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- PDB-8gne: Crystal structure of human adenosine A2A receptor in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gne
タイトルCrystal structure of human adenosine A2A receptor in complex with an insurmountable inverse agonist, KW-6356.
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN/INHIBITOR / adenosine A2A receptor / inverse agonist / insurmountable antagonism / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, cholinergic / intermediate filament / presynaptic active zone / response to caffeine / blood circulation / eating behavior / inhibitory postsynaptic potential / alpha-actinin binding / regulation of calcium ion transport / neuron projection morphogenesis / asymmetric synapse / membrane depolarization / axolemma / phagocytosis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / prepulse inhibition / cellular defense response / regulation of mitochondrial membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / astrocyte activation / response to amphetamine / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of protein secretion / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic transmission, glutamatergic / locomotory behavior / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / periplasmic space / calmodulin binding / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / heme binding / lipid binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-JQR / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Suzuki, M. / Saito, J. / Miyagi, H. / Yasunaga, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2023
タイトル: In Vitro Pharmacological Profile of KW-6356, a Novel Adenosine A 2A Receptor Antagonist/Inverse Agonist.
著者: Ohno, Y. / Suzuki, M. / Asada, H. / Kanda, T. / Saki, M. / Miyagi, H. / Yasunaga, M. / Suno, C. / Iwata, S. / Saito, J.I. / Uchida, S.
履歴
登録2022年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,52525
ポリマ－48,1721
非ポリマー8,35324
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.350, 180.510, 141.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 48172.016 Da / 分子数: 1 / 変異: N154Q,M1007W,H1102I,R1106L / 由来タイプ: 組換発現
詳細: -1-208 Adenosine receptor A2a;1001-1106 Soluble cytochrome b562;219-309 Adenosine receptor A2a
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

-
非ポリマー , 6種, 87分子

#2: 化合物 ChemComp-JQR / ~{N}-[4-(furan-2-yl)-5-(oxan-4-ylcarbonyl)-1,3-thiazol-2-yl]-6-methyl-pyridine-3-carboxamide


分子量: 397.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: PEG 400, sodium thiocyanate, 2,5-hexanediol, sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.08 Å / Num. obs: 22863 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 161217 / Scaling rejects: 131
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.384.31.14909821200.4020.5671.2841.197.4
8.91-47.087.20.06333454660.9860.0270.06916.199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
REFMAC5.8.0232精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EYI

