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- PDB-8gla: Co-crystal structure of caPCNA bound to the AOH1996 derivative, A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gla
タイトルCo-crystal structure of caPCNA bound to the AOH1996 derivative, AOH1996-1LE
要素Proliferating cell nuclear antigen
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PCNA / transcription-replication conflict / DNA replication stress / DNA repair / AOH1160 / AOH1996
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / MutLalpha complex binding ...positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / MutLalpha complex binding / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / Removal of the Flap Intermediate / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / replisome / response to L-glutamate / histone acetyltransferase binding / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / G1/S-Specific Transcription / response to dexamethasone / replication fork processing / nuclear replication fork / SUMOylation of DNA replication proteins / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / translesion synthesis / mismatch repair / response to cadmium ion / estrous cycle / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / base-excision repair, gap-filling / DNA polymerase binding / epithelial cell differentiation / male germ cell nucleus / positive regulation of DNA repair / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / liver regeneration / Translesion synthesis by POLI / replication fork / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / positive regulation of DNA replication / nuclear estrogen receptor binding / Termination of translesion DNA synthesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / receptor tyrosine kinase binding / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / cellular response to xenobiotic stimulus / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / response to estradiol / heart development / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / nuclear body / centrosome / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZQZ / Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.77 Å
データ登録者Jossart, J. / Perry, J.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH1910327 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Small molecule targeting of transcription-replication conflict for selective chemotherapy.
著者: Gu, L. / Li, M. / Li, C.M. / Haratipour, P. / Lingeman, R. / Jossart, J. / Gutova, M. / Flores, L. / Hyde, C. / Kenjic, N. / Li, H. / Chung, V. / Li, H. / Lomenick, B. / Von Hoff, D.D. / ...著者: Gu, L. / Li, M. / Li, C.M. / Haratipour, P. / Lingeman, R. / Jossart, J. / Gutova, M. / Flores, L. / Hyde, C. / Kenjic, N. / Li, H. / Chung, V. / Li, H. / Lomenick, B. / Von Hoff, D.D. / Synold, T.W. / Aboody, K.S. / Liu, Y. / Horne, D. / Hickey, R.J. / Perry, J.J.P. / Malkas, L.H.
履歴
登録2023年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation_author / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: Proliferating cell nuclear antigen
C: Proliferating cell nuclear antigen
D: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,45818
ポリマ－115,1834
非ポリマー3,27514
水00
1
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: Proliferating cell nuclear antigen
C: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,59115
ポリマ－86,3873
非ポリマー3,20412
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area32120 Å2
手法PISA
2
D: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子

D: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子

D: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6009
ポリマ－86,3873
非ポリマー2136
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area33060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.492, 199.492, 129.413
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Proliferating cell nuclear antigen / PCNA / Cyclin


分子量: 28795.752 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12004
#2: 化合物
ChemComp-ZQZ / N-[2-(3-methoxyphenoxy)phenyl]-N~2~-(naphthalene-1-carbonyl)-L-alpha-glutamine


分子量: 498.527 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H26N2O6
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.77→39.59 Å / Num. obs: 19342 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.221 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 114061
反射 シェル解像度: 3.77→4.13 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.788 / Num. measured all: 27122 / Num. unique obs: 4598 / CC1/2: 0.774 / Rpim(I) all: 0.347 / Rrim(I) all: 0.862 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VKX

3vkx


解像度: 3.77→39.59 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1895 9.8 %
Rwork0.2051 --
obs0.2105 19329 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.77→39.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7341 0 230 0 7571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68710331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1021015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041296
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.77-3.860.33761260.28171210X-RAY DIFFRACTION97
3.86-3.970.34861390.26751286X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.080.32351560.25821197X-RAY DIFFRACTION100
4.08-4.210.26661350.23881252X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.360.26451210.20811264X-RAY DIFFRACTION100
4.36-4.540.2271380.18321245X-RAY DIFFRACTION100
4.54-4.750.22271340.1711256X-RAY DIFFRACTION100
4.75-4.990.22651480.17541236X-RAY DIFFRACTION100
5-5.310.23541380.18141248X-RAY DIFFRACTION100
5.31-5.720.26131340.19791241X-RAY DIFFRACTION100
5.72-6.290.27381320.24331256X-RAY DIFFRACTION100
6.29-7.190.31971440.24621242X-RAY DIFFRACTION99
7.19-9.040.22581150.19431260X-RAY DIFFRACTION100
9.05-39.590.24191350.17411241X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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