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万見
- PDB-8gmo: Bacteriophage T4 capsid shell containing 9DE insertions into the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gmo
タイトルBacteriophage T4 capsid shell containing 9DE insertions into the gp23* major capsid protein subunits
要素
  • Mature capsid vertex protein
  • Mature major capsid protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Bacteriophage T4 / capsid shell / phage display / decorated capsid / phage head
機能・相同性Capsid vertex protein / Major capsid protein, Myoviridae / Major capsid protein Gp23 / Capsid protein, T4-like bacteriophage-like / T=13 icosahedral viral capsid / viral capsid / Major capsid protein / Capsid vertex protein
機能・相同性情報
生物種Tequatrovirus T4 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Fokine, A. / Rao, V.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI111538 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI081726 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0923873 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Design of bacteriophage T4-based artificial viral vectors for human genome remodeling.
著者: Jingen Zhu / Himanshu Batra / Neeti Ananthaswamy / Marthandan Mahalingam / Pan Tao / Xiaorong Wu / Wenzheng Guo / Andrei Fokine / Venigalla B Rao /
要旨: Designing artificial viral vectors (AVVs) programmed with biomolecules that can enter human cells and carry out molecular repairs will have broad applications. Here, we describe an assembly-line ...Designing artificial viral vectors (AVVs) programmed with biomolecules that can enter human cells and carry out molecular repairs will have broad applications. Here, we describe an assembly-line approach to build AVVs by engineering the well-characterized structural components of bacteriophage T4. Starting with a 120 × 86 nm capsid shell that can accommodate 171-Kbp DNA and thousands of protein copies, various combinations of biomolecules, including DNAs, proteins, RNAs, and ribonucleoproteins, are externally and internally incorporated. The nanoparticles are then coated with cationic lipid to enable efficient entry into human cells. As proof of concept, we assemble a series of AVVs designed to deliver full-length dystrophin gene or perform various molecular operations to remodel human genome, including genome editing, gene recombination, gene replacement, gene expression, and gene silencing. These large capacity, customizable, multiplex, and all-in-one phage-based AVVs represent an additional category of nanomaterial that could potentially transform gene therapies and personalized medicine.
履歴
登録2023年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Mature major capsid protein
1: Mature major capsid protein
2: Mature major capsid protein
3: Mature major capsid protein
4: Mature major capsid protein
5: Mature major capsid protein
6: Mature major capsid protein
7: Mature major capsid protein
8: Mature major capsid protein
9: Mature major capsid protein
A: Mature capsid vertex protein
AA: Mature major capsid protein
AB: Mature major capsid protein
AC: Mature major capsid protein
AD: Mature major capsid protein
AE: Mature major capsid protein
AF: Mature major capsid protein
AG: Mature major capsid protein
AH: Mature major capsid protein
AI: Mature major capsid protein
AJ: Mature major capsid protein
AK: Mature major capsid protein
AL: Mature major capsid protein
AM: Mature major capsid protein
AN: Mature major capsid protein
AO: Mature major capsid protein
AP: Mature major capsid protein
AQ: Mature major capsid protein
AR: Mature major capsid protein
AS: Mature major capsid protein
AT: Mature major capsid protein
AU: Mature major capsid protein
AV: Mature major capsid protein
AW: Mature major capsid protein
AX: Mature major capsid protein
AY: Mature major capsid protein
AZ: Mature major capsid protein
Aa: Mature major capsid protein
Ab: Mature major capsid protein
Ac: Mature major capsid protein
Ad: Mature major capsid protein
Ae: Mature major capsid protein
Af: Mature major capsid protein
Ag: Mature major capsid protein
Ah: Mature major capsid protein
Ai: Mature major capsid protein
Aj: Mature major capsid protein
Ak: Mature major capsid protein
Al: Mature major capsid protein
Am: Mature major capsid protein
B: Mature capsid vertex protein
C: Mature capsid vertex protein
D: Mature capsid vertex protein
G: Mature major capsid protein
H: Mature major capsid protein
J: Mature major capsid protein
K: Mature major capsid protein
L: Mature major capsid protein
M: Mature major capsid protein
N: Mature major capsid protein
O: Mature major capsid protein
P: Mature major capsid protein
Q: Mature major capsid protein
R: Mature major capsid protein
S: Mature major capsid protein
T: Mature major capsid protein
U: Mature major capsid protein
V: Mature major capsid protein
W: Mature major capsid protein
X: Mature major capsid protein
Y: Mature major capsid protein
Z: Mature major capsid protein
a: Mature capsid vertex protein
b: Mature major capsid protein
c: Mature major capsid protein
d: Mature major capsid protein
e: Mature major capsid protein
f: Mature major capsid protein
g: Mature major capsid protein
h: Mature major capsid protein
i: Mature major capsid protein
j: Mature major capsid protein