4eyi


解像度: 2.3→45.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 16.507 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2346 1119 4.9 %RANDOM
Rwork0.1904 ---
obs0.1927 21714 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.2 Å2 / Biso mean: 50.332 Å2 / Biso min: 21.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20 Å20 Å2
2---1.74 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→45.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3010 0 496 63 3569
Biso mean--70.27 45.07 -
残基数----391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133584
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0173648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7591.7354787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2991.7778467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1775392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.52321.857140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.93515499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2791515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02705
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 70 -
Rwork0.33 1511 -
all-1581 -
obs--96.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.79754.24230.286922.79781.49960.1070.1147-0.05080.01240.6851-0.0930.2940.0458-0.0466-0.02170.378-0.01360.00950.42880.01350.34825.1151-20.65792.0383
21.11632.11130.833915.70084.9042.3892-0.03320.06660.0206-0.24840.1019-0.2873-0.02490.1404-0.06870.106-0.00130.02950.230.01740.031711.4465.60587.0267
32.9302-3.10161.67678.18950.77642.2975-0.3988-0.27840.5199-0.45270.191-0.6238-0.7148-0.18470.20780.3731-0.07030.08380.2085-0.0820.26089.200828.412116.5819
41.6625-2.2917-0.532613.22642.8171.70360.0920.00980.048-0.1153-0.06980.0651-0.10540.1798-0.02220.0748-0.02520.00080.1992-0.00160.00469.81636.194816.4861
54.95517.48155.538611.82538.60456.30320.4543-0.2189-0.2650.4452-0.2882-0.12670.4135-0.2206-0.16610.27890.0269-0.07210.28680.06390.210213.2641-14.48923.2639
63.7675-6.5026-0.392813.4057-0.17081.0846-0.0662-0.01350.01370.16020.06220.1263-0.04630.04110.0040.0854-0.0239-0.01870.1953-0.01180.02512.193210.093923.7427
79.843-7.85047.001512.6225-0.20879.5372-0.7583-0.97040.40520.82550.20250.0244-0.3655-1.08930.55580.3742-0.05430.08920.5066-0.0720.1624-2.725732.027129.0227
81.22580.18890.30339.9930.93320.2944-0.144-0.08180.16140.49160.1796-0.1759-0.09780.0917-0.03570.1844-0.00920.00510.2266-0.02150.06427.789112.657930.2947
95.3647-7.3338-2.813312.46793.23533.0916-0.0557-0.018-0.7878-0.2084-0.12720.25760.62410.28040.18290.2390.0381-0.05470.2906-0.01640.5176.2667-16.222425.6385
100.4584-1.54730.681210.4082-2.69121.1476-0.0913-0.02350.00530.12080.21730.2806-0.1596-0.076-0.1260.12330.0260.03130.2027-0.00180.1442-9.09529.256524.7876
117.922-8.743-1.90549.71712.15270.64890.09350.5423-0.1883-0.1037-0.49650.4761-0.3103-0.23460.4030.55390.174-0.30590.46160.08331.2199-23.041144.586717.5384
125.9098-2.56013.34715.9183-0.49627.9531-0.06740.1127-0.47160.3948-0.21460.5964-0.1109-0.330.2820.40510.00290.11350.50740.09840.9527-24.37553.608925.9625
1314.5449-5.1754-5.47169.90162.57218.1077-0.2247-0.8171-0.2438-0.39930.5275-0.07350.01430.4612-0.30290.3866-0.0204-0.06040.43960.00830.6001-16.119558.828523.7769
141.4829-3.9578-0.50511.0441.42470.19970.2533-0.03920.3255-0.9667-0.1542-0.4074-0.1945-0.0784-0.09920.62940.1347-0.02850.5273-0.02850.6912-16.970852.30415.0129
151.1949-3.44460.196214.3833-0.47690.0644-0.14210.06950.0846-0.01670.15220.3159-0.0907-0.0106-0.01010.1720.00810.00690.22930.00890.1494-5.5616.024313.6687
169.05067.5905-6.08696.9414-4.34875.32010.02550.48070.57580.17730.37120.60370.1991-0.3471-0.39670.0419-0.00350.01940.1587-00.1784-8.6589-5.597618.8804
1710.72994.7368-1.50165.0747-4.23334.5676-0.82570.2177-1.2647-0.92660.4048-0.61630.8159-0.47790.42090.3088-0.07440.13010.1921-0.19950.485-8.1063-14.478613.2652
182.58195.1941-0.434516.25081.44192.2081-0.11890.05450.0058-0.20160.16390.19620.1752-0.0203-0.0450.08210.00470.00310.2282-0.02060.07120.5131-1.69899.5872
191.8974-4.4275-1.123411.75352.1183.29850.18010.0793-0.0389-0.4261-0.0390.0856-0.1448-0.3588-0.14110.1801-0.00860.01020.2054-0.00310.09231.192717.89257.2241
207.4521-1.2076-1.40963.60162.08713.4450.15960.61720.4523-0.2765-0.0665-0.4054-0.01210.1174-0.09310.26720.0131-0.00150.25680.00950.199511.668124.65412.3537
2114.8401-1.6587-7.06519.845-6.83929.3895-0.71790.0092-0.3928-0.28760.3837-0.14220.6191-0.3080.33420.256-0.01650.01440.24760.03620.02470.6559-7.032718.0251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 2
2X-RAY DIFFRACTION2A3 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3A33 - 40
4X-RAY DIFFRACTION4A41 - 68
5X-RAY DIFFRACTION5A69 - 75
6X-RAY DIFFRACTION6A76 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7A107 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8A118 - 138
9X-RAY DIFFRACTION9A139 - 174
10X-RAY DIFFRACTION10A175 - 203
11X-RAY DIFFRACTION11A204 - 208
12X-RAY DIFFRACTION11A1001 - 1020
13X-RAY DIFFRACTION12A1022 - 1042
14X-RAY DIFFRACTION13A1058 - 1082
15X-RAY DIFFRACTION14A1083 - 1106
16X-RAY DIFFRACTION14A219 - 227
17X-RAY DIFFRACTION15A228 - 246
18X-RAY DIFFRACTION16A247 - 258
19X-RAY DIFFRACTION17A259 - 268
20X-RAY DIFFRACTION18A269 - 282
21X-RAY DIFFRACTION19A283 - 292
22X-RAY DIFFRACTION20A293 - 309
23X-RAY DIFFRACTION21A1201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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