PDB-8grb: Crystal structure of a constitutively active mutant of the alpha ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8grb

タイトル

Crystal structure of a constitutively active mutant of the alpha beta heterodimer of human IDH3

要素

Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Isocitrate dehydrogenase / NAD-dependent IDH / assembly / allosteric regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

: / isocitrate dehydrogenase (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / isocitrate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.848 Å

データ登録者

Sun, P. / Chen, X. / Ding, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structures of a constitutively active mutant of human IDH3 reveal new insights into the mechanisms of allosteric activation and the catalytic reaction.
著者: Chen, X. / Sun, P. / Liu, Y. / Shen, S. / Ma, T. / Ding, J.

履歴

登録	2022年9月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8grb.cif.gz	937.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8grb.ent.gz	777.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8grb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8grb_validation.pdf.gz	574.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8grb_full_validation.pdf.gz	652.5 KB	表示
XML形式データ	8grb_validation.xml.gz	169.2 KB	表示
CIF形式データ	8grb_validation.cif.gz	230.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/8grb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/8grb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8grdC 8grgC 8grhC 8gruC 8gs5C 6kdfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (7)

登録構造単位

B: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

C: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

A: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

D: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

E: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

F: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

G: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

H: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

I: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

J: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

K: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

L: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

M: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

N: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

O: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

P: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

606 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

C: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

A: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

D: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

F: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

G: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

H: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

J: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

K: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

L: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

M: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

N: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

O: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial

P: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	209.150, 170.028, 208.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.11, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial / Isocitric dehydrogenase subunit alpha / NAD(+)-specific ICDH subunit alpha 分子量: 36625.125 Da / 分子数: 8 / 変異: Q139A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50213, isocitrate dehydrogenase (NAD+)
#2: タンパク質	Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial / Isocitric dehydrogenase subunit beta / NAD(+)-specific ICDH subunit beta 分子量: 39152.031 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43837-2

#1: タンパク質

Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial / Isocitric dehydrogenase subunit alpha / NAD(+)-specific ICDH subunit alpha

分子量: 36625.125 Da / 分子数: 8 / 変異: Q139A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH3A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50213, isocitrate dehydrogenase (NAD+)

#2: タンパク質

Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial / Isocitric dehydrogenase subunit beta / NAD(+)-specific ICDH subunit beta

分子量: 39152.031 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH3B / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43837-2

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% (v/v) Tacsimate (pH 7.0) and 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月28日

放射

モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.848→50 Å / Num. obs: 165707 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.15 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.163 / Χ²: 0.541 / Net I/σ(I): 3.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.85-2.95	6.8	0.737	16502	0.835	0.303	0.798	0.422	100
2.95-3.07	6.6	0.585	16550	0.886	0.246	0.635	0.443	100
3.07-3.21	7	0.452	16545	0.926	0.184	0.488	0.492	100
3.21-3.38	7.1	0.317	16477		0.127	0.341	0.482	100
3.38-3.59	7	0.222	16490	0.978	0.09	0.24	0.484	100
3.59-3.87	6.6	0.157	16582	0.986	0.066	0.171	0.528	100
3.87-4.26	7.2	0.124	16540	0.992	0.05	0.134	0.58	100
4.26-4.87	6.9	0.096	16601	0.994	0.039	0.103	0.641	100
4.87-6.14	7	0.096	16655	0.994	0.039	0.104	0.605	100
6.14-50	6.7	0.072	16765	0.997	0.03	0.078	0.726	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX	1.14_3260	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KDF

6kdf

解像度: 2.848→49.144 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2489	8371	5.06 %
R_work	0.1988	-	-
obs	0.2013	165392	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.848→49.144 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	39053	0	0	0	39053

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	39714
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.133	53758
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.662	14414
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	6229
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	6994

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.848-2.8801	0.3405	294	0.2713	5056	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8801-2.9139	0.3425	283	0.2723	5190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9139-2.9495	0.3216	289	0.2666	5211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9495-2.9868	0.3553	268	0.2652	5292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9868-3.0261	0.3677	281	0.2717	5196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0261-3.0676	0.3254	278	0.2603	5258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0676-3.1114	0.281	281	0.2438	5153	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1114-3.1578	0.2818	277	0.2537	5265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1578-3.2071	0.3399	300	0.2577	5281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2071-3.2597	0.2897	292	0.2542	5140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2597-3.3159	0.302	251	0.2441	5281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3159-3.3762	0.3306	280	0.2439	5258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3762-3.4411	0.3001	284	0.2324	5204	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4411-3.5113	0.2858	266	0.227	5238	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5113-3.5877	0.2695	254	0.2216	5263	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5877-3.6711	0.2812	281	0.2149	5258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6711-3.7629	0.2454	290	0.1958	5227	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7629-3.8646	0.2522	289	0.1887	5223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8646-3.9782	0.227	296	0.1875	5218	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9782-4.1066	0.2425	260	0.185	5269	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1066-4.2533	0.2164	280	0.1756	5253	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2533-4.4235	0.2114	292	0.1638	5208	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4235-4.6246	0.1915	316	0.154	5241	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6246-4.8683	0.2123	279	0.1552	5261	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8683-5.173	0.215	273	0.1676	5269	X-RAY DIFFRACTION	100
5.173-5.5719	0.2322	244	0.1824	5259	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5719-6.1316	0.2655	271	0.195	5301	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1316-7.0167	0.2253	270	0.1819	5244	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0167-8.8319	0.1828	287	0.1566	5273	X-RAY DIFFRACTION	100
8.8319-49.144	0.189	265	0.1734	5231	X-RAY DIFFRACTION	97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)