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- PDB-8gr6: Crystal Structure of pilus-specific Sortase C from Streptococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gr6
タイトルCrystal Structure of pilus-specific Sortase C from Streptococcus sanguinis
要素Sortase-like protein, putative
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Sortase C / Pilus specific sortase / Cysteine-transpeptidase / Streptococcus sanguinis / dental plaque (歯垢) / biofilm (バイオフィルム)
機能・相同性Sortase C / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / hydrolase activity / 生体膜 / Sortase-like protein, putative
機能・相同性情報
生物種Streptococcus sanguinis SK36 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Yadav, S. / Parijat, P. / Krishnan, V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2019/000432 インド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of the pilus-specific sortase from early colonizing oral Streptococcus sanguinis captures an active open-lid conformation.
著者: Yadav, S. / Parijat, P. / Krishnan, V.
履歴
登録2022年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase-like protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1795
ポリマ－24,0061
非ポリマー1734
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.019, 140.019, 103.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2266-

HOH

21A-2275-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sortase-like protein, putative


分子量: 24005.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sanguinis SK36 (バクテリア)
株: SK36 / 遺伝子: srtC, SSA_1631 / Variant: No / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A3CPB4
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: Rhombohedral
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM Sodium acetate (pH 5.5), 200mM Ammonium-Sulphate and 10% (w/v) PEG 2000 MME and 12.5 mM Zinc-Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.056→52.331 Å / Num. obs: 23670 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.056→2.092 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1220 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.23 / Rrim(I) all: 0.625 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D7W

4d7w


解像度: 2.06→52.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 7.232 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19868 1150 4.9 %RANDOM
Rwork0.17847 ---
obs0.1795 22519 97.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.162 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å2-0.59 Å2-0 Å2
2---1.18 Å2-0 Å2
3---3.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→52.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1534 0 7 76 1617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0171621
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0191520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.8752209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0692.6973520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8015209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.59423.82781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.24715279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.251158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6083.055821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.63.051820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6054.5661035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6044.571036
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2263.517800
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2243.517801
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7355.0951175
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.13237.8111746
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.13137.4591731
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 78 -
Rwork0.274 1692 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.694 Å / Origin y: -15.999 Å / Origin z: -16.597 Å
111213212223313233
T0.1259 Å20.0687 Å20.012 Å2-0.1065 Å20.0022 Å2--0.1314 Å2
L4.6696 °2-0.723 °2-0.9042 °2-2.1863 °20.0546 °2--3.2975 °2
S0.1271 Å °0.509 Å °0.0076 Å °-0.3121 Å °-0.0435 Å °0.1231 Å °0.1757 Å °-0.0033 Å °-0.0836 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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