayoko Nagata / Keiya Uriu / Yusuke Kosugi / Shigeru Fujita / Maya Shofa / Mst Monira Begum / Ryo Shimizu / Yoshitaka Oda / Rigel Suzuki / Hayato Ito / Naganori Nao / Lei Wang / Masumi Tsuda / Kumiko Yoshimatsu / Jin Kuramochi / Shunsuke Kita / Kaori Sasaki-Tabata / Hideo Fukuhara / Katsumi Maenaka / Yuki Yamamoto / Tetsuharu Nagamoto / Hiroyuki Asakura / Mami Nagashima / Kenji Sadamasu / Kazuhisa Yoshimura / Takamasa Ueno / Gideon Schreiber / Akifumi Takaori-Kondo / / Kotaro Shirakawa / Hirofumi Sawa / Takashi Irie / Takao Hashiguchi / Kazuo Takayama / Keita Matsuno / Shinya Tanaka / Terumasa Ikeda / Takasuke Fukuhara / Kei Sato / ![]() ![]() ![]() 要旨: The SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 variant emerged in May 2022. BA.2.75 is a BA.2 descendant but is phylogenetically distinct from BA.5, the currently predominant BA.2 descendant. Here, we show that BA.2. ...The SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 variant emerged in May 2022. BA.2.75 is a BA.2 descendant but is phylogenetically distinct from BA.5, the currently predominant BA.2 descendant. Here, we show that BA.2.75 has a greater effective reproduction number and different immunogenicity profile than BA.5. We determined the sensitivity of BA.2.75 to vaccinee and convalescent sera as well as a panel of clinically available antiviral drugs and antibodies. Antiviral drugs largely retained potency, but antibody sensitivity varied depending on several key BA.2.75-specific substitutions. The BA.2.75 spike exhibited a profoundly higher affinity for its human receptor, ACE2. Additionally, the fusogenicity, growth efficiency in human alveolar epithelial cells, and intrinsic pathogenicity in hamsters of BA.2.75 were greater than those of BA.2. Our multilevel investigations suggest that BA.2.75 acquired virological properties independent of BA.5, and the potential risk of BA.2.75 to global health is greater than that of BA.5. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 569.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 450.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 94 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 141.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 138332.453 Da / 分子数: 3 変異: R682G, R683S, R685G, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: BA.2.75 / 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SARS-COV-2 BA.2.75 spike glycoprotein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.42 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Octyl glucoside solution was added to PBS solution to a final concentration of 0.01% |
試料 | 濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K / 詳細: blotting time 5 s and blotting force 5. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 3308 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 754589 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139418 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7UB0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 90.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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