k: Mature major capsid protein
l: Mature major capsid protein
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p: Mature major capsid protein
q: Mature major capsid protein
r: Mature major capsid protein
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t: Mature major capsid protein
u: Mature major capsid protein
v: Mature major capsid protein
w: Mature major capsid protein
x: Mature major capsid protein
y: Mature major capsid protein
z: Mature major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,858,50998
ポリマ－4,858,50998
非ポリマー00
水00
1
0: Mature major capsid protein
1: Mature major capsid protein
2: Mature major capsid protein
3: Mature major capsid protein
4: Mature major capsid protein
5: Mature major capsid protein
6: Mature major capsid protein
7: Mature major capsid protein
8: Mature major capsid protein
9: Mature major capsid protein
A: Mature capsid vertex protein
AA: Mature major capsid protein
AB: Mature major capsid protein
AC: Mature major capsid protein
AD: Mature major capsid protein
AE: Mature major capsid protein
AF: Mature major capsid protein
AG: Mature major capsid protein
AH: Mature major capsid protein
AI: Mature major capsid protein
AJ: Mature major capsid protein
AK: Mature major capsid protein
AL: Mature major capsid protein
AM: Mature major capsid protein
AN: Mature major capsid protein
AO: Mature major capsid protein
AP: Mature major capsid protein
AQ: Mature major capsid protein
AR: Mature major capsid protein
AS: Mature major capsid protein
AT: Mature major capsid protein
AU: Mature major capsid protein
AV: Mature major capsid protein
AW: Mature major capsid protein
AX: Mature major capsid protein
AY: Mature major capsid protein
AZ: Mature major capsid protein
Aa: Mature major capsid protein
Ab: Mature major capsid protein
Ac: Mature major capsid protein
Ad: Mature major capsid protein
Ae: Mature major capsid protein
Af: Mature major capsid protein
Ag: Mature major capsid protein
Ah: Mature major capsid protein
Ai: Mature major capsid protein
Aj: Mature major capsid protein
Ak: Mature major capsid protein
Al: Mature major capsid protein
Am: Mature major capsid protein
B: Mature capsid vertex protein
C: Mature capsid vertex protein
D: Mature capsid vertex protein
G: Mature major capsid protein
H: Mature major capsid protein
J: Mature major capsid protein
K: Mature major capsid protein
L: Mature major capsid protein
M: Mature major capsid protein
N: Mature major capsid protein
O: Mature major capsid protein
P: Mature major capsid protein
Q: Mature major capsid protein
R: Mature major capsid protein
S: Mature major capsid protein
T: Mature major capsid protein
U: Mature major capsid protein
V: Mature major capsid protein
W: Mature major capsid protein
X: Mature major capsid protein
Y: Mature major capsid protein
Z: Mature major capsid protein
a: Mature capsid vertex protein
b: Mature major capsid protein
c: Mature major capsid protein
d: Mature major capsid protein
e: Mature major capsid protein
f: Mature major capsid protein
g: Mature major capsid protein
h: Mature major capsid protein
i: Mature major capsid protein
j: Mature major capsid protein
k: Mature major capsid protein
l: Mature major capsid protein
m: Mature major capsid protein
n: Mature major capsid protein
o: Mature major capsid protein
p: Mature major capsid protein
q: Mature major capsid protein
r: Mature major capsid protein
s: Mature major capsid protein
t: Mature major capsid protein
u: Mature major capsid protein
v: Mature major capsid protein
w: Mature major capsid protein
x: Mature major capsid protein
y: Mature major capsid protein
z: Mature major capsid protein
x 10


  • complete point assembly
  • 48.6 MDa, 980 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,585,095980
ポリマ－48,585,095980
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation9
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
  • 根拠: 電子顕微鏡法, The T4 capsid shell can be generated by applying the D5 symmetry.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D5 (2回x5回 2面回転対称))

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要素

#1: タンパク質 ...
Mature major capsid protein / gp23*


分子量: 49790.727 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tequatrovirus T4 (ウイルス) / 遺伝子: gp23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04535
#2: タンパク質
Mature capsid vertex protein / gp24*


分子量: 45594.375 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tequatrovirus T4 (ウイルス) / 遺伝子: 24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19896

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Enterobacteria phage T4 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Escherichia coli
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 36 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3.1粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化phenix_real_space_refine
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70340
詳細: The reconstruction was performed using RELION 3.1. The map was sharpened with an automatically calculated B-factor of -129 A2 using the RELION post-processing tool.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7VS5

7vs5


Accession code: 7VS5 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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