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- PDB-8gmb: Crystal structure of the full-length Bruton's tyrosine kinase (PH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gmb
タイトルCrystal structure of the full-length Bruton's tyrosine kinase (PH-TH domain not visible)
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE / ATP-binding / Lipid-binding / transcription regulation / immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of B cell activation / G beta:gamma signalling through BTK / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / FCERI mediated Ca+2 mobilization / G alpha (q) signalling events / G alpha (12/13) signalling events / negative regulation of leukocyte proliferation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / proteoglycan catabolic process ...negative regulation of B cell activation / G beta:gamma signalling through BTK / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / FCERI mediated Ca+2 mobilization / G alpha (q) signalling events / G alpha (12/13) signalling events / negative regulation of leukocyte proliferation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / cellular response to interleukin-7 / DAP12 signaling / negative regulation of cytokine production / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phospholipase binding / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of B cell proliferation / cell maturation / non-specific protein-tyrosine kinase / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to reactive oxygen species / positive regulation of tumor necrosis factor production / T cell receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity / adaptive immune response / response to lipopolysaccharide / intracellular signal transduction / membrane raft / innate immune response / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9AJ / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lin, D.Y. / Andreotti, A.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Conformational heterogeneity of the BTK PHTH domain drives multiple regulatory states.
著者: David Yin-Wei Lin / Lauren E Kueffer / Puneet Juneja / Thomas E Wales / John R Engen / Amy H Andreotti /
要旨: Full-length Bruton's tyrosine kinase (BTK) has been refractory to structural analysis. The nearest full-length structure of BTK to date consists of the autoinhibited SH3-SH2-kinase core. Precisely ...Full-length Bruton's tyrosine kinase (BTK) has been refractory to structural analysis. The nearest full-length structure of BTK to date consists of the autoinhibited SH3-SH2-kinase core. Precisely how the BTK N-terminal domains (the Pleckstrin homology/Tec homology [PHTH] domain and proline-rich regions [PRR] contain linker) contribute to BTK regulation remains unclear. We have produced crystals of full-length BTK for the first time but despite efforts to stabilize the autoinhibited state, the diffraction data still reveal only the SH3-SH2-kinase core with no electron density visible for the PHTH-PRR segment. Cryo-electron microscopy (cryoEM) data of full-length BTK, on the other hand, provide the first view of the PHTH domain within full-length BTK. CryoEM reconstructions support conformational heterogeneity in the PHTH-PRR region wherein the globular PHTH domain adopts a range of states arrayed around the autoinhibited SH3-SH2-kinase core. On the way to activation, disassembly of the SH3-SH2-kinase core opens a new autoinhibitory site on the kinase domain for PHTH domain binding that is ultimately released upon interaction of PHTH with phosphatidylinositol (3,4,5)-trisphosphate. Membrane-induced dimerization activates BTK and we present here a crystal structure of an activation loop swapped BTK kinase domain dimer that likely represents the conformational state leading to trans-autophosphorylation. Together, these data provide the first structural elucidation of full-length BTK and allow a deeper understanding of allosteric control over the BTK kinase domain during distinct stages of activation.
履歴
登録2023年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0652
ポリマ－76,4001
非ポリマー6651
水00
1
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子

A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Full-length Btk was purified as a monomer by gel-filtration. The domain-swapped dimer was formed during crystallization. The domain-swapped dimer resembles the structure 4XI2.
  • 154 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,1304
ポリマ－152,8012
非ポリマー1,3302
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area42680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.718, 125.718, 110.091
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase ...Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase / Kinase EMB


分子量: 76400.344 Da / 分子数: 1
変異: E298A, K300A, E301A, A384P, S386P, T387P, A388P, L390F, K430R, L542M S543T, V555T, R562K, S564A, P565S, Y617P
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Btk, Bpk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P35991, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-9AJ / 2-[3'-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-({5-[(2S)-2-methyl-4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]pyridin-2-yl}amino)-6-oxo[1,6-dihydro[3,4'-bipyridine]]-2'-yl]-7,7-dimethyl-3,4,7,8-tetrahydro-2H-cyclopenta[4,5]pyrrolo[1,2-a]pyrazin-1(6H)-one / GDC-0853


分子量: 664.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H44N8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.06 %
解説: Monomer proteins at 18 mg/ml in 20 mM TRIS/HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 10% glycerol 5 mM DTT were mixed with an equal volume of the precipitant solution, and then suspend over 0.25 ml of ...解説: Monomer proteins at 18 mg/ml in 20 mM TRIS/HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 10% glycerol 5 mM DTT were mixed with an equal volume of the precipitant solution, and then suspend over 0.25 ml of precipitant solution. Leaf-shaped hexagonal crystals grew to up to 0.4 mm on a side after a period of two weeks. Crystals were frozen by transferring them, in six sequential steps, to a solution containing 0.1M Bis-Tris Propane, pH 7.5, 0.2M potassium thiocyanate, 20% PEG 3350 and 20% glycerol.
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris Propane, 0.2M potassium thiocyanate
PH範囲: 7.2-7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.194→108.875 Å / Num. obs: 11550 / % possible obs: 79.61 % / 冗長度: 88.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.268 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.269 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 3.194→3.533 Å / 冗長度: 82.2 % / Rmerge(I) obs: 9.606 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 577 / CC1/2: 0.743 / Rpim(I) all: 1.059 / Rrim(I) all: 9.665 / % possible all: 13.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
PHENIX1.20.1-4487-000精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→19.94 Å / SU ML: 0.3309 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.8727
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2891 624 5.57 %
Rwork0.2719 10584 -
obs0.2727 11208 79.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 157.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3119 0 49 0 3168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00163257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42264465
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0389483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.16811049
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.740.4045810.3635999X-RAY DIFFRACTION31.38
3.74-4.280.33321900.30032806X-RAY DIFFRACTION85.75
4.28-5.370.27441510.29213355X-RAY DIFFRACTION100
5.37-19.940.27392020.2493424X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.055923246110.08270664148161.537352275620.642432527329-0.6465814860763.38029924153-0.430308715046-0.324906552889-0.7816491045720.09577589194850.1721786470250.04653247494610.1254633467580.5008334440660.08306970647260.9967139899250.678950084796-0.2218169169681.67411534650.1583058564320.462203987166-38.8230255061-49.7086850088-16.4130196467
26.16564574471.41483972383-0.2491408107826.97131073828-2.683885370197.2554802551-0.263984488232-0.1929301777690.7953038202830.4714329245120.2033119475780.255843896575-0.6439161184240.3988906364310.05759003336060.6260143398160.0617451785767-0.06794524995860.674058723557-0.05264600412570.5616332176154.80456893342-51.006184099232.2002474626
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 216 through 382 )216 - 3823 - 161
22chain 'A' and (resid 383 through 659 )383 - 659162 - 438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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