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- PDB-8gng: Crystal structure of human adenosine A2A receptor in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gng
タイトルCrystal structure of human adenosine A2A receptor in complex with istradefylline.
要素
  • (antibody fab fragment ...) x 2
  • Adenosine receptor A2a
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / adenosine A2A receptor / istradefylline / neutral antagonist / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception ...regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, cholinergic / response to caffeine / blood circulation / intermediate filament / eating behavior / alpha-actinin binding / presynaptic active zone / regulation of calcium ion transport / membrane depolarization / asymmetric synapse / axolemma / phagocytosis / prepulse inhibition / cellular defense response / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of protein secretion / locomotory behavior / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / vasodilation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calmodulin binding / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / lipid binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JQ9 / : / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Suzuki, M. / Saito, J. / Miyagi, H. / Yasunaga, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2023
タイトル: In Vitro Pharmacological Profile of KW-6356, a Novel Adenosine A 2A Receptor Antagonist/Inverse Agonist.
著者: Ohno, Y. / Suzuki, M. / Asada, H. / Kanda, T. / Saki, M. / Miyagi, H. / Yasunaga, M. / Suno, C. / Iwata, S. / Saito, J.I. / Uchida, S.
履歴
登録2022年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a
L: antibody fab fragment light chain
H: antibody fab fragment heavy chain
X: Adenosine receptor A2a
Y: antibody fab fragment light chain
Z: antibody fab fragment heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,79722
ポリマ－170,3146
非ポリマー4,48316
水543
1
A: Adenosine receptor A2a
L: antibody fab fragment light chain
H: antibody fab fragment heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,75512
ポリマ－85,1573
非ポリマー2,5989
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
X: Adenosine receptor A2a
Y: antibody fab fragment light chain
Z: antibody fab fragment heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,04210
ポリマ－85,1573
非ポリマー1,8857
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.590, 134.840, 42.150
Angle α, β, γ (deg.)97.720, 91.440, 89.380
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21X
12L
22Y
13H
23Z

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLEULEUAA5 - 30812 - 315
21GLYGLYLEULEUXD5 - 30812 - 315
12ASPASPASNASNLB1 - 2121 - 212
22ASPASPASNASNYE1 - 2121 - 212
13GLUGLUARGARGHC1 - 2241 - 224
23GLUGLUARGARGZF1 - 2241 - 224

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AX

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a


分子量: 37333.953 Da / 分子数: 2 / 変異: A54L, T88A, K122A, N154Q, V239A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADORA2A, ADORA2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P29274

-
抗体 , 2種, 4分子 LYHZ

#2: 抗体 antibody fab fragment light chain


分子量: 23527.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 antibody fab fragment heavy chain


分子量: 24294.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 19分子

#4: 化合物 ChemComp-JQ9 / 8-[(~{E})-2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethenyl]-1,3-diethyl-7-methyl-purine-2,6-dione / istradefylline / イストラデフィリン


分子量: 384.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7 / 詳細: PEGMME 500, potassium citrate tribasic, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.57 Å / Num. obs: 26841 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 0.924 / Rmerge(I) obs: 0.662 / Rpim(I) all: 0.225 / Rrim(I) all: 0.701 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 247473 / Scaling rejects: 408
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.2-3.429.12.2924423948530.4440.7862.4291.4100
9.05-49.5710.20.1791205711810.9880.0560.1881099.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VGA

3vga


解像度: 3.2→49.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.825 / SU B: 78.509 / SU ML: 0.567 / SU R Cruickshank DPI: 0.4915 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.603 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2769 1434 5.3 %RANDOM
Rwork0.2181 ---
obs0.2211 25406 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.94 Å2 / Biso mean: 42.243 Å2 / Biso min: 12.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1 Å2-0.44 Å2-0.12 Å2
2---4.46 Å2-0.41 Å2
3---2.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→49.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11097 0 222 3 11322
Biso mean--52.79 16.89 -
残基数----1440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01311592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.65315757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1951.59724659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.60451428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73622.154492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.824151791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7921549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022469
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A89020.1
12X89020.1
21L61250.11
22Y61250.11
31H63370.11
32Z63370.11
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 142 -
Rwork0.332 1850 -
all-1992 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1308-0.5950.05091.45340.34681.093-0.0012-0.05880.2650.12610.1193-0.4863-0.06440.0259-0.11810.0527-0.0220.01080.4980.01330.596113.405771.40666.1232
21.2554-0.02730.6491.38450.35311.1518-0.059-0.056-0.0051-0.11160.1658-0.07-0.0177-0.0933-0.10680.0158-0.01520.02150.49150.07780.335710.700131.8926-7.0267
31.2295-0.73750.3831.2902-0.04021.697-0.05850.1254-0.3442-0.1474-0.00290.00740.20090.01060.06140.19770.02610.06710.53650.0590.576217.0097-2.8474-16.1295
41.1774-0.6474-0.13072.1230.2631.0761-0.09140.0516-0.18-0.00280.12550.39450.1369-0.0459-0.03410.0837-0.01280.00830.49370.08840.5764-20.933480.53747.0655
51.15570.4859-0.62133.3988-0.46240.3618-0.18540.004-0.0983-0.38610.2021-0.06830.1277-0.0067-0.01670.1756-0.0327-0.0320.52750.07050.3603-18.0815121.46062.8504
62.08260.255-0.96220.4937-0.3082.42230.00220.11930.2725-0.01610.00650.1914-0.2105-0.1974-0.00870.11180.04050.01820.47830.09930.4587-21.5738157.75813.0014
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 108
3X-RAY DIFFRACTION2H1 - 123
4X-RAY DIFFRACTION3H124 - 224
5X-RAY DIFFRACTION3L109 - 212
6X-RAY DIFFRACTION4X5 - 401
7X-RAY DIFFRACTION5Y1 - 108
8X-RAY DIFFRACTION5Z1 - 123
9X-RAY DIFFRACTION6Z124 - 224
10X-RAY DIFFRACTION6Y109 - 212

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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