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- PDB-8guu: Crystal structure of pilus-specific sortase C mutant from Strepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8guu
タイトルCrystal structure of pilus-specific sortase C mutant from Streptococcus sanguinis
要素Sortase-like protein, putative
キーワードHYDROLASE / Sortase C / pilus-specific sortase / Cysteine transpeptidase / dental plaque / biofilm / pili
機能・相同性Sortase C / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / metal ion binding / membrane / Sortase-like protein, putative
機能・相同性情報
生物種Streptococcus sanguinis SK36 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.008 Å
データ登録者Yadav, S. / Parijat, P. / Krishnan, V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2019/000432 インド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of the pilus-specific sortase from early colonizing oral Streptococcus sanguinis captures an active open-lid conformation.
著者: Yadav, S. / Parijat, P. / Krishnan, V.
履歴
登録2022年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32025年8月20日Group: Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase-like protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8133
ポリマ－21,6881
非ポリマー1242
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.455, 139.455, 104.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-484-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sortase-like protein, putative


分子量: 21688.430 Da / 分子数: 1 / 変異: C209A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sanguinis SK36 (バクテリア)
株: SK36 / 遺伝子: srtC, SSA_1631 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A3CPB4
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: Rhombohedral
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM Sodium Acetate pH 5.5, 200 mM Ammonium sulphate, and 10 % PEG 2000MME.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.008→69.82 Å / Num. obs: 24438 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 42.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.008→2.043 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 1.039 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 12862 / CC1/2: 0.871 / Rpim(I) all: 0.348

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8GR6

8gr6


解像度: 2.008→69.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 8.669 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21408 1269 5.2 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
obs0.1848 23165 93.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.637 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.89 Å2-0.94 Å20 Å2
2---1.89 Å20 Å2
3---6.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.008→69.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1523 0 8 87 1618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0171565
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0191488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0681.8822124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9282.6883440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5855198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.14723.55376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.26115269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.664158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.0153.317792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.9513.313791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.684.955990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.684.963991
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.6454.02773
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.6414.021774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.9925.711135
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.84441.5091679
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.86141.2921666
LS精密化 シェル解像度: 2.008→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 109 -
Rwork0.325 1709 -
obs--94.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.72 Å / Origin y: -16.008 Å / Origin z: -16.576 Å
111213212223313233
T0.0796 Å20.0372 Å2-0.0038 Å2-0.0491 Å2-0.0075 Å2--0.044 Å2
L5.8838 °2-1.8731 °2-1.2019 °2-2.0661 °20.2372 °2--2.4057 °2
S0.1331 Å °0.3448 Å °-0.2833 Å °-0.2432 Å °-0.0674 Å °0.1877 Å °0.017 Å °-0.0624 Å °-0.0656 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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