+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gr6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of pilus-specific Sortase C from Streptococcus sanguinis | ||||||
![]() | Sortase-like protein, putative | ||||||
![]() | HYDROLASE / Sortase C / Pilus specific sortase / Cysteine-transpeptidase / Streptococcus sanguinis / dental plaque / biofilm | ||||||
機能・相同性 | Sortase C / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / hydrolase activity / membrane / Sortase-like protein, putative![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yadav, S. / Parijat, P. / Krishnan, V. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the pilus-specific sortase from early colonizing oral Streptococcus sanguinis captures an active open-lid conformation. 著者: Yadav, S. / Parijat, P. / Krishnan, V. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 74 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 441.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8guuC ![]() 4d7wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24005.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: SK36 / 遺伝子: srtC, SSA_1631 / Variant: No / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: Rhombohedral |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100mM Sodium acetate (pH 5.5), 200mM Ammonium-Sulphate and 10% (w/v) PEG 2000 MME and 12.5 mM Zinc-Chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.965459 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.056→52.331 Å / Num. obs: 23670 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.056→2.092 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1220 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.23 / Rrim(I) all: 0.625 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4D7W 解像度: 2.06→52.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 7.232 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.162 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→52.33 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.06→2.11 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.694 Å / Origin y: -15.999 Å / Origin z: -16.597 Å
|