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- PDB-8gm9: Structure of Citrate Synthase(CitA) in Mycobacterium Tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gm9
タイトルStructure of Citrate Synthase(CitA) in Mycobacterium Tuberculosis
要素citrate synthase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Citrate Synthesis / TCA cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate synthase (unknown stereospecificity) / citrate synthase activity / tricarboxylic acid cycle
類似検索 - 分子機能
Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Citrate synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACRYLIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / citrate synthase (unknown stereospecificity)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pathirage, R. / Ronning, D. / Favrot, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)CA260749 米国
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: Mycobacterium tuberculosis CitA activity is modulated by cysteine oxidation and pyruvate binding.
著者: Pathirage, R. / Favrot, L. / Petit, C. / Yamsek, M. / Singh, S. / Mallareddy, J.R. / Rana, S. / Natarajan, A. / Ronning, D.R.
履歴
登録2023年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: citrate synthase
B: citrate synthase
C: citrate synthase
D: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,43023
ポリマ－164,0784
非ポリマー1,35119
水3,927218
1
A: citrate synthase
D: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,72412
ポリマ－82,0392
非ポリマー68510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10020 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27610 Å2
手法PISA
2
B: citrate synthase
C: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,70611
ポリマ－82,0392
非ポリマー6679
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8070 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area26950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.330, 121.033, 99.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
citrate synthase


分子量: 41019.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: citA, SAMEA2683035_02214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045JB88, citrate synthase (unknown stereospecificity)
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID / アクリル酸


分子量: 72.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.02 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, and 22 % w/v poly(acrylic acid sodium salt) 5100, 0.1 M barium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→43.06 Å / Num. obs: 65711 / % possible obs: 94.26 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.982 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1686 / Rpim(I) all: 0.1063 / Rrim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 6.93
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.057 / Num. unique obs: 6925 / CC1/2: 0.681 / CC star: 0.9 / Rpim(I) all: 0.6311 / Rrim(I) all: 1.233 / % possible all: 99.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158:000精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→43.06 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 1521 2.32 %
Rwork0.2197 --
obs0.2209 65574 94.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10921 0 89 218 11228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44315279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3161626
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052031
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.480.38761650.33926096X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.570.35981500.30586142X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.670.33451360.27456136X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.790.33441450.25716196X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.940.29631400.25686097X-RAY DIFFRACTION99
2.94-3.120.28361420.24546128X-RAY DIFFRACTION99
3.12-3.360.33841490.23636042X-RAY DIFFRACTION98
3.36-3.70.25561310.21725904X-RAY DIFFRACTION95
3.7-4.240.26661220.19445243X-RAY DIFFRACTION85
4.24-5.330.21841200.18954879X-RAY DIFFRACTION79
5.34-43.060.23861210.17735190X-RAY DIFFRACTION83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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